Moved options to AdditionalData. Fixed doc.

Use GrowingVectorMemory in IDA + example in doc.

Renamed IDAInterface to IDA.

More sensible defaults, and document optional functions.

Renamed reset_dae and improved documentation.

Added AssertIDA macro.

Added quicktest.

Starting point for SUNDIALS IDA interface.

Merge pull request #5052 from Rombur/python_triangulation

Python wrappers

Merge pull request #5087 from drwells/timer-multithreaded-fixes

Timer multithreaded fixes

Merge pull request #5091 from bangerth/doc-update

Fix grammar.

Merge pull request #5083 from masterleinad/replace_single_character

Replace single character strings

Fix grammar.

Merge pull request #5089 from tjhei/fix_boost_serialize_header_missing_2

second try in fixing boost serialization missing header

second try in fixing boost serialization missing header

Merge pull request #5055 from masterleinad/move_finite_element

Implement move constructors for FiniteElement and FESystem

Merge pull request #5075 from bangerth/invalid-accessor

Introduce a class that can't be used.

Exit the given subsection in TimerOutput::Scope.

The current implementation doesn't work in a multithreaded context.
Consider the following sequence of events:

Thread 1: start and create Scope scope_1(timer_output, "1")
Thread 2: start and create Scope scope_2(timer_output, "2")
Thread 1: call ~scope_1() and join
Thread 2: call ~scope_2() and join

The current implementation of ~Scope() exits the most recent subsection,
so when ~scope_1() is called we leave subsection "2" and when ~scope_2()
is called we leave subsection "1". We can get around this by always
explicitly exiting the subsection in which we started.

Use last lap times for TimerOutput accumulation.

The methods Timer::wall_time() and Timer::cpu_time() (i.e.,
Timer::operator()()) return cumulative times instead of times over the
last lap.

Merge pull request #5026 from masterleinad/variadic_constructor_fe_system

Variadic constructor for FESystem

Merge pull request #5071 from masterleinad/fix_clang_5_0_0

Fix warnings for clang-5.0.0

Merge pull request #5081 from masterleinad/use_const_ref

Use const& instead of const where applicable

Merge pull request #5086 from tjhei/fix_boost_serialize_header_missing

add missing header file needed for boost 1.65

add missing header file needed for boost 1.65

Merge pull request #5084 from GivAlz/ErrorPoint

Corrected error in documentation of point input operator

Corrected error in documentation

Merge pull request #5082 from masterleinad/use_nullptr

Use nullptr instead of NULL

Merge pull request #5068 from bangerth/hp-fixes

More parallel hp fixes

Replace single character strings

Use nullptr instead of NULL

Use const& instead of const where applicable

Merge pull request #5079 from bangerth/doc-update

Update the C++11 page.

Update the C++11 page.

Merge pull request #5070 from bangerth/prep-work

Prep work

Merge pull request #5065 from bangerth/fix-richardson

Avoid raw pointers in favor of VectorMemory::Pointer in SolverRichardson.

Merge pull request #5076 from bangerth/simplify

Simplify some function calls now that we have hp::DoFHandler::get_fe(index)

Simplify some function calls now that we have hp::DoFHandler::get_fe(index).

Fix warnings for clang-5.0.0

Update some documentation.

Introduce a class that can't be used.

Specifically, declare DoFInvalidAccessor that is the accessor
for cases where dim>spacedim -- i.e., things that can't logically
happen, but that at times do happen in code like

  for (quad=0; quad<GeometryInfo<dim>::quads_per_cell; ++quad)
    cell->quad(quad)->do_something();

Here, the code is not executed in 1d, but we want it to be syntactically
correct so that we can compile the function. Having a DoFInvalidAccessor
then serves the same purpose that InvalidAccessor already does for
tria accessor functions: such objects cannot be created but rather
throw an exception, but they provide the correct syntax.

Merge pull request #5066 from tamiko/bzip2_dir

CMake: Respect BZIP2_DIR in FindBZIP2.cmake

Make the set_dof_indices() function more general.

Wrap a bunch of comments.

Add a changelog entry.

Avoid raw pointers in favor of VectorMemory::Pointer.

Remove an unused variable.

Make SolverRichardson::criterion() be self contained.

Specifically, pass everything the function needs as argument. Also make it 'const'
by not letting it set a variable that is otherwise never read anywhere.

Remove an unnecessary include file.

Merge pull request #5069 from bangerth/doc-updates

Doc updates

Add to the documentation.

Explain a code example better.

Fix a bug in hp DoF unification.

Specifically, in the first phase of DoF distribution, we only
enumerate DoF indices on locally owned cells. Thus, after
unification when we renumber, we need to ignore DoFs on
ghost cells. In that case, we need to pass the correct
'check_validity' flag to the renumbering routines.

Limit renumbering hp DoFs to non-artificial cells.

Limit updating DoF indices to cells where this is possible.

Merge pull request #5062 from bangerth/convert-arrayview

Automatically allow converting std::vector to ArrayView.

Merge pull request #5067 from bangerth/hp-fixes

Two small parallel hp fixes

Merge pull request #5064 from bangerth/cleanup-logstream

Some minor cleanups of LogStream.

Merge pull request #5058 from tjhei/fix_readwritevector_test

fix tests/readwritevector_0x

Only update DoF indices on active cells in the non-MG renumbering.

Do not set directly active_fe_indices on ghost cells.

CMake: Respect BZIP2_DIR in FindBZIP2.cmake

Add changelog entry.

Add test.

Automatically allow converting std::vector to ArrayView.

Some minor cleanups of LogStream.

In particular, move some functions into the .cc file -- surely, these
functions do not need to be 'inline' in the header file.

Merge pull request #5061 from bangerth/fix-minres

Avoid raw pointers in favor of VectorMemory::Pointer in SolverMinRes.

Merge pull request #5060 from bangerth/fix-grammar

Fix grammar in documentation.

Merge pull request #5059 from tamiko/make_clang_5.0_happy

CMake: Avoid -Wunknown-warning-option warnings

CMake: Avoid -Wunknown-warning-option warnings

Clang 5.0.0 complains about unknown warning options in GCC pragma
directives. This causes a lot of spurious warnings whenever the macro

  DEAL_II_DISABLE_EXTRA_DIAGNOSTICS

is encountered. Add a pragma directive to disable warnings about unknown
warnings to silence this.

Avoid raw pointers in favor of VectorMemory::Pointer.

Fix grammar.

Mark an empty destructor as '=default'.

Merge pull request #4723 from drwells/manifold-arrayview-compat

Break the Manifold interface for performance.

fix tests/readwritevector_0x

Add a changelog entry for the Manifold incompatibities.

Rename add_new_points as get_new_points.

This function no longer appends new points to a vector so a name change is in
order.

Directly create an ArrayView from a table.

Mark methods as 'override'.

Break the Manifold interface for performance.

This commit changes the interfaces of

Manifolds::get_default_points_and_weights
Manifold::project_to_manifold
Manifold::get_new_point
Manifold::add_new_points

to use ArrayView instead of std::vector. In addition, the interface of
add_new_points has been changed to populate the ArrayView argument
instead of appending to the end of the array.

This breaks the public interface of Manifold for the sake of improving
performance by about 30%: profiling indicates that, when creating a grid
with a Manifold, we spend about 30% of our time purely calling new and
delete since we must create and destroy so many std::vectors.

Changelog entry

Add tests

Implement variadic template constructor and std::initializer_list constructor for FESystem

Implement move constructors for FiniteElement and FESystem

Merge pull request #5053 from tjhei/document_parallel_grid_tools

document parallel::GridTools namespace

document parallel::GridTools namespace

otherwise the functions won't show up in doxygen

Merge pull request #5047 from kronbichler/improve_tensor_product_polynomials

Rewrite TensorProductPolynomials::compute for more performance

Add changelog.

Add python tests

Merge pull request #5051 from tjhei/doxygen_fixes

fix doxygen formatting mistakes

Add python wrappers to generate more meshes and to flatten triangulations

fix doxygen formatting mistakes

Merge pull request #5050 from tjhei/fix_grid_tools_include

Fix self-inclusion in distributed/grid_tools.h

Fix self-inclusion in distributed/grid_tools.h

Why would you want to do that? I hope that this is the cause for doxygen not
showing the documentation of this header.

Merge pull request #5049 from drwells/update-windows-timer

Fix a bug in the Windows CPU time calculation.

Fix a bug in the Windows CPU time calculation.
The function GetProcessTImes() returns a value in units of 100 nanoseconds, so
we were previously off by a factor of 10.

Merge pull request #5048 from tjhei/fix_mesh_loop_test

fix tests/meshworker/step-11-mesh_loop

Merge pull request #5005 from tamiko/fe_nedelec_bug

Fix FE_Nedelec::convert_generalized_support_point_values_to_dof_values (kind of)

Rewrite TensorProductPolynomials::compute for more performance

fix tests/meshworker/step-11-mesh_loop

Merge pull request #5032 from drwells/timer-rename-variables-2

Clean up some variable names in the Timer class.