Merge pull request #11895 from peterrum/step74_fix_latex_format

Step 74: fix latex formatting

Step 74: fix latex formating

Merge pull request #11893 from peterrum/dofhandler_explicit

Make constructor of DoFHandler explicit

Make constructor of DoFHandler explicit

Merge pull request #11891 from peterrum/get_dof_indices_comment

Remove outdated comment of DoFCellAccessor::get_dof_indices()

Merge pull request #11867 from peterrum/mapping_q_cache_init

Add new MappingQCache::initialize() function

Remove outdated comment of DoFCellAccessor::get_dof_indices()

Merge pull request #11887 from bangerth/doc-90

Update documentation about an MPI 3.x feature.

Merge pull request #11883 from bangerth/error

Fix a poorly written and dysfunctional assert condition.

Merge pull request #11885 from bangerth/doc-89

Update documentation to make it clearer.

Update documentation about an MPI 3.x feature.

Add new MappingQCache::initialize() function

Update documentation to make it clearer.

Merge pull request #11877 from marcfehling/limit-levels-children

Support subfaces for DoFHandler::prepare_coarsening_and_refinement().

Merge pull request #11830 from adamqc/fix-fe-series-non-primitive

Fix FESeries with non-primitive FEs.

Merge pull request #11880 from peterrum/get_position_vector

VectorTools::get_position_vector(): add mapping as argument

Merge pull request #11878 from peterrum/chang_log_entry_date

Fix date of change-log entry

Fix date of change-log entry

Improve an error message.

Merge pull request #11414 from konsim83/issue_div_curl_face_edge_orientation

Raviart-Thomas orientation and permutation issue

VectorTools::get_position_vector(): add mapping as argument

Merge pull request #11881 from marcfehling/simplify-prepare

Simplify DoFHandler::prepare_coarsening_and_refinement().

Simplify DoFHandler::prepare_coarsening_and_refinement().

Get rid of the lambda function.

Fix FESeries with non-primitive FEs.

Support subfaces for DoFHandler::prepare_coarsening_and_refinement().

Merge pull request #11857 from marcfehling/limit-levels-parallel

Parallelize DoFHandler::prepare_coarsening_and_refinement().

Merge pull request #11416 from peterrum/step12b_simplex

Simplex/pyramid/wedge: add DG test

Enable mixed meshes for MF and DG

Merge pull request #11876 from Rombur/deleter

Deleter takes a pointer not a reference

Deleter takes a pointer not a reference

Hotfix: dealii::Vector does not accept integral types.

Parallelize DoFHandler::prepare_coarsening_and_refinement().

Merge pull request #11873 from peterrum/gc-assert

MGTransferGlobalCoarsening: add assert

MGTransferGlobalCoarsening: add assert

Merge pull request #11400 from peterrum/mapping_info_qcollection

Use QCollection within MappingInfo::initialize

Merge pull request #11874 from nfehn/active_cell_index_partitioner

fix compilation error in tria_base.cc

fix compilation error in tria_base.cc

Merge pull request #11858 from peterrum/active_cell_index_partitioner_pst

Enable set up of active_cell_index_partitioner for p:s:T

Merge pull request #11872 from bangerth/grammar

Fix a grammar issue.

Merge pull request #11859 from peterrum/active_cell_index_partitioner_shared_ptr

Make active_cell_index_partitioner to std::shared_ptr

Merge pull request #11784 from drwells/fix-vtk-output-orientation

Merge pull request #11863 from marcfehling/fe-index-type

Use correct type for FE indices in DoFH::communicate_active_fe_indices().

Make active_cell_index_partitioner to std::shared_ptr

Fix a grammar issue.

Merge pull request #11870 from drwells/fix-line-indices

Fix a hardcoded number of lines.

Fix the output order of VTK cells.

This commit fixes the volume (previously, volumes were off by a factor of -1) of
hexahedra written by GridOut::write_vtk.

Fixing this uncovered a second bug with the way we read in VTK grids - the
vertices were read in as though they were in the UCD format, but VTK uses a
different format where the z = 0 vertices are ordered (using deal.II's
convention) as 0 - 1 - 3 - 2 and the z = 1 vertices are numbered as 4 - 5 - 7 -
6. This had to be fixed in such a way that GridOut composed with GridIn remained
idempotent. Hence, we now correctly renumber each VTK quad and hex to correspond
with the lexical (deal.II 6.0 and newer) nodal numbering.

Fixing this uncovered a (minor) third bug (though its one we talked about at the
workshop in 2019) where GridReordering::invert_all_cells_of_negative_grid
assumes its inputs are still ordered with UCD. To preserve reading of VTK grids
where some cells are flipped that function was updated to understand inputs
numbered lexically.

Fix an exception message.

Rename two variables.

Fix a hardcoded number of lines.

Merge pull request #11868 from peterrum/exchange_cell_data_pst_assert

Add assert to exchange_cell_data for p:s:T (without artificial cell)

Merge pull request #11861 from bangerth/extern-template

Mark some classes as 'extern template'.

Merge pull request #11853 from konsim83/improve_docs

Improve docs (indentation targets)

Add assert to exchange_cell_data for p:s:T (without artifical cell)

Improve docs (indentation targets)

Merge pull request #11497 from Rombur/arborx

Add new BVH class

Merge pull request #11843 from bangerth/7

Some more additions to step-7.

Enable set up of active_cell_index_partitioner for p:s:T

Merge pull request #11850 from marcfehling/logical-or

Added Utilities::MPI::logical_or().

Use QCollection within MapptingInfo::initialize

Use correct type for FE indices in DoFH::communicate_active_fe_indices().

Added Utilities::MPI::logical_or().

Mark some classes as 'extern template'.

This saves a small amount of space and, possibly, compile time. Here
is a comparison of the cumulative size of all object files for the
debug and release configurations without and with the patch:

without patch:
debug   2,414,548,192
release   459,866,272

with patch:
debug    2,404,864,416
release    459,686,888

One can also compare the sizes of the .so files. I did this only for
the release library:

without patch: 459,866,272
with patch:    459,686,888

So it's a rather minor improvement. One could do this to a lot more
classes than just the two in this patch, though, if we wanted to go
that route.

This is a patch to remedy the issue with elements derived from
FE_PolyTensor that arises on meshes that contain cells with faces that
are not in standard orientation or rotated against a neighboring face.

This patch fixes only Raviart-Thomas elements and leaves the others
untouched while offering a way to fix also the remaining elements.

Merge pull request #11856 from bangerth/decl

Add some missing forward declarations.

Merge pull request #11815 from peterrum/gc_interpolate_to_mg

Add MGTransferGlobalCoarsening::interpolate_to_mg()

Merge pull request #11847 from peterrum/distributed_compute_point_locations

Refactor GridTools::distributed_compute_point_locations()

Merge pull request #11852 from Rombur/config_doc

Update cmake documentation

Merge pull request #11854 from mschreter/fefaceevaluation_assert

Improve assert in FEFaceEvaluation

Add some missing forward declarations.

These are functions for which explicit specializations exist in the .cc file. The
standard says that we need to forward-declare them. In practice, it doesn't matter,
but it did matter for an experiment I'm currently running that explicitly makes use
of the fact that these functions are specialized.

Add MGTransferGlobalCoarsening::interpolate_to_mg()

Refactor GridTools::distributed_compute_point_locations()

Merge pull request #11401 from peterrum/mf_face_type

MatrixFree: introduce FaceToCellTopology::face_type

improve assert in FEFaceEvaluation

Reorder variable alphabetically

Update cmake documentation

Merge pull request #11849 from peterrum/use_get_communicator

Use get_communicator()

Merge pull request #11851 from bangerth/typedef

Replace 'typedef' by 'using' in the test suite.

Replace 'typedef' by 'using' in the test suite.

Merge pull request #11848 from peterrum/wedge_tangential_fix

Fix tangential vector of wedge

Use get_communicator()

MatrixFree: introduce FaceToCellTopology::face_type

Merge pull request #11810 from sebproell/arkode-single-step-solve

ARKode: single step solve option

Merge pull request #11841 from peterrum/test_15

Reduce number of procs from 15 to 10 in test

Fix tangential vector of wedge

Merge pull request #11842 from peterrum/distributed_compute_point_locations_sort

Sort return object of GridTools::distributed_compute_point_locations

Sort return object of GridTools::distributed_compute_point_locations

Some more additions to step-7.

Merge pull request #11840 from peterrum/ca_serial_fix

Fix ConsensusAlgorithms::Serial

Merge pull request #11812 from marcfehling/limit-degrees

Added DoFHandler::prepare_for_coarsening_and_refinement().

Merge pull request #11839 from peterrum/compute_point_to_point_communication_pattern

Enable Utilities::MPI::compute_point_to_point_communication_pattern for self communication

Merge pull request #11503 from peterrum/simplex_step31

Convert step-31 to a simplex test

Merge pull request #11838 from peterrum/ca_char_char

Instantiate ConsensusAlgorithms also for char/char

Optimize DoFHandler::prepare_for_coarsening_and_refinement().

Added DoFHandler::prepare_for_coarsening_and_refinement().

Merge pull request #11836 from kronbichler/avoid_deprecated

Avoid use of deprecated method

Reduce number of procs from 15 to 10 in test

Fix ConsensusAlgorithms::Serial

ARKode: single step solve option