Merge pull request #1118 from kronbichler/master

Simplify Chebyshev preconditioner setup by using signals

Simplify Chebyshev preconditioner setup by using signals

Merge pull request #1112 from drwells/fix-code-intercalation

Fix code intercalation

Merge pull request #1120 from drwells/update-include-guards-2

Update two more nonstandard include guards.

Update two more nonstandard include guards.

Fix comments on a code sample.
The comments and code were intercalated in an incorrect manner, where
some comments were uncommented and some code was (incorrectly)
commented. I also fixed a small error in the example code (the dof
handler was not associated a triangulation).

Merge pull request #1093 from davydden/MPI_sum_Vector

Utilities::MPI::sum() for Vector<number>

Merge pull request #1111 from bangerth/move-IsBlockMatrix

Move IsBlockMatrix from block_indices.h to constraint_matrix.h.

Merge pull request #1116 from drwells/fix-code-quote-line-split

Correctly format a code quote.

Merge pull request #1115 from drwells/use-tt-not-TT

Consistently use '<tt>', not '<TT>', so show code.

Merge pull request #1114 from drwells/update-include-guards

Update header guard symbols to the new style.

Merge pull request #1113 from drwells/fix-small-typos

Fix some small typos.

Merge pull request #703 from simonsticko/signalsSolverCG

Add signals for retrieving additional data from solver_cg

Correctly format a code quote.

Consistently use '<tt>', not '<TT>', so show code.

Update header guard symbols to the new style.

Fix some small typos.

Move IsBlockMatrix from block_indices.h to constraint_matrix.h.

The latter is the only file where it is actually used, so we may as well have it there.

Merge pull request #1101 from tjhei/fix_tests

cleanup test

Merge pull request #1110 from kronbichler/master

One more fix for gcc-4.4

cleanup test

- correct push/pop
- don't use \n
- format output
- maybe fix mac os by using more long double?

Merge pull request #1108 from bangerth/fix-test-7

Adjust the precision of the output of a test.

Add signals for retrieving additional data from solver_cg and solver_gmres.

SolverCG and SolverGMRES compute quantities such as eigenvalues, condition numbers
and coefficients during the solution process. Add boost::signals2 to be able to
communicate these estimates back to the caller.

One more fix for gcc-4.4

Merge pull request #1102 from bangerth/cpp11-and-laoperators

Add references between C++11 and the LA Operators.

Merge pull request #1109 from tjhei/speed_up_test

simplify test

simplify test

This avoid timeouts on the tester by speeding up the computation by a
factor of about 4.

Adjust the precision of the output of a test.

Merge pull request #1092 from guidokanschat/block_indices_string

Block indices string

Merge pull request #1107 from kronbichler/master

Make compile gcc-4.4

Make compile gcc-4.4

add string conversion for BlockIndices

Merge pull request #1105 from drwells/fix-step-32-references

Fix some minor doxygen issues in step-32.

Merge pull request #1106 from tjhei/fix_tests2

fix tests

fix tests

- 2 tests require functionparser
- update another libc++ typename string replacement

Fix some minor doxygen issues in step-32.
Doxygen did not pick up the quoted text next to a @ref correctly, so I
reworded the paragraph to not need the quoted text.

Merge pull request #1104 from kronbichler/master

Avoid compile error on gcc-4.6 (and probably older).

Avoid compile error on gcc-4.6 (and probably older).

Merge pull request #1103 from drwells/remove-wrapcomments-string-import

Remove a deprecated function usage.

Remove a deprecated function usage.
This function (string.find) was deprecated in python 2.4 in favor of the
.find() method of strings and was and removed in python 3.

Add references between C++11 and the LA Operators.

Merge pull request #1099 from tjhei/formatting

Formatting

run wrapcomments.py

Conflicts:

include/deal.II/numerics/error_estimator.h

fix to wrapcomments.py

fix doxygen errors

manual formatting

This makes doxygen and wrapcomments.py happy

Merge pull request #1097 from tjhei/grid_distort_random_boost

switch GridTools::distort_random to boost::random

Merge pull request #1100 from tjhei/muelu_in_doxygen

make muelu preconditioner appear in doxygen

make muelu preconditioner appear in doxygen

Merge pull request #1083 from tjhei/cell_id_to_str

add CellId::to_string()

move implementation to .cc

clean up tests and use to_string()

add CellID::to_string()

switch GridTools::distort_random to boost::random

Use boost::random instead of std::rand(). This makes calls to the
function deterministic (distortion will always be the same for the same
mesh) and hopefully makes the testsuite more robust (differences in
rand() on MAC OS).

Merge pull request #1096 from tjhei/fix_tests

MAC: maybe fix test

MAC: maybe fix test

Forcing all computations to be done as long double with the hope that
this fixes the numerical differences on the MAC tester.

Merge pull request #1072 from kronbichler/master

Introduce vectorized transposition for array-to-structure conversions

Introduce vectorized transposition for array-to-structure conversions

Introduce vectorized transposition for array-to-structure conversions

implement Utilities::MPI::sum for Vector<number>

Merge pull request #1094 from tjhei/fix_tests

fix tests

Merge pull request #1087 from tjhei/clang_warnings

disable clang warnings with cxx11 disabled

disable clang warnings

compiling the bundled boost with clang without cxx11 causes hundreds of
warnings.

fix tests

instantiate internal::Vector::copy_vector<int,int>()

Merge pull request #1091 from drwells/fix-single-digit-output-time

Fix single digit output time

Remove 'if (true)' statements.
These are redundant and the related comment is no longer correct (there
are, as of the previous commit, no new variables declared in that
scope).

Fix strange VTK timestamps with refactoring.
VTK files, based on when they are written, may save output with text
like

This file was generated by the deal.II library on 2015/7/6 at 17: 3:49

which, while correct, is a bit strange to read. This behavior may occur
in other output file formats. I fixed this by calling utility functions
with the correct behavior.

Merge pull request #1088 from tjhei/remove_warnings

disable muparser warnings

Merge pull request #1086 from tjhei/fix_test_output

fix test output

Merge pull request #1085 from tjhei/mac_fix_tests

fix tests on MAC OS

Merge pull request #1089 from tjhei/clang_warning_pragma_warnings

fix pragma warnings warnings... sigh :-(

fix pragma warnings warnings

PR #1076 disabled warnings due to disabling unknown warnings with a
pragma. This causes the warning

src.cxx:4:3: error: unknown warning group '-Wpragmas', ignored [-Werror,-Wunknown-pragmas]
  _Pragma("GCC diagnostic ignored \"-Wpragmas\"")

with Clang 3.4.0. It seems it supports Wunknown-pragmas which is okay to be
used with gcc too. Sigh.

fix tests

- do not use pow(int, int)
- fix unify_pretty_function()
- replace typenames

disable muparser warnings

suppress -Wnested-anon-types warning with clang 3.6 in muParser.

fix test output

This due to the recent changes in the vtk GridOut

Merge pull request #1084 from guidokanschat/fix_2_multigrid_tests

Fix the ordering of renumbering in two tests

Fix the ordering of renumbering in two tests

Merge pull request #1082 from tjhei/string_replace

new Utilities::replace_in_string() which returns a string with all occurrences of one substring replaced by another

new Utilities::replace_in_string()

Merge pull request #1077 from guidokanschat/improve_svg

Fix font sizes in SVG output

The font scaling in GridOut::write_svg() was broken since the units were missing. It has been fixed and an additional parameter GridOutFlags::Svg::cell_font_scaling has been introduced for tuning.

adjust test output

Fix font sizes in SVG output

Merge pull request #1076 from guidokanschat/diagnostic_pragmas

Remove warnings due to disabling unknown warnings

reduce pragma test to the necessary

Merge pull request #1081 from guidokanschat/fix_vtu_tests

Adjust test output for VTU tests to additional manifold id

test for all the pramas used in DEAL_II_DISABLE_EXTRA_DIAGNOSTICS to avoid warnings in clang 3.4

Adjust test output for VTU tests to additional manifold id

Merge pull request #1078 from guidokanschat/partial_grid_out

VTK and VTU output with level number, material id, and subdomain ids

astyle

add manifold id to output and adjust output files

remove include

ignore mpirun tests without mpi

add test for multiple subdomains and convert huge unsigned to negative values

VTK and VTU output in GridOut restructured to use iterator ranges internally
Add output of level number, material id, and subdomain ids

Merge pull request #1079 from tjhei/testsuite_pretty_function

rework unify_pretty_function() in testsuite so that sed is not needed anymore

Merge pull request #1080 from tjhei/remove_warning

remove warning

remove warning

gcc gives the nonsensical warning "comparison of unsigned expression < 0
is always false". Work around this.

rework unify_pretty_function() in testsuite

We used to call into sed to do some string replacement in order to
normalize the output of __PRETTY_FUNCTION__. This is crazy and won't
work on MAC OS (sed doesn't accept -e). Do this using string replacement
instead.

Merge pull request #1075 from tamiko/compilation_fixes

Bugfix: Compile fixes for Functions::Polynomial<dim>