Merge pull request #6389 from masterleinad/fix_memory_leak_kinsol

Fix memory leak in KINSOL wrapper

Fix memory leak in KINSOL wrapper

Merge pull request #6388 from kronbichler/documentation_matrix_free

Improve documentation of new matrix free data structures

Merge pull request #6385 from masterleinad/fix_warning_nonconst_comparator

Fix warning for non-const comparator

Merge pull request #6386 from kronbichler/mf_face_emplace_back

Prefer emplace_back over push_back in a few places

Document new parameters.

Fix doxygen appearance of MatrixFree::Loop.

Fix copydoc in FEEvaluationBase.

Merge pull request #6368 from drwells/fix-assert-nothrow-slicing

Fix assert nothrow slicing

Prefer emplace_back over push_back in a few places.

Fix warning for non-const comparator

Merge pull request #6384 from kronbichler/fix_changelog

Break lines before author names in changelog

Break lines before author names in changelog.

Merge pull request #6377 from kronbichler/matrix_free_fixes

Matrix free DG test fixes

Merge pull request #6382 from drwells/remove-more-c++11-references

Remove some references to C++11 support.

Merge pull request #6383 from drwells/fix-doc-typos-9

Fix more typos.

Merge pull request #6380 from masterleinad/disable_sc_init

Disable sc_init

Fix more typos.

Work was done by codespell and the (newly fixed) double_word_typos.py script.

Remove some references to C++11 support.

Merge pull request #6379 from drwells/no-subscripers-noexcept

Mark Subscriptor::check_no_subscribers as noexcept.

Merge pull request #6378 from kronbichler/fix_vectorized_scatter

Fix vectorized scatter for AVX-512

Disable sc_init

Mark Subscriptor::check_no_subscribers as noexcept.

Follow-up to a029a7f7acb7fe1a9bd30672b23da577af3c1932: since this function
should never throw we can mark it as noexcept.

This commit also updates relevant documentation explaining the present
behavior.

Must check for all (l,j) pairs for possible conflicts in scatter.

Fix wrong assertion in case no SIMD is applied.

Fix various compiler warnings.

Provide output options for various levels of vectorization.

Explicitly load() an atomic value.

Store values in exception classes.

Avoid using object slicing in AssertNothrow.

Previously this function sliced off important information in
objects.

Merge pull request #6370 from drwells/step-49-modernization-2

Update step-49.

Merge pull request #6376 from masterleinad/fix_doxygen_comment

Fix doxygen code style in FE_P1NC documentation

Fix doxygen code style in FE_P1NC documentation

Merge pull request #6369 from drwells/restrict-tests

Add some third-party library restrictions to tests.

Merge pull request #6365 from bangerth/fix-test

Fix a test for GCC 4.8.4 by doing a cast explicitly.

Merge pull request #6363 from drwells/remove-manifold-lib-includes

Remove extra manifold_lib.h inclusions.

Merge pull request #6361 from tamiko/fix_race_condition_2

Tests: avoid concurrent run of a-framework/parameter_file_x

Update step-49.

This clarifies the use of manifolds since GridGenerator now attaches manifolds
by default.

Add some third-party library restrictions to tests.

Merge pull request #6366 from bangerth/fix-test-2

Namespace qualify a function call.

Namespace qualify a function call.

GCC 4.8.4 marks the call as ambiguous between std::to_string and
Patterns::Tools::to_string. Make the compiler happy by being
explicit, whether or not that is actually necessary.

Fix a test for GCC 4.8.4 by doing a cast explicitly.

Merge pull request #6364 from drwells/remove-static-manifold

Remove a static manifold.

Remove a static manifold.

Remove extra manifold_lib.h inclusions.

Merge pull request #6362 from kronbichler/improve_fe_evaluation_doc

Improve documentation of FEEvaluation::submit_gradient & co

Some random doc fixes.

Improve matrix-free documentation.

Merge pull request #6360 from masterleinad/update_readme

Update readme.html

Merge pull request #6359 from tamiko/fix_race_condition

zoltan/tria_zoltan_01: Always run with mpirun annotation to avoid race condition

Tests: avoid concurrent run of a-framework/parameter_file_x

Update readme.html

zoltan/tria_zoltan_01: Always run with mpirun annotation to avoid race condition

Closes #5773

Merge pull request #6352 from drwells/fix-hyper-cube-with-cylindrical-hole

Fix hyper cube with cylindrical hole

Fix manifold ids in a test.

This test previously relied on the 'unknown manifold id' logic: since
the interior manifold ids were 0 and that manifold was removed those
cells used FlatManifold during grid refinement. Now that the interior
manifold ids are set to numbers::flat_manifold_id this is no longer the
case.

Merge pull request #6300 from kronbichler/issue_5667_dof_info

Face loop functionality in MatrixFree, FEFaceEvaluation class, test cases

Merge pull request #6330 from masterleinad/fix_dh_fe_collection_problem

Only replace FECollection in *DoFHandler if necessary

Merge pull request #6358 from masterleinad/fix_netcdf

Fix up remaining uses of 'output' in GridIn::read_netcdf

Fix up remainign uses of 'output'in GridIn::read_netcdf

Merge pull request #6178 from luca-heltai/patterns-tools-utility-function

Added to_string and to_value

Write changelog entries.

Merge pull request #6350 from masterleinad/fix_cuda_assert

Allow Asserts for functions running on host

Allow Asserts for functions running on host

Failing test in mapping q eulerian.

Only replace FECollection in *DoFHandler if necessary

Comparison operator for FiniteElement and FECollection

Merge pull request #6346 from tamiko/minor_updates

License header updates

Merge pull request #6344 from masterleinad/fix_cppcheck

Fix issues reported by cppcheck

Consistently use 'const bool' in function definitions.

Do not curve outside cells with hyper_cube_with_cylindrical_hole.

Use an enum rather than a plain number to index into dof index arrays.

Add 37 test files checking many aspects of FEFaceEvaluation.

Introduce the new class FEFaceEvaluation. Speed up vector access for contiguous case.

Fix the setup of face connectivity.

Add tests for multiple components in single DoFHandler.

Introduce face loop functionality in MatrixFree. Rework DoFInfo.

Make sure that FE_Nothing can be identified by its name

Merge pull request #6303 from Rombur/cuda_chol

Direct solvers on GPU

update copyright

manually fix garbled header

Update LICENSE file

Good news - ./contrib does not contain any third-party stuff any more
and is exclusively copyrighted by us and licensed under LGPL-2.1 or
later.

Contrib: Improve update-copyright script

Add changelog entry

Remove unnecessary code

Add test for direct solvers on the device

Add direct solver on the device

Add handles for cuSOLVER and cuSPARSE in Utilities::CUDA::Handle

Add cuSOLVER asserts

Add support for cuSOLVER in build system

Address comments

Merge pull request #6347 from jppelteret/follow_up_to_6335

CMake: Add missing boost headers to AdolC module

Merge pull request #6345 from tamiko/cppcheck

Bugfix: Close #ifdef at the right point

CMake: Add missing boost headers to AdolC module

Merge pull request #6335 from tamiko/fix_adolc_test

CMake: Link in Boost libraries for ADOLc check

Bugfix: Close #ifdef at the right point

This was found by cppcheck that rightfully complains about the #endif
statement closing at the wrong position.

Merge pull request #6340 from drwells/update-copyright-notices-2

Update copyright notices 2

Merge pull request #6290 from GivAlz/fix_distributed_cpt_loc

Fixed distributed cpt locations return tuple and added test

Fix issues reported by cppcheck

CMake: simplify check

CMake: Add boost and adolc compatibility check

Make sure to only ever use an external ADOL-C library (that uses the
Boost pool allocator and is linked against external boost) if deal.II is
also configured with external Boost.