Merge pull request #6165 from drwells/remove-semicolons

Remove some unnecessary ';'s.

Merge pull request #6166 from tamiko/use_https

contrib/makeofflinedoc.sh: Use https instead of http

Merge pull request #6167 from drwells/add-double-word-script

Add double word script

Remove some unnecessary ';'s.

Add the double word typo script.

contrib/makeofflinedoc.sh: Use https instead of http

Fix two more double word typos.

Merge pull request #6164 from drwells/remove-double-words

Remove double word typos.

Remove double word typos.

This commit removes typos consisting of an accidentally repeated
word. Attached below is the python script I used to find them.

It is worth noting that there is a large false positive rate here, for
example, in tria_accessor.h we have the sentence

/**
 * [...] As a
 * consequence, it exists in the mesh to ensure that each processor has all
 * coarse mesh cells and that the 2:1 ratio of neighboring cells is
 * maintained, but it is not one of the cells we should work on on the
 * current processor. [...]
 */

Here 'on on' is correct.

script:

import sys

SKIP = ["//", "*", "}", "|", "};", ">", "\"", "|", "/", "numbers::invalid_unsigned_int,", "std::string,", "int,"]

with open(sys.argv[1], 'r') as handle:
    previous_line = ""
    for line_n, line in enumerate(handle):
        line = line.strip()
        previous_words = previous_line.split()
        words = line.split()
        # ignore comment blocks '*' and comment starts '//' at the beginning of
        # each line.
        if len(words) == 0:
            continue
        if words[0] in ["*", "//"]:
            words = words[1:]

        # See if the last word on the previous line is equal to the first word
        # on the current line.
        if len(previous_words) != 0:
            if words[0] not in SKIP and previous_words[-1] == words[0]:
                print(sys.argv[1] + ":{}: {}".format(line_n + 1, previous_line))
                print(sys.argv[1] + ":{}: {}".format(line_n + 2, line))
        previous_line = line

        for left_word, right_word in zip(words[:-1], words[1:]):
            if left_word == right_word and left_word not in SKIP:
                print(sys.argv[1] + ":{}: {}".format(line_n + 1, line))

Merge pull request #6137 from tamiko/clean_up_custom_targets

CMake: Only set CMP0037 to old for cmake older than 3.11

Move Signals from Multigrid class to mg namespace and use more common names for transfer

Implement signals for Multigrid

Merge pull request #6153 from tamiko/fix_a_test_15

Tests: Add an output variant for metis_01a for 64bit metis

Tests: Add an output variant for metis_01a for 64bit metis

In case deal.II is configured with 64bit support for metis the output of
this metis test changes from "IDXTYPEWIDTH=32" to "IDXTYPEWIDTH=64".
Provide an output variant for this.

Merge pull request #6118 from davydden/doc/step_37_minor

doc: minor fixes in step-37

Merge pull request #6154 from masterleinad/fix_coverity

Fix some more issues discovered by Coverity

Fix some more issues discovered by Coverity

Merge pull request #6151 from bangerth/fix-grid-tools

Pass const scalar arguments by value, rather than reference.

Merge pull request #6150 from bangerth/fix-test

Make a cast explicit.

Pass const scalar arguments by value, rather than reference.

Indent arguments uniformly.

Make a cast explicit.

This cast appears to be necessary for older GCC versions.

Merge pull request #6148 from bangerth/doc-update

Fix argument names.

Fix argument names.

Merge pull request #6147 from drwells/reword-make-array-view

Reword a comment in make_array_view.

Reword a comment in make_array_view.

The term 'undefined' is not accurate; the order *is* defined, but it is an
implementation detail.

From this stack overflow post:
https://stackoverflow.com/questions/49071748/data-alignment-and-ordering-in-recursively-defined-array/49627551#49627551

Merge pull request #6140 from davydden/feature/fix_blockvector_mmult

introduce LA::d::Vector::add_local() and sadd_local() to avoid to man…

Merge pull request #6128 from bangerth/doc-update

Update documentation of FE_FaceQ/P.

Merge pull request #6145 from bangerth/micro-update

Microscopically small updates in a file I was reading through.

Microscopically small updates in a file I was reading through.

Merge pull request #6144 from niveshd/GraphColoringBugFix

Bug fix for graph coloring/graph partitioning using Zoltan library.

Merge pull request #6135 from bangerth/doc-update-2

Update description of Thread/Task::return_value().

tests added for coloring multiple nodes with no connections

Update thread_management.h

Merge pull request #6115 from bangerth/mapping-get-data

Convert the various Mapping::get_*_data() functions to return std::unique_ptr.

Merge pull request #6141 from masterleinad/fix_comparator_constness

Make comparator const

Convert the various Mapping::get_*_data() functions to return std::unique_ptr.

This required a number of adjustments in places where we used the fact that we used covariant
return types all over the place. We can't do this any more, and so in a number of places
we have to convert things by hand back to the (known) derived type.

assertions checking if pointers are null are moved inside loop

Make comparator const

introduce LA::d::Vector::add_local() and sadd_local() to avoid to many communication in LA::d::BlockVector::mmult()

Merge pull request #6127 from davydden/feature/get_position_vector_parallel

make VectorTools::get_position_vector() write into vector only on loc…

Merge pull request #6138 from drwells/check-fe-system-dynamic-cast-2

Fix an exception type.

Merge pull request #6133 from drwells/gmres-n-tmp-vectors-bound

Gmres n tmp vectors bound

Use at least three temporary vectors for GMRES.

This prevents possible integer wrap-around that is not desired.

This was found by coverity.

Fix an exception type.

The documentation of the function states that we should use
ExcInterpolationNotImplemented.

Merge pull request #6136 from bangerth/doc-update-3

Fix doc mistake.

CMake: Only set CMP0037 to old for cmake older than 3.11

CMake: Remove superfluous policy switch

Update documentation of FE_FaceQ/P.

In particular, mention what happens when you use this element as part of
an FESystem element.

Fix doc mistake.

Merge pull request #6113 from masterleinad/fix_fe_get_data

Let FiniteElement::get_*data return a std::unique_ptr

Update description of Thread/Task::return_value().

make VectorTools::get_position_vector() write into vector only on locally owned cells

Let FiniteElement::get_*data return a std::unique_ptr

Merge pull request #6132 from drwells/check-fe-system-dynamic-cast

Explicitly check the result of a dynamic_cast.

Merge pull request #6101 from davydden/doc/fix_latex_lapack_scalapack

fix LaTeX in Lapack and ScaLapack

Explicitly check the result of a dynamic_cast.

Remove an old comment.

This function has been long since rewritten (see 3f3faccbcdc) so the
comment made back in bc62a2d882a no longer applies.

Merge pull request #6131 from drwells/move-dtor-code-inside-try

Move some destructor code inside a try block.

Merge pull request #6114 from bangerth/movable

Enable writing Threads::Thread<T> for types T that are only movable.

Merge pull request #6130 from tamiko/fix_a_test_14

petsc/solver_02: Make range more forgiving

Move some destructor code inside a try block.

This was caught by coverity.

petsc/solver_02: Make range more forgiving

Depending on the PETSc version the solver takes roughly between 1069 and
1141 cycles. Just check for a genereous number of cycles (between 1050
and 1150).

Merge pull request #6110 from drwells/avoid-slepc-deprecated

Avoid using a deprecated SLEPc function.

Avoid using a deprecated SLEPc function.

EPSComputeResidualNorm and EPSComputeRelativeError were both deprecated
in the 3.6 release in favor of EPSComputeError.

Merge pull request #6126 from masterleinad/fix_libc++

Avoid using functionality removed in libc++ for C++17

Merge pull request #6120 from tamiko/fix_a_test_12

Tests: Slightly change stopping criterion in petsc/solver_02

Merge pull request #6122 from tamiko/fix_a_test_13

Tests: update petsc_complex/solver_real_02

Fix remainig occurrences of std::bind1st and std::bind2nd in bundled boost

Detect std::auto_ptr support

Avoid auto_ptr in bundled boost

Avoid auto_ptr in bundled muParser

Merge pull request #6123 from bangerth/fix-is_contiguous

Make sure is_contiguous() compares addresses, not values, of array objects.

Add test.

Make sure is_contiguous() compares addresses, not values, of array objects.

Tests: update petsc_complex/solver_real_02

Make this test a bit more stable to avoid a floating point exception,
see pull request #6120

Set number of allowed iterations to the same value that is use in
petsc/solver_02

Tests: Slightly change stopping criterion in petsc/solver_02

The Chebyshev smoother for PETSc is quite a tricky beast. Maybe it would
be best to simply not use it. Anyway, it turns out that simply changing
the stopping criterion for the inner smoother a bit let's this test
pass. [1]

Let's just give up and let the test pass...

Fixes #5320

[1] Under certain circumstances the test fails with a floating point
exception (division by zero) with newer PETSc 3.8.X.

Merge pull request #6111 from Rombur/cuda_warnings

Fix warnings from AssertCuda and AssertCusparse

Merge pull request #6112 from masterleinad/fix_filtered_iterator_ptr

Let Predicate*::clone return a std::unique_ptr

doc: minor fixes in step-37

Merge pull request #6116 from bangerth/step-12

Remove unnecessary semi-colons in step-12.

Merge pull request #6117 from bangerth/step-12-2

Adapt step-12 some further.

Adapt step-12 some further.

In #5988, I added a function beta(...) that computes the advection direction
in step-12, but I forgot to update one other place where we computed this
direction as well. Use the new function in there as well.

Remove unnecessary semi-colons in step-12.

Add a changelog entry.

Add tests.

Enable writing Threads::Thread<T> for types T that are only movable.

Previously, it was not possible to write Threads::new_thread(&foo) or Threads::new_task(&foo)
for functions that return an object whose type is not copyable, but is movable. That's
because in a number of places in the internal machinery of the Threads::Thread and
Threads::Task classes, we didn't account for such types.

This patch fixes this.

Let Predicate*::clone return a std::unique_ptr

Fix warnings from AssertCuda and AssertCusparse

Merge pull request #6105 from tamiko/fix_gla_tests

Tests: Update gla/* test outputs

Merge pull request #6087 from bangerth/fix-petsc

Fix iterating over entries of parallel PETSc matrices.

Merge pull request #6109 from masterleinad/use_reference

Avoid copies clang-tidy complains about

Merge pull request #6107 from davydden/feature/p_vector_compress_split

la::p::Vector: split compress() and update_ghosts() calls into chunks

Merge pull request #5989 from drwells/update-tbb

Update tbb

extend description

Avoid copies clang-tidy complains about

la::p::Vector: split compress() and update_ghosts() calls into chunks

Merge pull request #6080 from BenBrands/Inverse

ScaLAPACKMatrix::invert for non-symmetric matrices

Add a changelog entry.

Add a test.