Avoid some uses of Triangulation::user_flags

Merge pull request #13929 from luca-heltai/cgal-point_conversion

Merge pull request #13941 from tamiko/fix_tests_06

test ginkgo/solver: adjust tolerances

Merge pull request #13939 from tamiko/fix_tests_04

test distributed_grids/large_vtu_01: fix test

Merge pull request #13938 from tamiko/fix_tests_03

test distributed_grids/3d_refinement_09: refactor test and add an output variant

adjust second output file

Merge pull request #13934 from drwells/arkode-linear-jacobians

Arkode linear jacobians

test ginkgo/solver: adjust tolerances

Add header file for point conversion

Merge pull request #13933 from drwells/fix-cgal-tests

Fix some CGAL tests.

Merge pull request #13935 from drwells/gcc-12-types-tests

Fix some test typenames for GCC-12.

distributed_grids/large_vtu_01: fix test

Let's only write to deallog on rank 0, otherwise the output might get
truncated.

distributed_grids/3d_refinement_09: add an output variant

distributed_grids/3d_refinement_09: refactor test

 - print maximal refinement level and add a comment to the logic

Fix some test typenames for GCC-12.

Use stricter timestep limits in an ARKODE test.

For whatever reason this test is less stable than the others. Setting bounds on
the timesteps makes this pass on more configurations with the same output.

Make all ARKODE implicit test functions linear.

Forcing functions don't effect stability so they should always be in the
explicit part.

Fix some CGAL tests.

1. Avoid an implicit muParser dependency
2. Fix compilation

Merge pull request #13927 from tamiko/fix_compile_warnings_02

CMake: add DEAL_II_CGAL_HAS_DEPRECATED_BOOST_INCLUDES check

Merge pull request #13925 from tamiko/fix_compile_warnings_01

base/polynomials_bdm.cc: avoid a compiler warning with gcc-12

CMake: add DEAL_II_CGAL_HAS_DEPRECATED_BOOST_INCLUDES check

CMake: refactor boost define into config.h.in

In order to work around the newest set of deprecated header warnings
(this time triggered by CGAL including a deprecated header :-(() I would
otherwise have to add this #define dance at 5 different other places.

Instead, it is cleaner to simply give up and define the macro globally.

The configure checks will ensure that the macro is only ever defined if
needed.

base/polynomials_bdm.cc: avoid a compiler warning with gcc-12

gcc-12 in release mode will inline the evaluate function into some
methods of the FE_BDM class. It then rightfully complains that the (now
modified) else branch will write out of bounds.

Despite the fact that we instantiate this polynomials class and the
related FE class for 1d this code has never worked. Thus, fail
prominently with an error message.

base/polynomials_bdm: rewrap comments and remove dead code

Merge pull request #13920 from peterrum/valence_fix

Try to fix valence

Merge pull request #13908 from peterrum/fe_data

Rename fe_base.h to fe_data.h

Merge pull request #13914 from NiklasWik/compiler_warnings

Fix compiler warning

Try to fix valence

Fix compiler warning

Merge pull request #13913 from luca-heltai/cgal-fix-tests

Fix input and output of some cgal tests.

Merge pull request #13828 from kronbichler/improve_access_mg_dofs

Simplify access to MG DoFs in DoFAccessor

Merge pull request #13918 from drwells/more-sundials-6-2

More sundials 6 2

Merge pull request #13912 from luca-heltai/cgal-fix-orientation-hex

Fix orientation issue with hex cells.

Merge pull request #13919 from peterrum/mf_field_private

Make fields private

Make fields private

Fix orientation issue with hex cells.

Merge pull request #13917 from mschreter/fix_write_json_demangled_alias

Fix another SUNDIALS 6 incompatibility.

Technically this is a bug in our use case - it doesn't make sense to evolve an
ODE past the provided end time.

Propagate SUNContext objects to linear solvers.

Merge pull request #13915 from peterrum/mf_consistent

MF: make things more consistent

fix write json of demangled alias parameters

MF: make things more consistent

Merge pull request #13904 from luca-heltai/cgal-replace_variadic_with_AdditionalData

Merge pull request #13911 from peterrum/warning

Work on warning

Fix input and output of some cgal tests.

Merge pull request #13902 from drwells/cleanup-sundials-context

Cleanup sundials context

Work on warning

Fix variadic

Merge pull request #13903 from drwells/update-sundials-docs

Update sundials docs

Merge pull request #13907 from NiklasWik/project_div_conforming

Add typename and instantiation to `project_boundary_values_div_conforming`

Rename fe_base.h to fe_data.h

Remove unnecessary MPI initialization from SUNDIALS programs.

Clean up SUNDIALS contexts and communicators.

SUNDIALS will duplicate communicators for us, as needed. For example, in
SUNProfiler_Create, SUNDIALS implements

    #if SUNDIALS_MPI_ENABLED
    profiler->comm = NULL;
    if (comm != NULL)
    {
        profiler->comm = malloc(sizeof(MPI_Comm));
        MPI_Comm_dup(*((MPI_Comm*) comm), (MPI_Comm*) profiler->comm);
    }
    #else
    profiler->comm = comm;
    #endif

It is preferable to let SUNDIALS duplicate the communicator so that we
don't call MPI functions when we have only serial data structures (and
may not have initialized MPI).

Merge pull request #13743 from luca-heltai/cgal-dealii-tria-from-implicit-function

Cgal dealii tria from implicit function

Merge pull request #13900 from drwells/fix-kinsol

Fix step-77 by fixing KINSOL.

Add typename and instantiation

Added Implementation for Triangulation<2,3>

Clean up SUNDIALS copyright notices.

Remove references to older SUNDIALS versions.

Merge pull request #10747 from dangars/find_cell_test

Add parallel test for find_active_cell_around_point

Merge pull request #13898 from kronbichler/remove_headers

Remove inclusion of additional headers

Merge pull request #13901 from kronbichler/fix_test

Add missing header to test

Add missing header to test

Add a test based on step-77.

Initialize MPI with step-77.

SUNDIALS duplicates communicators even in serial.

Revert "Remove sudials/copy.h"

This reverts commit 51b6f10f36a4dd61ed4daf20c137cc48c19de5f0.

While we are here - patch the copy test to work with SUNDIALS 6.

CGAL Triangulation from implicit function.

Revert SUNDIALS copy to fix KINSOL, part 1

Use self-documenting empty type: std::tuple<>

Simplify the access to MG dofs in DoFAccessor

Fix up test

Merge pull request #13899 from kronbichler/documentation_chebyshev

Document possibility for data locality in matrix-free tutorial

Merge pull request #13867 from zjiaqi2018/large-count-mpi-io

LargeCount MPI_write/read_at

Merge pull request #13846 from marcfehling/occ-76

Restore compatibility with OpenCASCADE >= 7.6.0

Merge pull request #13835 from bergbauer/NonMatching_MappingInfo

Implement class NonMatching::MappingInfo

Remove inclusion of additional headers

LargeCount MPI_write/read_at

Merge pull request #13894 from bangerth/unicode

Merge pull request #13892 from zjiaqi2018/fix-step-81-warnings

Fix step-81 complex number warnings

Added missing header.

Add point_value_03 test

Parallel test for find_active_cell_around_point()

Avoid unicode and correct 10-5 -> 10^-5.

Merge pull request #13883 from kronbichler/documentation

Remove another inclusion of hanging_nodes_internal.h. Documentation.

Merge pull request #13893 from drwells/fix-arkode-3-and-4

Fix arkode 3 and 4

address comments

Implement class NonMatching::MappingInfo

Merge pull request #13897 from kronbichler/compile_warning

Merge pull request #13457 from peterrum/distribute_local_to_global_by_interpolation

Allow to average values in parallel::distributed::SolutionTransfer

Avoid warning regarding unused variable

Fix compile warning in step-50

Merge pull request #13888 from bangerth/std

Qualify int*_t and uint*_t with std::.

Use static_assert to ensure correct type

Remove another inclusion of hanging_nodes_internal.h. Documentation.

Merge pull request #13896 from drwells/fix-cgal

Fix compilation with CGAL.

Fix compilation with CGAL.

Merge pull request #13885 from drwells/fix-lc-mpi-clobbering

Fix a problem with combining MPI::LargeCount and PETSc.

Merge pull request #13850 from tjhei/wrapcomments-update

wrapcomments.py update

Merge pull request #13879 from tjhei/add_large_vtu_test

add large vtu test

Merge pull request #13887 from tjhei/simplex-dox-relates

doxygen: don't use @ingroup simplex