Fix several cases of wrong cross-links, which were usually due to multiply escaping special characters (from < to %253C0 to %25200253C0 or so)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3092 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix wrong output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3091 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Better doc and inheritance for preconditioners

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3090 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't discard reference anchors if there are more than only one on a line.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3089 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make kdoc options more transparent by using their long form.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3088 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Check for existence of isnan for both sets of compiler flags independently.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3087 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a check whether the `isnan' function is declared or not.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3086 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Small clean-up.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3085 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove @memo tags.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3084 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Note restrictions on the documentation of enums.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3083 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Note the patches in our version of kdoc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3082 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Treat the @item command specially. The way in the previous revision
did not work as the brackets in the <li> item got escaped below.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3081 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

SolverControl returns failure if solver diverges. New function get_face in FE(Sub)FaceValues.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3080 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New get_face function in FEFaceValues and FESubfaceValues.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3079 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

SolverControl returns failure also if the solver diverges.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3078 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move documentation to top, to avoid trouble with kdoc2.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3077 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work in the changes of Preconditioning into the PreconditionSelector class

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3076 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More doc changes for the conversion to kdoc2.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3075 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Find a better way to check whether kdoc is up-to-date when generating docs. If it is not up-to-date, then re-generate it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3074 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Note ====MT=== in make output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3073 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move inheritance from SOLVER to the same line to make things simpler
for the doc tools.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3072 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix "@p ..." by "@p{...}"

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3071 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix "@p NULL" by "@p{Null}"

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3070 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Small fix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3069 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

indicate MT during compilation if in multithreading mode

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3068 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix to places where @p was not used with {...}.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3067 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Experimental doc for SquareFunction

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3066 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Typo fixed

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3065 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change many things, mostly docs, for the switch from kdoc1 to kdoc2.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3064 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

"at" is italic

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3061 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Prefer Reply-To to From

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3060 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

cvsignore

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3059 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Trying to remove headers II

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3058 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Nicer mail list format

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3057 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Addresses changed to mailing list

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3056 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Check that kdoc is installed, and remove kdoc-installed from the
argument list of kdoc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3055 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More configure changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3054 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More work on the contrib dir.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3053 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bring some of the necessary configure machinery into place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3052 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove file that was erroneously included.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3051 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge the 2.a36 release.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3050 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add files that were added between 2.a35 and 2.a36.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3047 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Import my changes to kdoc which did not make it yet into a release.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3046 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Import kdoc snapshot 2.a35

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3041 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove outdated script.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3040 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Note missing comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3039 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

additional functions for DG-elements

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3038 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

removed debugging output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3037 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

news and mailing-list

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3036 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid 1d warning.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3035 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add CVS version of configure.in to the configure script.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3034 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clear deletes matrix; initialize uses clear

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3033 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

new preconditioner interface

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3031 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

new ExcNotInitialized

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3030 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New PreconditionJacobi

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3029 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Arg, one-char bug. Didn't show up in /base and /lac since there seem
to be no circular includes...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3027 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3026 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use RUSAGE_SELF instead of 0 in test for getrusage, as the previous is
in an enum on some Linux systems, while the latter is an int, and the
compiler rejects a conversion...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3024 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix common/scripts/make_dependencies.pl.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3023 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug where the script produced some strange results when we had a ++ in the path.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3022 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More doc updates.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3021 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment docs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3020 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update to latest version.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3019 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix bug with lost -D__USE_MALLOC

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3018 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More doc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3017 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve wording.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3016 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Configure for getrusage

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3015 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove -ansi when in MT mode.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3014 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Enforce -ansi -pedantic.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3013 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Configure for the proper declaration of the getrusage function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3012 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Enforce -pedantic -ansi when using the gcc compiler in order to get closer to the C++ standard.
Doing so required a whole lot of changes, which mostly fall into the following to categories:
1/ Adding `typename' when accessing template dependent names, such as
   vector<T>::iterator.
2/ When accessing member classes of templatized parent classes, full qualification is
   required. Thus, when in Derived<dim>::f we want to access the type Base<dim>::ExcSomething,
   we have to use typename Base<dim>::ExcSomething now.

Overall, these changes should lead to more portable code.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3011 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

tests for FullMatrix

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3010 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Allow this file to be compiled with -pedantic. this required some
work-arounds, described in the comments added in this patch.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3009 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve on the type of exception that is generated when a vector has
wrong size. Previously we got the null-information exception
--------------------------------------------------------
An error occurred in line <83> of file <source/numerics/data_out.cc> in function
    void DataOut_DoFData<2>::add_data_vector(const Vector<double> &, const vector<basic_string<char,string_char_traits<char>,__malloc_alloc_template<0> >,allocator<basic_string<char,string_char_traits<char>,__malloc_alloc_template<0> > > > &)
The violated condition was:
    ((vec.size() == dofs->get_tria().n_active_cells()) && (names.size() == 1)) || ((vec.size() == dofs->n_dofs()) && (names.size() == dofs->get_fe().n_components()))
The name and call sequence of the exception was:
    ExcInvalidNumberOfNames (names.size(), dofs->get_fe().n_components())
Additional Information:
You have to give one name per component in your data vector. The number you gave was 1, but the number of components is 1
--------------------------------------------------------
which does not shed much light on what the problem is (number of
components seems to be ok, not?)

Now we get
1--------------------------------------------------------
An error occurred in line <81> of file <source/numerics/data_out.cc> in function
    void DataOut_DoFData<2>::add_data_vector(const Vector<double> &, const vector<basic_string<char,string_char_traits<char>,__malloc_alloc_template<0> >,allocator<basic_string<char,string_char_traits<char>,__malloc_alloc_template<0> > > > &)
The violated condition was:
    (vec.size() == dofs->get_tria().n_active_cells()) || (vec.size() == dofs->n_dofs())
The name and call sequence of the exception was:
    ExcInvalidVectorSize(vec.size(), dofs->get_tria().n_active_cells(), dofs->n_dofs())
Additional Information:
The vector has size 0 but the DoFHandler objects says there are 2560 degrees of freedom and there are 2641 active cells.
--------------------------------------------------------

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3008 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Recent changes in the SparsityPattern class changed the order of
output, so fix this.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3007 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix some misspellings.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3006 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

File *.check saves execution of tests without changed dependencies

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3005 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fixes

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3004 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

continuing on FEDG_Pk

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3003 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Temporarily removed "initialize_matrices"

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3002 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

change in Quadrature

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3001 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

warnings removed in 3D

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@3000 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

first step towards FEDG_Pk

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@2999 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

new access in SparseMatrix

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@2998 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Exponential function

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@2997 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Be stricter with warnings. I'd like to have added -pedantic, but then
the compiler chokes on many exceptions without me knowing why...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@2996 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add missing `typename's.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@2995 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add missing `typenames'.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@2994 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add comment on gdb.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@2993 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

SparseMatrix::el

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@2992 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

List configury revamp.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@2991 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reduced sparsity pattern for DG-Multigrid

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@2990 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement the el(i,j) function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@2989 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo "bug" fix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@2988 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revamp configury machinery.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@2987 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix wrong filenames in comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@2986 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix indentations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@2985 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-add some documentation that seems to have got lost.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@2984 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

renaming in Quadrature

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@2982 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

bug removed

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@2981 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d