Accept an Epetra_BlockMap as argument for duplicate_map().

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19209 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also duplicate communicators for the reinit() operations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19208 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Utilities::Trilinos::comm_self.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19207 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix namespace.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19206 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

List new items.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19205 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use correct function name.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19204 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a few more problems that happen in MPI mode.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19203 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix silly problem.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19202 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use a separate communicator for Trilinos objects by forking the existing communicator into a unique and separate one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19201 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert to previous version -- scoped_ptr is not copyable, but I misread
unique_ptr: it is actually supposed to be copyable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19200 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Actually, use boost::scoped_ptr instead since unique_ptr turns out to be
copyable (movable) after all.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19199 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use unique_ptr instead of auto_ptr to make clear the intent that this is not copyable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19198 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make documentation available, document and remove exceptions

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19197 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement duplicate_map.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19196 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement the equivalent of std::unique_ptr using boost::scoped_ptr.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19195 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make compile in MPI mode.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19193 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Utilities::Trilinos::duplicate_communicator.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19192 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide forward declarations. Re-indent a couple of places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19191 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Forward declare BlockMatrixBase since it will otherwise get a
tentative declaration in the wrong namespace.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19190 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix whitespace issues.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19189 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a misunderstanding on my part.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19188 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Read over it from the perspective of someone who doesn't have any idea what
all of this does.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19187 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a check function for information about inhomogeneities.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19186 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

more on relaxation methods

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19185 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use the same report format as in the other tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19184 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Nicer markup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19183 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make function of base class available; test compiles again

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19182 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo in comments that confused doxygen.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19181 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix bug in PETScWrappers::MPI::BlockSparseMatrix by synchronizing the state (set/add) between all blocks.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19179 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Allow 'make report' to run in parallel as well.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19178 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add to the documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19177 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19176 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Introduce new relaxation step methods and base MGSmootherRelaxation on them

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19175 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent a bunch of places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19174 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent one comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19173 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make clear which namespace the function is in that we refer to (this
is necessary if we want to concatenate all .cc files into one).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19172 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more paper.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19170 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more preprint.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19169 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify documentation in one place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19168 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix language.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19167 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

put apostrophe in place

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19166 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Escape one word.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19165 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add something to say that the set of eigenvalues can sometimes be continuous,
not just discrete.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19164 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A couple of typo fixes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19163 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more paper.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19162 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent -- there were vestiges from the change to dim/spacedim that
hadn't been re-indented back then.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19161 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work some more on the mesh movement algorithm.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19160 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make sure we back out of the steepest decent if the gradient is
zero. This happens, for example, in bits/distorted_cells_06 without
this hunk.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19159 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Put parentheses around an expression.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19158 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update number of tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19157 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Satisfy a missing reference.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19156 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Small typo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19155 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19154 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve the algorithm to fix up cells by allowing it to work on faces as well.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19153 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide a shortcut to get at the boundary object of a face/edge.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19152 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more article.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19151 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Two new full_matrix tests for cholesky and outer_product.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19150 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add page number and volume.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19149 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove unnecessary include file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19148 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Debugged full_matrix cholesky, edited testsuite.html

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19147 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Started to write the first few comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19146 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement projection onto quads.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19145 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Allow projection onto hex. Add testcase.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19144 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

First step in implementing project_to_surface,

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19143 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19142 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix language.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19141 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid confusion of the PGI compiler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19140 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add functions project_to_surface to the Boundary description.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19139 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

List step-36.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19138 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

List step-36.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19137 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add another idea for extensions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19136 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor text edit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19135 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor mods.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19134 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add to documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19133 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Quick fix removing repeated entries

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19132 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merged step-36 to online-doc

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19131 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Explicitly initialize the base Subscriptor class in copy constructor.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19130 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a vestige from olden times.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19129 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added cholesky and outer_product to FullMatrix class, various typo edits

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19128 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more change to make things with the extra Trilinos vector really work (hopefully).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19127 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added assertion in reading msh file to check that a number of cells != 0 is actually read.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19126 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update publication details.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19125 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

std::auto_ptr cannot be copied which causes an error on some platforms. Use std_cxx1x::shared_ptr instead.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19124 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added implicit conversion from VectorView to const Vector

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19123 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more publication.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19122 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update paper status.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19121 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

List Joerg's thesis.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19120 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix some small formatting issues.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19119 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a compiler warning by setting the values of old_min_product directly and not within an if statement.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19118 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix the MPI problem in ConstraintMatrix reported by Michael Rapson in the mailing list: Use a pointer to a Trilinos vector instead of a vector object directly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19117 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Tweaked documentation of step-36

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19114 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Correct output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19112 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testcase for fixing up faces.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19111 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement the fix-up procedure also for faces. It isn't tested right
now, a testcase is going to be next.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19110 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add to documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19109 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust function name.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19108 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Other minor re-organizations. Mainly move an if(...) statement that
was located on exactly the wrong loop.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19107 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug in the documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19106 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a link.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19105 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the fix_up_cell function and helpers a bit more generic.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19104 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d