extend GridGenerator::torus<3,3>() so that one can generate an open torus with angle 0 < phi <= 2*pi

fix bug in GridGenerator::torus<3,3>()

Merge pull request #8901 from dougshidong/master

Fix DoFHandler>::n_boundary_dofs() in issue #8897

Merge pull request #8908 from masterleinad/fix_typo_tensor

Fix another typo in tensor.h

Fix another typo in tensor.h

Merge pull request #8878 from dangars/complex_integrate_difference

Complex integrate_difference()

Merge pull request #8907 from peterrum/tensor_docu_fix

Fix docu in Tensor

Fix docu in Tensor

Merge pull request #8903 from kronbichler/doc_vectorized_array_pod

VectorizedArray: Update documentation POD -> StandardLayoutType

Update documentation about POD -> StandardLayoutType

Fix DoFHandler::n_boundary_dofs() in issue #8897

Only count locally owned dofs in the case of a parallel::distributed::Triangulation.

Use suggested syntax on cell iterator.

Co-Authored-By: Daniel Arndt <arndtd@ornl.gov>
Add test case for n_boundary_dofs in parallel

Fix n_boundary_dofs() for hp version.

Also implement suggested change

    Start 3212: dofs/n_boundary_dofs_01.mpirun=1.debug
1/8 Test # 3212: dofs/n_boundary_dofs_01.mpirun=1.debug .....   Passed    0.50 sec
    Start 3213: dofs/n_boundary_dofs_01.mpirun=1.release
2/8 Test # 3213: dofs/n_boundary_dofs_01.mpirun=1.release ...   Passed    0.49 sec
    Start 3214: dofs/n_boundary_dofs_01.mpirun=2.debug
3/8 Test # 3214: dofs/n_boundary_dofs_01.mpirun=2.debug .....   Passed    0.50 sec
    Start 3215: dofs/n_boundary_dofs_01.mpirun=2.release
4/8 Test # 3215: dofs/n_boundary_dofs_01.mpirun=2.release ...   Passed    0.51 sec
    Start 3216: dofs/n_boundary_dofs_02.debug
5/8 Test # 3216: dofs/n_boundary_dofs_02.debug ..............   Passed    0.51 sec
    Start 3217: dofs/n_boundary_dofs_02.release
6/8 Test # 3217: dofs/n_boundary_dofs_02.release ............   Passed    0.52 sec
    Start 3218: dofs/n_boundary_dofs_03.debug
7/8 Test # 3218: dofs/n_boundary_dofs_03.debug ..............   Passed    0.52 sec
    Start 3219: dofs/n_boundary_dofs_03.release
8/8 Test # 3219: dofs/n_boundary_dofs_03.release ............   Passed    0.54 sec

100% tests passed, 0 tests failed out of 8

Add hp n_boundary_dofs test.

Use unordered_set instead.
Fix a || to a && from switching the if-continue statement.

      Start 3212: dofs/n_boundary_dofs_01.mpirun=1.debug
 1/18 Test # 3212: dofs/n_boundary_dofs_01.mpirun=1.debug .....   Passed   51.27 sec
      Start 3213: dofs/n_boundary_dofs_01.mpirun=1.release
 2/18 Test # 3213: dofs/n_boundary_dofs_01.mpirun=1.release ...   Passed   17.03 sec
      Start 3214: dofs/n_boundary_dofs_01.mpirun=2.debug
 3/18 Test # 3214: dofs/n_boundary_dofs_01.mpirun=2.debug .....   Passed    1.90 sec
      Start 3215: dofs/n_boundary_dofs_01.mpirun=2.release
 4/18 Test # 3215: dofs/n_boundary_dofs_01.mpirun=2.release ...   Passed    1.45 sec
      Start 3216: dofs/n_boundary_dofs_02.debug
 5/18 Test # 3216: dofs/n_boundary_dofs_02.debug ..............   Passed   50.17 sec
      Start 3217: dofs/n_boundary_dofs_02.release
 6/18 Test # 3217: dofs/n_boundary_dofs_02.release ............   Passed   16.30 sec
      Start 3218: dofs/n_boundary_dofs_03.debug
 7/18 Test # 3218: dofs/n_boundary_dofs_03.debug ..............   Passed   50.67 sec
      Start 3219: dofs/n_boundary_dofs_03.release
 8/18 Test # 3219: dofs/n_boundary_dofs_03.release ............   Passed   16.71 sec
      Start 5498: hp/n_boundary_dofs.debug
 9/18 Test # 5498: hp/n_boundary_dofs.debug ...................   Passed   44.68 sec
      Start 5499: hp/n_boundary_dofs.release
10/18 Test # 5499: hp/n_boundary_dofs.release .................   Passed   11.83 sec
      Start 5500: hp/n_boundary_dofs_01.mpirun=1.debug
11/18 Test # 5500: hp/n_boundary_dofs_01.mpirun=1.debug .......   Passed   34.48 sec
      Start 5501: hp/n_boundary_dofs_01.mpirun=1.release
12/18 Test # 5501: hp/n_boundary_dofs_01.mpirun=1.release .....   Passed   12.46 sec
      Start 5502: hp/n_boundary_dofs_01.mpirun=2.debug
13/18 Test # 5502: hp/n_boundary_dofs_01.mpirun=2.debug .......   Passed    1.75 sec
      Start 5503: hp/n_boundary_dofs_01.mpirun=2.release
14/18 Test # 5503: hp/n_boundary_dofs_01.mpirun=2.release .....   Passed    1.36 sec
      Start 5504: hp/n_boundary_dofs_02.debug
15/18 Test # 5504: hp/n_boundary_dofs_02.debug ................   Passed   34.33 sec
      Start 5505: hp/n_boundary_dofs_02.release
16/18 Test # 5505: hp/n_boundary_dofs_02.release ..............   Passed   12.25 sec
      Start 5506: hp/n_boundary_dofs_03.debug
17/18 Test # 5506: hp/n_boundary_dofs_03.debug ................   Passed   41.88 sec
      Start 5507: hp/n_boundary_dofs_03.release
18/18 Test # 5507: hp/n_boundary_dofs_03.release ..............   Passed   15.45 sec

100% tests passed, 0 tests failed out of 18

Merge pull request #8900 from peterrum/vectorizedarray-iterator

Introduce VectorizedArrayBase and VectorizedArrayIterator

Merge pull request #8894 from nfehn/master

New functionality to compute maximum aspect ratio of a mesh

new functionality to compute mesh aspect ratio

Introduce VectorizedArrayBase and VectorizedArrayIterator

Merge pull request #8869 from bangerth/nedelec

Update the description of the Nedelec element.

Reference FE_Nedelec from the documentation of FE_NedelecSZ.

Merge pull request #8895 from starki0815/merge_triangulations_bug

Fix a bug in merge triangulations()

Add changelog entry

Merge pull request #8893 from kronbichler/vectorized_array_size

Add VectorizedArray::size() member function

Update source/grid/tria.cc

Co-Authored-By: Daniel Arndt <arndtd@ornl.gov>

Update source/grid/tria.cc

Co-Authored-By: Daniel Arndt <arndtd@ornl.gov>

Add test integrate_difference_01_complex_04

Use a std::complex function for the tests integrate_difference_01_complex_0{1,2,3}

Use a std::complex function for the test fe_nedelec_singularity_01

Add std::complex support to integrate_difference()

The type of exact_solution was double and fe_function could have any numerical
type (double, float, std::complex<double> or std::complex<float>). This would
lead in certain cases to unnecessary casts, for example from double to float.
In addition it was not possible to compare a std::complex exact_solution to a
std::complex fe_function.

Now the types of exact_solution and fe_function must be the same, as a result
integrate_difference() can be used to compare a std::complex exact_solution to
a std::complex fe_function.

This change is not backward-compatible. The old version of the function has
been deprecated.

Changelog

Test size() function

Add VectorizedArray::size() function

Fix a bug in merge triangulations()

This patch makes sure that merge_triangulations() does not forget about where the boundary is (the problem has actually been in create_triangulation(), which assigned numbers::internal_face_boundary_id to boundary_faces)

Merge pull request #8889 from rezarastak/grid_tools_doc

Small rewording of doc for compute_point_locations()

Apply suggestions from code review

Co-Authored-By: Daniel Arndt <arndtd@ornl.gov>

Merge pull request #8888 from masterleinad/bind_thread_management

Remove some uses of std::bind from thread_management.h

Merge pull request #8887 from masterleinad/avoid_thread_managenent

Avoid including thread_management.h

Remove some uses of std::bind from thread_management.h

Merge pull request #8890 from rezarastak/doxygen_perl

PERL_PATH removed from options.dox

PERL_PATH removed from options.dox

Rewording of the doc in compute_point_locations

Avoid including thread_management.h

Merge pull request #8886 from rezarastak/dist_solution_trans_doc_fix

Minor documentation fix in P::D::SolutionTransfer

reorder part of the doc in P::D::SolutionTransfer

Minor documentation fix in P::D::SolutionTransfer

Merge pull request #8881 from masterleinad/fix_cuda_aware_mpi

Fix behavior for CUDA-aware MPI

Fixup style for preprocessor  check

Avoid setting values when inserting ghost entries

Avoid using std::memset for device data

Merge pull request #8880 from kronbichler/cuda_synchronize_mpi

Synchronize CUDA device in MPI ghost exchange

Synchronize CUDA device in MPI ghost exchange

Merge pull request #8879 from masterleinad/Fix_ms_host_la_templates_campi

Fix using MemorySpace::Host with la_parallel_vector.templates.h and CUDA-aware MPI

Fix using MemorySpace::Host with la_parallel_vector.templates.h and CUDA-aware MPI

Merge pull request #8736 from fvanmaele/perl-canonical-doxygen

doxygen: rewrite set_canonical_doxygen.py in Perl

Merge pull request #8875 from kronbichler/cuda_improve_mf_loop

Bypass vector copy in MatrixFree::cell_loop with MPI

Changelog

Merge pull request #8847 from tjhei/kinematics_always_inline

kinematics.h: fix always_inline

Merge pull request #8813 from kronbichler/partitioner_use_ranges

 Process indices in ComputeIndexOwner by intervals

Merge pull request #8876 from masterleinad/fix_host_compiler

Fix setting host compiler

Merge pull request #8871 from peterrum/cuda-step64-update

Update step-64

Update step-64

Merge pull request #8811 from kronbichler/speedup_mg_transfer_copy_indices

Avoid sorting a large array in MG fill_copy_indices

Fix setting host compiler

Merge pull request #8874 from masterleinad/clang-9-tidy

Fix some clang-tidy 9 findings

Use proper partitioner in step-64

Bypass vector copies if partitioners match

Avoid sorting a large array in MG fill_copy_indices

Merge pull request #8872 from peterrum/gpu-comment-fix2

Update the GPU matrix-free documentation (2) [WIP]

Update the GPU matrix-free documentation (2)

Merge pull request #8870 from masterleinad/require_mpirun_p4est

Require mpirun when requesting p4est in tests

Require mpirun when requesting p4est in tests

Merge pull request #8858 from jwitte08/get-cell-index

add MatrixFree::get_cell_level_and_index()

Merge pull request #8860 from masterleinad/fix_fe_nothing_coarsening

Fix SolutionTransfer when coarsening from FE_Nothing

Merge pull request #8868 from peterrum/parallel-computeverticeswithghostneighbors-assert

Enable assert again

Update the description of the Nedelec element.

Fix some clang-tidy 9 findings

Enable assert again

Merge pull request #8867 from dougshidong/fix_manifold_get_new_point

Add changelog for #8861

Add changelog for #8861

Merge pull request #8864 from bangerth/direction

Change 'direction' of make_periodicity_constraint() to 'unsigned int'.

Merge pull request #8865 from masterleinad/fix_cuda_tests

Fix failing CUDA tests

Merge pull request #8838 from peterrum/gpu-qpoint

Eliminate q_point from functor and other GPU functions

Fix failing CUDA tests

Merge pull request #8854 from peterrum/shapeinfo-collocation

Compute shape_gradients/hessians_collocation in ShapeInfo

Merge pull request #8861 from dougshidong/fix_manifold_get_new_point

Fix Manifold get_new_point()

Add a changelog entry.

Change 'direction' of make_periodicity_constraint() to 'unsigned int'.

Store underlying Mapping

Store 1D quadrature

add and test MatrixFree::get_cell_level_and_index()

Merge pull request #8859 from masterleinad/document_periodic_direction

Document direction parameter for periodic constraints

Merge pull request #8863 from peterrum/parallel-computeverticeswithghostneighbors-newtest

Add missing test output

Compute shape_gradients_collocation and shape_hessians_collocation in ShapeInfo

Remove unused variable

Merge pull request #8862 from peterrum/parallel-computeverticeswithghostneighbors-fix

Fix a bug introduced in #8783

Add missing test

Merge pull request #8857 from jwitte08/extend-tpmatrix

Extend TensorProductMatrixSymmetricSum

Fix a bug introduced in #8783

Fix get_new_point optimization.

A performance-if ignores next point when current point weight = 0.

However, since the current point weight is 0, we should be replacing the current point with the next point, not skipping the next point.

Fix Manifold get_new_point()

The weights can be negative, we simply want to avoid dividing by 0.

Use alias

Fix SolutionTransfer when corsening from FE_Nothing

Rename template parameter size to n_rows_1d