Add missing output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30290 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some results on computing times, cleanup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30289 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step-42.cc still had an old QPL license header

Updated it to the new copyright header mentioning the LGPL and
reconstructed the authors of step-42.cc from its svn history.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30288 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix doxygen markup in documentation of step 51.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30287 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix list markup in the changelog.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30286 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

more step-51 documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30285 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Limit test to what's working right now.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30284 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do not use member function that doesn't exist.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30283 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Leave a couple of TODOs. There are ways to make the current code simpler, but most of what needs to work works now, so I will leave it at this for the moment and we will see if anyone runs into the assertions that remain for now.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30282 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove test now no longer necessary. Move test that now works.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30281 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replace removed function call by one that still works.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30280 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clean up workstream data in step-51

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30279 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make sure the common case actually works...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30278 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement face_to_cell_index() also for FESystem.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30277 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement the face_to_cell() function for the FE_Q element family, at least for 2d. In 3d, someone will need to draw a few pictures and figure things out, but at least for now one gets an ExcNotImplemented().

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30276 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use standard arrangement of function arguments. Document two arguments that are unused in a function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30275 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove tests now no longer useful after the removal of the function they test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30274 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Small update

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30273 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Workaround for an issue with gcc-4.1 and an explicit destructor call

(aka I don't want to give up yet and fully revert the change ;-) )

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30272 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move FiniteElementData::face_to_cell_index to FiniteElement. The function needs to be virtual, following my changes yesterday, and it would be the only virtual function of this base class. Thus, it doesn't fit into the "data" part of this class if its implementation can be and will be overloaded.

Also remove FiniteElementData::face_to_equivalent_cell_index: this function had been deprecated a while back already.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30271 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add support for Windows/MinGW32

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30270 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Disable bundled TBB for Windows targets as well

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30269 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

use meshworker for step-51

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30268 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Compile with -Wno-long-long to suppress a lot of warnings when compiling in
C++98 mode

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30267 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a small change note

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30265 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge branch 'branch_port_to_libcxx' into trunk

This merge fixes several language standard incompatibilities. With this
LLVM's libcxx (revision >= 188068) is now supported.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30264 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typos

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_port_to_libcxx@30263 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add step-51 comments

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30262 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Guard new assertion with a test for standard orientation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30261 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document a problem with FiniteElementBase::face_to_cell_index in a couple of different places. Add an assertion. Add two tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30260 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Submit the essence of the last bit of the patch by Oleh Krehel, now that I actually understand it. Explain it in a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30259 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Oleh Krehel: many typo and other small fixes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30258 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typos in the glossary.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30257 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updates to HDG documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30256 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge step-51 botched commit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30255 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add output for step-51

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30254 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

#include cleanup. multigrid.h included <data_out.h> for no apparent reason.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30253 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Oleh Krehel: allow suppressing writing date and time in generating VTK and VTU output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30252 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add list with convergence rates in 3d

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30251 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust output: FE_FaceQ now has support points

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30250 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Tests for face interpolation in FE_FaceQ

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30249 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Tests for face interpolation in FE_FaceQ

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30248 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix bug

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30247 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement adaptivity. For this, need to add a few functions to FE_FaceQ like face interpolation matrices. Also, change the support points of FE_FaceQ to Gauss-Lobatto points instead of equidistant ones as listed in a todo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30246 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add missing instantiation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30245 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix high memory consumption in ChunkSparsityPattern::copy_from by creating the reduced sparsity pattern using a CompressedSimpleSparsityPattern object for gathering the small indices

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30244 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a warning

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30243 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge branch 'trunk' into branch_port_to_libcxx

Conflicts:
deal.II/source/numerics/data_out.inst.in

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_port_to_libcxx@30242 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

When reading the C++ standard 12.4 I'm not quite sure whether this is a bug
or not.

But anyway, simplifying the destructor call resolves this issue, so there
is no need for a guard and an expensive configure test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_port_to_libcxx@30241 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix misspelling of HTML code.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30240 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30239 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix bug #78: BlockMatrixBase::set/add had race conditions when used from multiple threads because these functions used scratch arrays. One just needed to add a mutex to guard these data structures.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30238 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove namespace step-51 as the class name already contains step-51. Speed up assembly by caching the output of FEValuesExtractors and only working on dofs with support on faces

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30237 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

First version of new tutorial example demonstrating hybridizable discontinuous Galerkin methods on the problem of step-7

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30236 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix copy-paste error.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30235 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

It looks like block matrices of all type were not freeing memory at exit. Fixed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30234 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add destructor to PETScWrappers::MPI::SparseMatrix to not leak memory

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30233 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

change recommended numdiff export for the regression tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30232 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix some of the PETSc memory leaks

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30231 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30230 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

simple test to see memory leaks

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30229 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

check for PETSc memory leaks

We are leaking in many tests, actually.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30228 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

more PETSc reinit() fixes

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30227 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add failing test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30226 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix another PETSc reinit() call

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30225 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix compilation warning

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30224 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update properties

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30223 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30222 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix assignment and reinit of PETScWrappers::MPI::Vector

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30221 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Be quiet

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30220 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix bug #76 by removing an assertion that incorrectly triggered. The assertion was also pretty expensive.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30219 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

documentation patch by Oleh Krehel

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30218 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge from Mainline

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_port_to_libcxx@30217 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix: Initialize optional languages on subsequent cmake runs, too.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30216 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Workaround for a problem in LogStream:

It is invalid to test for std::flush or std::endl with function pointers,

  std::ostream & (* const p_flush) (std::ostream &) = &std::flush; p ==
  p_flush ? ...,

as there could be multiple versions of of it.

And in fact, LLVM's libc++ implements std::flush and std::endl in a way
that every shared library and executable has its local copy.

Fix this by implementing a custom streambuf class that queries this sort of
information.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_port_to_libcxx@30215 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert the last 4 commits. git-svn is stupid

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30214 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Workaround for a problem in LogStream:

It is invalid to test for std::flush or std::endl with function pointers,

  std::ostream & (* const p_flush) (std::ostream &) = &std::flush; p ==
  p_flush ? ...,

as there could be multiple versions of of it.

And in fact, LLVM's libc++ implements std::flush and std::endl in a way
that every shared library and executable has its local copy.

Fix this by implementing a custom streambuf class that queries this sort of
information.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30213 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a compilation warning with clang that complains about class and struct
mismatch in declaration and instantiation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30212 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Workaround for a bug in the boost foreign_ptr.hpp header [1]

It is invalid to forward declare things in the std namespace. This works
with libstdc++ by accident but not with libc++ that uses inline namespace
features.

[1] https://svn.boost.org/trac/boost/ticket/6655

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30211 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a compilation issue with LLVMs libc++

Due to more restrictive include policy template<class T1, class T2> struct pair
is not already defined in std at this point. Unfortunately, a forward
declaration is invalid because it doesn't allow for instantiations:

  "error: implicit instantiation of undefined template"

Furthermore, ISO/IEC C++ 2011 Standard, section 17.6.4.2.1 prohibits such
manipulation of the namespace std.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30210 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add *::MPI::BlockVector::has_ghost_elements() and a missing constructor

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30209 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make the documentation of ConstantTensorFunction show up in doxygen

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30208 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix typos in documentation of cmake usage

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30207 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add test with 4 cpus

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30206 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30205 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30204 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a reference to a discussion elsewhere.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30203 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove accidentally checked in test outputs

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30202 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a compilation warning with clang that complains about class and struct
mismatch in declaration and instantiation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_port_to_libcxx@30201 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Workaround for a bug in the boost foreign_ptr.hpp header [1]

It is invalid to forward declare things in the std namespace. This works
with libstdc++ by accident but not with libc++ that uses inline namespace
features.

[1] https://svn.boost.org/trac/boost/ticket/6655

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_port_to_libcxx@30200 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30199 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30198 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix SparsityTools::distribute_sparsity_pattern for block systems

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30197 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

some prm-files

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30196 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

copied step-42.cc from src/unified

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30195 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add Oleh to the credits

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30194 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

documentation patch by Oleh Krehel

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30193 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix bug in IndexSet

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30192 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Checking PETSc-SLEPc compatibility is VERSION_SUBMINOR independent and way to restrictive if not respected. Check MAJOR and MINOR only then go ahead with config.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30191 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a publication (correct a publication)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@30190 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d