remove typename outside template

This fixes building on msvc

Merge pull request #1781 from bangerth/rename_fast_to_skip_initialization

Rename the 'fast' parameter to 'skip_initialization'.

Merge pull request #1779 from bangerth/hook-in-code-gallery

Hook in code gallery

Rename the 'fast' parameter to 'omit_zeroing_entries'.

This is a more accurate representation of what the parameter achieves,
and should be easier to understand. The fact that this mode is also
'fast' is sort of a side effect of the semantics the parameter
really carries.

In the Table class, use omit_default_initialization.

Rework the way we pick up the code gallery: instead of checking it out
via git, just find it at a magical location.

Adjust the program that builds the tutorial graph to also process the code gallery.

Check out and process the code-gallery.

Bracket document configuration with empty lines, now that we do some
serious work there.

Minor cleanup.

Push down evaluating GLOBS to the file where it is actually needed.

Merge pull request #1785 from tamiko/fix_tests

Update scripts/normalize.pl to new version numbering

Update scripts/normalize.pl to new version numbering

Merge pull request #1767 from alistairbntl/BDM_Edit

Correction to BDM degree method

Correction to BDM degree method

* The documentation says this function should return one less than
    the highest polynomial degree. This is consistent with the
    notation used in the literature on BDM polynomials and is what I
    would expect the function to return.
* However, the function actually returns the degree of the highest
    polynomial degree because it calls PolynomialSpace.degree() (note:
    in this context, PolynomialSpace is the complete polynomial space
    of degree k, next then we add elements from k+1 to complete the
    BDM space) which specifically states it does not return the
    Maxmial degree of the polynomial, but the number of polynomials
    given to the constructor.
* If I understand correctly, since the number of polynomials given
    to the constructor includes constants, this returns degree+1.
* To correct this, one needs to be subtracted from the degree of the
    polynomial_space.
* A typo in the 3D bdm_grad functions has also been corrected
* Made a correction in the compute method to reflect the change in the
    degree method.
* Corrected out in the test polynomials_bdm_01.output file
* Edited some names in the test bdm_1.cc

Merge pull request #1763 from agrayver/fix_intergrid

Fix compute_intergrid_weights_3

Merge pull request #1782 from bangerth/fix-warnings

Fix two recently introduced warnings about unused variables.

Fix two recently introduced warnings about unused variables.

Merge pull request #1780 from tamiko/renaming

Rename private variables; fix changes.h entry

Rename private variables; fix changes.h entry

This commit renames some private variables intrdocued in pull request #1673
to fit our naming rules.

Further, fix some issues with the doxygen documentation.

Merge pull request #1776 from nicola-giuliani/FEDGQArbitrarynodesnames

added codim one in get name for FE_DGQArbitrarynodes

Merge pull request #1778 from tjhei/fix_bdm_tests

fix bdm tests

fix bdm tests

- turns out we need one more iteration in the CG solve
- fix test output (this never worked before?!)
- speed up by skipping highest degree in debug mode
- small difference in release/debug output (dropping small entries), so
adding alternative .output file

Merge pull request #1667 from bangerth/update-a-cmakelists.txt-file

Minor updates. Ensure proper dependencies.

Merge branch 'pull_1673'

Manually rebase and merge pull request #1673

Closes #1673

Ammended native deal.II preconditioners and solvers for use in LinearOperators.

Improved: Native deal.II preconditioners can now be directly wrapped as
LinearOperators. This allows them to be used in the construction of more complex
linear solvers, such as where the approximate inverse to a matrix is to be
defined as a preconditioner to said matrix.

New: Added a LinearOperator test for deal.II SparseMatrix solvers and
preconditioners.

Added a test to check that the various combinations of deal.II solvers and
preconditioners (for the SparseMatrix type) work with the linear_operator and
inverse_operator functions. By 'work' one means that they both compile and also
produce a sensible answer.

Note that the preconditioners are expected to act as per usual (i.e. in the
preconditioner slot in inverse_operator) as well as a standard matrix type in
linear_operator. This is necessary as they will be used in this context later
when a schur_matrix_operator and approximate_schur_matrix_operator is developed.

Fixed: Reinitialised (zeroed) range vectors in the construction of an
inverse_operator before the solve calls. This corrects a bug wherein the
starting point of the solver was garbage leading to potential divergence in the
linear solver.

Take communication out of the loop.

updated test

added codim one in get name for FE_DGQArbitrarynodes

Merge pull request #1773 from asartori86/manifold_on_boundary

added set_all_manifold_ids_on_boundary(b_id,man_id)

added set_all_manifold_ids_on_boundary(b_id,man_id)

Merge pull request #1774 from tjhei/use_minor_dealii_version

define deal.II version always as X.Y.Z

define deal.II version always as X.Y.Z

Minor updates. Ensure proper dependencies.

Merge pull request #1772 from QiaoLei-88/step33_do_schlieren_plot

correct vector dimension check in step-33.

correct vector dimension check in step-33.

Merge pull request #1764 from drwells/mapping-q1-redundancy

Mapping q1 redundancy

Merge pull request #1766 from bangerth/fix-compilation

Fix compilation of (currently unused) header file.

Fix compilation of (currently unused) header file.

Remove the internal::MappingQGeneric namespace.

The diff git came up with is much more complex than what was actually
changed. This commit moves all the functions that were in
internal::MappingQGeneric into internal::MappingQ1 and places the new
combined namespace at the top of the file.

Remove duplicate copies of MappingQ1 functions.

During refactoring we ended up with two nearly identical copies of the
same three functions.

Merge pull request #1722 from Rombur/vector_space_vector

[RFC] Add VectorSpaceVector class.

Merge pull request #1761 from kronbichler/master

Set correct ghost layer for multigrid levels with periodic boundary conditions

More tests, including adpativity

List change

Add test

Fix ghost layer on MG levels for periodic boundary conditions

Fix compute_intergrid_weights_3

Merge pull request #1714 from tjhei/opencascade_build

update opencascade instructions

Merge pull request #1758 from asartori86/debug_release

made CMAKE_BUILD_TYPE=DEAL_II_BUILD_TYPE as default for external libraries

made DEAL_II_BUILD_TYPE default for external libraries

Merge pull request #1757 from tamiko/fix_system_libs

CMake: Update list of system libraries

Merge pull request #1756 from masterleinad/branch_abs_for_int

Add header file for std::abs(int)

Merge pull request #1421 from tamiko/branch_fix_step45

Replace obsolete step-45 with new version

Redesign step-45 to support existing functions for periodic boundary conditions

Documentation: Allow for @cond, @endcond skip statements in example steps

Modify the program2doxygen perl script such that statement enclosed with
@cond SKIP and @endcond are filtered:

//@cond SKIP
[.. everything that is ignored ..]
//@endcond

CMake: Update list of system libraries

Add header file for std::abs(int)

Merge pull request #1755 from masterleinad/branch_mapping_fe

Fixup order of template arguments in mapping_fe_field.h

Fixup order of template arguments in mapping_fe_field.h

Merge pull request #1753 from QiaoLei-88/namespace_placeholders

define namespace dealii::std_cxx11::placeholders

Merge pull request #1751 from bangerth/omit-petsc-trilinos-files

Omit PETSc/Trilinos wrappers when building without these libraries.

define namespace dealii::std_cxx11::placeholders

Merge pull request #1741 from drwells/mpi-seek-set

Check for MPI_SEEK_SET with CMake.

Merge pull request #1750 from tjhei/fix_parallelepiped

Fix parallelepiped

fix copyright year

Merge pull request #1733 from bangerth/further-FEValues-cleanups-36

Remove references to MappingQ1.

Omit PETSc/Trilinos wrappers when building without these libraries.

When building without PETSc, Trilinos, or SLEPc, the files we compile are empty.
There is no point doing so, so exclude them from compilation if they are not
needed.

changelog

remove duplicate code

Fix subdivided_parallelepiped

- missing reorder_cells() would generate unconnected cells
- faces had wrong boundary indicators (if colorizing)

Check for MPI_SEEK_SET with CMake.

This check was previously just embedded in a header, which caused some
confusing error messages, e.g.,

https://groups.google.com/forum/#!topic/dealii/2wPzS9wAzMM

This improves things by performing the check with CMake instead of
after (or during) compilation.

Merge pull request #1749 from bangerth/fix-warning-4

Fix a warning in optimized mode.

Fix a warning in optimized mode.

Merge pull request #1747 from bangerth/fix-non-mpi-compilation

Fix compilation without MPI.

Fix compilation without MPI.

This also fixes an issue where using std_cxx11::tuple did not work because
BOOST does not provide an operator< for it (C++11 appears to do so).

Merge pull request #1748 from bangerth/doc-update-37

Add something to the documentation.

Add something to the documentation.

Merge pull request #1746 from bangerth/fix-compilation

Fix compilation for non-C++11 compilers.

Merge pull request #1742 from danshapero/hotfix

Fix bug in compute_integrid_weights_2

Fix compilation for non-C++11 compilers.

Merge pull request #1740 from drwells/fix-doc-typos-5

Fix doc typos 5

Fix some erroneous names in the documentation.

For example: deal.II contains a 'DoFRenumbering' namespace and does not
contain a 'DoFRenumber' namespace. I removed references to the latter.

Add a missing noun to a sentence.

Fix some English word substitution typos.

In particular, this fixes substitution of 'loose' for 'lose' and 'ore'
for 'or'.

Fix some typos in the documentation.

Remove an incomplete sentence.

Fix bug in compute_integrid_weights_2

Merge pull request #1739 from QiaoLei-88/minorRefactor

a minor update on usage of increment operator

a minor update on usage of increment operator

Remove operator=, add operator*, and fix typo in the documentation.

Merge pull request #1738 from Rombur/fix_global_ID

Fix a bug in the grid_tools_local_to_global_vertex_id test.

Fix a bug in the grid_tools_local_to_global_vertex_id test.

Merge pull request #1736 from asartori86/fix_typo

Fix a couple of typos

fixed typos

Merge pull request #1735 from bangerth/fix-warning

Avoid a warning.

Merge pull request #1734 from bangerth/improve-error-message

Improve an error message

Avoid a warning.

Merge pull request #1720 from Rombur/global_vertex_id

Compute global index for the vertices

Get rid of an obscure exception with a poor message.

Instead, use a widely use variant.

Improve an error message.