Fix typos

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_port_to_libcxx@30263 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge branch 'trunk' into branch_port_to_libcxx

Conflicts:
deal.II/source/numerics/data_out.inst.in

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_port_to_libcxx@30242 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

When reading the C++ standard 12.4 I'm not quite sure whether this is a bug
or not.

But anyway, simplifying the destructor call resolves this issue, so there
is no need for a guard and an expensive configure test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_port_to_libcxx@30241 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix misspelling of HTML code.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30240 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30239 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix bug #78: BlockMatrixBase::set/add had race conditions when used from multiple threads because these functions used scratch arrays. One just needed to add a mutex to guard these data structures.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30238 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove namespace step-51 as the class name already contains step-51. Speed up assembly by caching the output of FEValuesExtractors and only working on dofs with support on faces

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30237 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

First version of new tutorial example demonstrating hybridizable discontinuous Galerkin methods on the problem of step-7

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30236 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix copy-paste error.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30235 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

It looks like block matrices of all type were not freeing memory at exit. Fixed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30234 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add destructor to PETScWrappers::MPI::SparseMatrix to not leak memory

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30233 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

change recommended numdiff export for the regression tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30232 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix some of the PETSc memory leaks

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30231 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30230 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

simple test to see memory leaks

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30229 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

check for PETSc memory leaks

We are leaking in many tests, actually.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30228 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

more PETSc reinit() fixes

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30227 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add failing test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30226 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix another PETSc reinit() call

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30225 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix compilation warning

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30224 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update properties

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30223 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30222 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix assignment and reinit of PETScWrappers::MPI::Vector

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30221 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Be quiet

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30220 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix bug #76 by removing an assertion that incorrectly triggered. The assertion was also pretty expensive.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30219 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

documentation patch by Oleh Krehel

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30218 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge from Mainline

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_port_to_libcxx@30217 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix: Initialize optional languages on subsequent cmake runs, too.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30216 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Workaround for a problem in LogStream:

It is invalid to test for std::flush or std::endl with function pointers,

  std::ostream & (* const p_flush) (std::ostream &) = &std::flush; p ==
  p_flush ? ...,

as there could be multiple versions of of it.

And in fact, LLVM's libc++ implements std::flush and std::endl in a way
that every shared library and executable has its local copy.

Fix this by implementing a custom streambuf class that queries this sort of
information.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_port_to_libcxx@30215 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert the last 4 commits. git-svn is stupid

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30214 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Workaround for a problem in LogStream:

It is invalid to test for std::flush or std::endl with function pointers,

  std::ostream & (* const p_flush) (std::ostream &) = &std::flush; p ==
  p_flush ? ...,

as there could be multiple versions of of it.

And in fact, LLVM's libc++ implements std::flush and std::endl in a way
that every shared library and executable has its local copy.

Fix this by implementing a custom streambuf class that queries this sort of
information.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30213 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a compilation warning with clang that complains about class and struct
mismatch in declaration and instantiation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30212 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Workaround for a bug in the boost foreign_ptr.hpp header [1]

It is invalid to forward declare things in the std namespace. This works
with libstdc++ by accident but not with libc++ that uses inline namespace
features.

[1] https://svn.boost.org/trac/boost/ticket/6655

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30211 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a compilation issue with LLVMs libc++

Due to more restrictive include policy template<class T1, class T2> struct pair
is not already defined in std at this point. Unfortunately, a forward
declaration is invalid because it doesn't allow for instantiations:

  "error: implicit instantiation of undefined template"

Furthermore, ISO/IEC C++ 2011 Standard, section 17.6.4.2.1 prohibits such
manipulation of the namespace std.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30210 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add *::MPI::BlockVector::has_ghost_elements() and a missing constructor

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30209 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make the documentation of ConstantTensorFunction show up in doxygen

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30208 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix typos in documentation of cmake usage

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30207 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add test with 4 cpus

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30206 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30205 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30204 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a reference to a discussion elsewhere.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30203 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove accidentally checked in test outputs

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30202 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a compilation warning with clang that complains about class and struct
mismatch in declaration and instantiation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_port_to_libcxx@30201 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Workaround for a bug in the boost foreign_ptr.hpp header [1]

It is invalid to forward declare things in the std namespace. This works
with libstdc++ by accident but not with libc++ that uses inline namespace
features.

[1] https://svn.boost.org/trac/boost/ticket/6655

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_port_to_libcxx@30200 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30199 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30198 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix SparsityTools::distribute_sparsity_pattern for block systems

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30197 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

some prm-files

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30196 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

copied step-42.cc from src/unified

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30195 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add Oleh to the credits

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30194 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

documentation patch by Oleh Krehel

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30193 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix bug in IndexSet

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30192 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Checking PETSc-SLEPc compatibility is VERSION_SUBMINOR independent and way to restrictive if not respected. Check MAJOR and MINOR only then go ahead with config.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30191 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a publication (correct a publication)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30190 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a compilation issue with LLVMs libc++

Due to more restrictive include policy template<class T1, class T2> struct pair
is not already defined in std at this point. Unfortunately, a forward
declaration is invalid because it doesn't allow for instantiations:

  "error: implicit instantiation of undefined template"

Furthermore, ISO/IEC C++ 2011 Standard, section 17.6.4.2.1 prohibits such
manipulation of the namespace std.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_port_to_libcxx@30189 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Create a branch for porting to libcxx

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_port_to_libcxx@30188 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

documentation patch by Oleh Krehel

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30187 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a brief initial sentence.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30186 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Comment adjustment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30185 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: And guard the last to occurences of a C compiler as well

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30184 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: *sigh*

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30183 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Bugfix, use use supplied cxx flags throughout the configure phase, clean up CMAKE_REQUIRED_* setup and update documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30182 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add failing test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30181 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30180 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

throw when you create a FE_Q of degree 0 (otherwise we try to allocate a LOT of memory)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30179 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify that a variable is a number of neighbors, not a has some/has no neighbors boolean.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30178 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a typo. Add another half sentence.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30177 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Align semicolon as usual.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30176 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor adjustments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30175 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Adjust MPI error message

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30174 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Cleanup

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30173 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Cleanup and restructure

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30172 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Fix typos

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30171 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: A new header for Make.global_options as well

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30170 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Cleanup deal.IIConfig.cmake a bit

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30169 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adapt step-18 to the resent changes in DataOut

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30168 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

No need for 'typename'.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30167 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also instantiate a member template.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30166 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add explicit instantiations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30165 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix names of header files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30164 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve error message.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30163 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix wrong link (thanks, Jean!).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30162 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Diss of nicole klein 2013

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30161 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30160 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30159 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug when using 64bit indices.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30158 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Link to download site from news page.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30157 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-indent function argument list.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30156 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove instantiation of a non-public function. This shouldn't be necessary since the function is now in an anonymous namespace and is not exported anyway.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30155 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Felix Gruber: Fix all sorts of misspellings and documentation markup fixes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30154 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent parameters in grid_generator.h

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30153 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do not execute tutorial programs with mpirun -np 2. It violates the element of least surprise rule.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30152 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make tests work: convert DoFHandler::cell_iterator to DataOut::cell_iterator

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30151 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement DataOut::add_data_vector with DoFHandler argument to allow for different DoFHandlers

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30150 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change GridGenerator from a class to a namespace. Undo introduction of local typedef size_type.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30149 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Better document GridTools::laplace_transform.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30148 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change the comment headers in the examples so that they don't get stripped
away by strip_comments

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30147 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Get it right this time...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30146 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set the executable flag. Also adjust the starting revision number.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30145 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

benchmark: index.html is being generated

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30144 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d