Merge pull request #5391 from jppelteret/ad-product_types

Implement more product types for AD numbers

Merge pull request #5422 from tjhei/doxygen_deprecated

doxygen: fix deprecated function signatures

Include Adol-C product types header in fe_values

Fixes #5420

Implement ProductType for Adol-C numbers

Add support and implement ProductType for Trilinos Sacado::Rad numbers

Merge pull request #5421 from jppelteret/fix_5420

Fix expansion for Adol-C numbers

doxygen: fix deprecatedfunction signatures

Deprecated functions show up with a trailing "1". Fix this.

Example: has_generalized_face_support_points() in http://www.dealii.org/developer/doxygen/deal.II/classFiniteElement.html

Fix expansion for Adol-C numbers

Merge pull request #5358 from GivAlz/new_distribute_bboxes

New function parallel::GridTools::exchange_local_bounding_boxes

Added function parallel::GridTools::exchange_local_bounding_boxes and tests

Merge pull request #5406 from tcclevenger/interface_matrix_entry

Add functionality to create sparsity pattern for MG interface matrices

Merge pull request #5382 from jppelteret/ad-build_template_arguments

Update build system template arguments for AD number types.

Merge pull request #5418 from bangerth/cleanups

Minor updates to DoFRenumbering::Cuthill_McKee.

Revert an if-else and other restructuring.

Some comment updates and minor restructuring.

Merge pull request #5412 from agrayver/subdomain-wise-fix

Fix erroneous assert and add a test

Merge pull request #5393 from gassmoeller/fix_manifold_normal_vector

Fix algorithm in Manifold::normal_vector

Fix erroneous assert

Test third algorithm

Merge pull request #5416 from davydden/tests/full_mmatrix_10_mkl

lower the tolerance for full_matrix_10 test with float numbers

Merge pull request #5415 from kronbichler/replace_fabs_by_abs

Replace std::fabs() by std::abs() for complex numbers.

lower the tolerance for full_matrix_10 test with float numbers

Replace std::fabs() by std::abs() for complex numbers.

Merge pull request #5409 from kronbichler/further_test_fixes

Make a few more tests more robust

Update build system template arguments for AD number types.

Add alternative output for compilations with FMA.

Check termination within a few iterations for iterative solver.

Test new algorithm

Address some comments

Merge pull request #5405 from Rombur/cuda_9

Fix a bug in cmake when using CUDA.

Filter out small float number in FullMatrix test.

Merge pull request #5387 from masterleinad/support_sundials_3

Support sundials-3.0.0

Merge pull request #5403 from kronbichler/test_roundoff_robustness

Make a number of tests more robust

Merge pull request #5404 from masterleinad/use_polar_manifold_in2d

Use PolarManifold in 2D SphericalManifold

Merge pull request #5397 from kronbichler/relax_transfinite_manifold_criterion

Fix TransfiniteInterpolationManifold on complex geometry

Fix a bug in cmake when using CUDA.

If CUDA_SEPARABLE_COMPILATION is ON, we need to also use
CUDA_COMPUTE_SEPARABLE_COMPILATION_OBJECT_FILE_NAME and
CUDA_LINK_SEPARABLE_COMPILATION_OBJECTS. Otherwise the flags are not passed
correctly during the linking phase. So we turn CUDA_SEPARABLE_COMPILATION OFF
to fix this problem.

Use PolarManifold in SphericalManifold for 2D

added is_interface_matrix_entry and step-50-mesh_loop

Merge pull request #5400 from kronbichler/fix_transfinite_manifold_linesearch

Make line search for transfinite manifold more stable

Use 'const Number tolerance = ...' instead.

Merge pull request #5398 from bangerth/more-complex-2

Instantiate everything also for complex-valued vectors.

Add filter-to-zero to another full matrix test.

Filter away small numbers to avoid roundoff errors for floats.

Output 10 digits instead of 6 to avoid propagation of roundoff differences.

Set tolerance on one test to avoid roundoff issue.

Output more digits to avoid roundoff problems in anisotropic polynomial.

Filter away small numbers to avoid roundoff errors for floats.

Output more digits to avoid roundoff problems in test.

Output relative error to avoid roundoff issues.

Add option to set small numbers to zero.

Merge pull request #5384 from davydden/cell_data_transfer_for_users

move CellDataTransferBuffer out of internal namespace

Make line search for transfinite manifold more stable.

Fix TransfiniteInterpolationManifold on complex geometry.

improve documentation

Merge pull request #5399 from bangerth/doc-update

Minor doc update to GridRenumbering::Cuthill_McKee.

Minor doc update to GridRenumbering::Cuthill_McKee.

Instantiate functions and classes also for complex-valued vectors.

Merge pull request #5388 from bangerth/more-complex

Make things work for std::complex data types.

Merge pull request #5395 from bangerth/more-complex-4

Make LapackFullMatrix also work with std::complex data types.

Merge pull request #5396 from bangerth/more-complex-5

Make a few more things work with std::complex types.

Merge pull request #5394 from bangerth/more-complex-3

Make a piece of code work for std::complex data types.

Merge pull request #5389 from bangerth/complex-mpi

Also describe complex types to MPI.

Make a few more things work with std::complex types.

Make LapackFullMatrix also work with std::complex data types.

This is slightly complicated by the fact that the LAPACK functions sometimes have
a different signature for complex data types. This patch does not address this
-- these functions will simply fail if the signature is wrong. However, at least
we can compile things with this patch.

Make a piece of code work for std::complex data types.

Fix algorithm in Manifold::normal_vector

Merge pull request #5390 from masterleinad/document_boundary

Document replacements for the Boundary objects

Merge pull request #5383 from kronbichler/fix_fe_evaluation_test

Avoid taking reference of non-existant static constexpr variables

Also describe MPI data types.

Document replacements for the Boundary objects

Make things work for std::complex data types.

Changelog entry

Support both SUNDIALS 2.7.0 and 3.0.0

move CellDataTransferBuffer out of internal namespace

Avoid taking reference of non-existant static constexpr variables.

Merge pull request #5381 from kronbichler/update_manifold_documentation

Update documentation of manifolds

Slightly extend glossary entry on manifolds.

Fix data type.

Update documentation of manifolds.

Merge pull request #5368 from masterleinad/improve_spherical_new_point

Improve SphericalManifold::get_new_point

Merge pull request #5379 from tamiko/deuglify_error_message

CMake: Fix info string about bundled libraries

CMake: Fix info string about bundled libraries

Merge pull request #5377 from kronbichler/chart_manifold_extend

Implement ChartManifold::get_intermediate_point

Changelog entry

Add test for nearly collinear points

Adjust test output

Improve SphericalManifold::get_new_point

Changelog.

Add test case.

Implement ChartManifold::get_intermediate_point.

Merge pull request #5374 from kronbichler/improve_transfinite_manifold_performance

Improve performance of evaluation in transfinite interpolation manifold

Merge pull request #5373 from jppelteret/tests-sacado_3

Add more Sacado::RFad and nested RFad-DFad examples to the testsuite

Improve performance of compute_transfinite_interpolation.

Add more Sacado::RFad and nested RFad-DFad examples to the testsuite

These test the vector-mode functionality of the reverse AD numbers.

Merge pull request #5363 from bangerth/more-complex

More small changes to prepare allowing complex-valued vectors.

Merge pull request #5370 from bangerth/avoid-warnings

Avoid warnings about no return value in non-void functions.

Merge pull request #5369 from bangerth/doc-update

Add a missing doc string.

Merge pull request #5371 from bangerth/doc-update-2

Better document GridTools::find_active_cell_around_point().

Better document GridTools::find_active_cell_around_point().

Avoid warnings about missing return types.