update documentation

Merge pull request #497 from masterleinad/Fix_Trilinos_Empty_Local

Fix decision about same/different Map for Trilinos Vectors

Add test for sadd with partly empty Trilinos vectors

Merge pull request #498 from bangerth/fix-typos

Fix typos.

Fix typos.

The proper spelling of the word is 'Euclidean', not 'Euclidian'.

Fix decision about same/different Map for Trilinos Vectors

Merge pull request #495 from bangerth/remove-deprecated-functions-9

Remove deprecated function SparseILU::decompose.

Remove deprecated function SparseILU::decompose.

Merge pull request #494 from bangerth/remove-deprecated-functions-8

Remove deprecated function SparseMatrix::global_entry()

Merge pull request #476 from koecher/dataout-issue-step-34

step-34: fixes a runtime error in step-34

Remove deprecated function SparseMatrix::global_entry().

Merge pull request #493 from bangerth/remove-deprecated-functions-7

Remove deprecated function SparseMIC::decompose.

Fix a typo.

Merge pull request #492 from bangerth/davydden-tensor_updates

Davydden tensor updates

Address Martin K's comments in review of this patch.

step-34: fixes a runtime error in step-34
In the function output_results, around line 1017, two vectors (phi and alpha)
are added to a DataOut object.
A runtime error occured, because the type of the vector could not
determined automatically.

On branch dataout-issue-step-34
  Changes to be committed:
        modified:   examples/step-34/step-34.cc

Remove deprecated function SparseMIC::decompose.

Extend test. Reindent it.

Add missing copy constructors for the specializations of class Tensor.

Also add a changelog entry.

added a failing test

Introduced non-default copy constructor and operator= for Tensor class

Merge pull request #489 from bangerth/remove-deprecated-functions-6

Remove deprecated functions 6

Move an entry to the appropriate place.

Merge pull request #490 from bangerth/fix-missing-include

Add a missing set of include files.

This fixes a recent regression in one of our tests (bits/serialize_hp_dof_handler) that tries
to serialize an object but that requires to know the actual type of one of the members to
be serialized to compile without error.

Remove deprecated function Table::data.

Remove deprecated function PETScWrappers::VectorBase::update_ghost_values.

Add a missing set of include files.

This fixes a recent regression in one of our tests (bits/serialize_hp_dof_handler) that tries
to serialize an object but that requires to know the actual type of one of the members to
be serialized to compile without error.

Merge pull request #488 from bangerth/improve-docs

Improve documentation of TriaAccessor::neighbor.

Improve documentation of TriaAccessor::neighbor.

Remove deprecated function SparseMatrix::raw_entry.

Remove deprecated variable MultithreadInfo::n_default_threads.

Sort changelog entries for deprecated functions.

Remove deprecated constructors for SparseMatrix iterators and accessors.

Remove a few deprecated constructors and functions of PETSc parallel vectors.

Merge pull request #485 from bangerth/add-changelog-entry

Add a missing changelog entry.

Add a changelog entry for a patch by Lukas Korous.

Merge pull request #479 from l-korous/master

Add hp::DoFHandler::save, ::load and copy constructor.

Merge pull request #484 from bangerth/drwells-update-autotools-references

Remove outdated LAPACK interface pieces. Remove references to ./configure.

Removed references to autoconf.
Also updated documentation about UMFPACK, as it is now built unless
explicitly disabled.

Add hp::DoFHandler::save and ::load.

Merge pull request #483 from tamiko/revert_parpack_merge

Revert parpack merge

Revert parpack merge

This commit reverts:
  a75f23180d6ec4b24fcf7b714d5b763dcb017efb
  616a403d8f799a21b7d306ecf38f3c73d0857524
  9367c1fa0371a260438dd93db74882a7e7ebe542
  6ed3174c7ecb1fb61d263e7a768deb6325bca7d3
  9a03bc439277d85502accef56d8f9048558ae925

Merge pull request #482 from tamiko/parpack_fixups

Some small follow-up fixes for the last commit

add a news entry

CMake: Bugfix: Only set up parpack if deal.II is configured with mpi support

rename and correctly guard arpack/parpack tests

Merge pull request #265 from davydden/parpack

Provide an interface to the parpack solver

Merge pull request #480 from tjhei/documentation

documentation fixes,mostly typos

documentation fixes,mostly typos

Merge pull request #478 from kronbichler/master

Avoid using removed deprecated function

Avoid using removed deprecated function

Merge pull request #477 from kronbichler/master

Fix latex formula

Fix latex formula

Merge pull request #475 from tamiko/fix_bundled_boost

Fix linkage for bundled boost

add a changelog entry

CMake: Bugfix: Add -lrt to the link interface in case of bundled boost

CMake: Fix FIND_SYSTEM_LIBRARY macro

Merge pull request #473 from bangerth/remove-deprecated-functions-5

More removal of deprecated functions and classes

Remove deprecated classes PreconditionedMatrix and PreconditionLACSolver.

Remove deprecated class FEEvaluationDGP.

Remove deprecated classes FEEvaluationGeneral and FEEvaluationGL.

Remove deprecated functions Multigrid::vmult*

Remove deprecated class MGMatrix.

Remove deprecated function MGTools::extract_inner_interface_dofs.

Remove deprecated function MGTools::apply_boundary_values.

Remove deprecated version of MGTools::count_dofs_per_component.

Merge pull request #471 from bangerth/fix-test

Fix a test.

Fix a test.

added tests

added an PArpack eigensolver class

Merge pull request #469 from bangerth/remove-deprecated-functions-4

Remove deprecated functions 4

Remove deprecated function BlockVector::scale().

Remove deprecated function parallel::distributed::BlockVector::scale().

Remove deprecated function PreconditionBlock::size().

Remove deprecated function GridTools::extract_boundary_mesh().

Remove deprecated function GridTools::create_union_triangulation().

Remove deprecated version of parallel::distributed::Vector::scale().

Remove deprecated version of parallel::distributed::Vector::compress_finish().

Remove deprecated constructor of SolverSelector.

Remove deprecated function SparsityPattern::partition.

Remove deprecated functions BlockMatrixArray and BlockTrianglePreconditioner.

Remove deprecated variants of DoFTools::make_periodicity_constraints().

Remove deprecated constructors of SparsityPattern iterators.

Remove deprecated typedef CompressedBlockSparsityPattern.

Remove deprecated functions Mapping::transform_*

Remove some of the deprecated functions in SparsityPattern.

Merge pull request #467 from tjhei/fix_mpi_step39_test

fix tests/mpi/step-39

fix tests/mpi/step-39

And yes, making a copy of the matrix was indeed a mistake here.

Merge pull request #466 from tamiko/git_info_for_user_projects

This is just a minor refactorization to allow to use the cmake stuff for

Update documentation

CMake: Also export git branch and revision in deal.IIConfig.cmake and Make.global_options

CMake: Fix a typo - use .../cmake/macros (lowercase)

CMake: allow to call DEAL_II_QUERY_GIT_INFORMATION from user projects

This commit enables to use the DEAL_II_QUERY_GIT_INFORMATION macro from
within user projects. In this case the variable prefix "DEAL_II_" is
ommited

CMake: Refactor setup_git.cmake into its own macro

Merge pull request #465 from kronbichler/master

Fill jacobians in FEFaceValues.

Fill jacobians in FEFaceValues.

The previous code did not fill the Jacobian transformations on
FEFaceValues and FESubfaceValues. This is now fixed for the various
mappings.

Remove deprecated functions in ChunkSparsityPattern.

Merge pull request #454 from dakshinai/filtered_matrix

closes #454

filtered_matrix test cases

Merge pull request #460 from bangerth/provide-more-shape-function-pictures

Provide more shape function pictures