Remove deprecated PETSc vector classes.

Get rid of PETScWrappers::Vector in the PETSc matrix classes.

We can simply use PETScWrappers::VectorBase instead. In addition, get rid of
some methods in the derived class that are identical to those in MatrixBase.

Make the PETSc to deal.II vector copy generic.

We may as well allow copying instances of the base class: the operations are the
same.

Overhaul the PETSc MatrixFree vmult.

Make PETScWrappers::apply_boundary_values more generic.

Merge pull request #4340 from masterleinad/fix_petsc_complex_tests

Fix petsc_complex tests

Fix petsc_complex tests

Merge pull request #4338 from davydden/fix_compute_active_cell_layer_within_distance

remove unused template argument

remove unused template argument

Merge pull request #4337 from bangerth/fix-test

Fix a test that requires MPI.

Fix a test that requires MPI.

Merge pull request #4336 from bangerth/fix-petsc-test

Fix a PETSc test that doesn't compile.

Fix a PETSc test that doesn't compile.

Merge pull request #4297 from drwells/convert-petsc-tests-1

Convert petsc tests 1

Rewrite tests that used deprecated PETSc vectors.

PETScWrappers::Vector and PETScWrappers::BlockVector were deprecated in
favor of PETScWrappers::MPI::Vector and PETScWrappers::MPI::BlockVector.

This involves removing all of the PETScWrappers::BlockMatrix tests,
since that class takes one of the deprecated vectors as an argument.

Merge pull request #4093 from vishalkenchan/new/GridTools/compute_active_cells_within_skin

New: GridTools::compute_active_cells_within_skin

Merge pull request #4335 from masterleinad/remove_dealii_cxx11

Remove DEAL_II_WITH_CXX11

Remove DEAL_II_WITH_CXX11

Merge pull request #4334 from bangerth/remove-deprecated-static-var

Remove the deprecated member variables 'supports_distributed_data' of vector classes.

Add a changelog entry.

Remove the deprecated member variables 'supports_distributed_data' of vector classes.

Merge pull request #4332 from masterleinad/remove_petsc_use_64bit_indices

Remove usages of PETSC_USE_64BIT_INDICES

Merge pull request #4328 from bangerth/fix-serialization

Make serialization work with older GCC versions as well.

Remove usages of PETSC_USE_64BIT_INDICES

Merge pull request #4330 from drwells/petsc-vec-type-invariant

Make PETScWrappers::MPI::Vector always distributed.

GridTools::compute_bounding_box(), compute_active_cells_within_skin(), compute_ghost_cells_within_skin()

Un-inline PETScWrappers::MPI::Vector::operator=(Vector &).

This function is long enough that the compiler probably won't inline it anyway.

Make the Vec type of PETScWrappers::MPI::Vector invariant.

PETSc supports both sequential ('seq') and distributed ('mpi') vectors: since
this vector is supposed to be distributed, we should always make it an MPI (or
ghosted) vector to simplify this class.

Merge pull request #4325 from masterleinad/fix_64bit_complex_set

Fix PETScWrappers::MatrixBase::set for 64bit and complex scalars

Make serialization work with older GCC versions as well.

Remove special treatment of the 64bit case

Merge pull request #4326 from davydden/doc/partitioner

adjust documentation of Partitioner to, hopefully, make it more clear

Merge pull request #4320 from vishalkenchan/new/smallest_enclosing_sphere

New TriaAccessor function smallest_enclosing_sphere() added.

adjust documentation of Partitioner to, hopefully, make it more clear

add TriaAccessor<>::enclosing_ball()

Merge pull request #4307 from bangerth/remove-deprecated-DataPostprocessor-functions

Remove deprecated functions in DataPostprocessor.

Fix PETScWrappers::MatrixBase::set for 64bit indices and complex scalar type

Merge pull request #4324 from dealii/revert-4298-install_muparser_headers

Revert "Install muparser headers"

Merge pull request #4321 from bangerth/unique-ptr

Simplify memory management in Patterns::List/Map.

Merge pull request #4314 from bangerth/remove-deprecated-function-3

Remove deprecated function FEValuesBase::get_normal_vectors().

Merge pull request #4323 from masterleinad/fix_arpack_fp_test

Remove dependence on FunctionParser in ARPACK test

Revert "Install muparser headers"

Merge pull request #4088 from vishalkenchan/extend/GridTools/find_active_cell_around_point

Extend/grid tools/find active cell around point

Add changelog entry.

Remove deprecated function FEValuesBase::get_normal_vectors().

At the same time, recreate it with a different return type.

Remove dependence on FunctionParser in ARPACK test

Merge pull request #4306 from tjhei/hide_muparser

hide muparser definition

Simplify memory management in Patterns::List/Map.

Merge pull request #4319 from kronbichler/remove_vectorization_include

Avoid including vectorization.h in a too central place

Avoid including vectorization.h in a too central place

added test for find_active_cell_around_point

added change log entry

extended find_closest_vertex() and find_active_cell_around_point()
to take an optional custom mask for vertices.

Merge pull request #4312 from bangerth/copy-patterns

Allow copying Patterns::List and Patterns::Map objects.

Merge pull request #4311 from kronbichler/add_vectorization_diagnostics

Add an error message for vectorization capability mismatch

Add an error message regarding vectorization instruction set mismatch

Merge pull request #4315 from bangerth/remove-deprecated-function-4

Remove deprecated functions in DataOutInterface.

Merge pull request #4316 from bangerth/remove-deprecated-function-5

Remove deprecated functions (hp::)DoFHandler::get_tria().

Add a changelog entry.

Remove deprecated functions (hp::)DoFHandler::get_tria().

Add a changelog entry.

Remove deprecated functions in DataOutBase.

Adjust test.

Add tests.

Add a changelog entry.

Allow copying Patterns::List and Patterns::Map objects.

Avoid the memory corruption that otherwise happens.

Merge pull request #4309 from masterleinad/fix_boost_1_64_0

Fix compilation with BOOST 1.64

Merge pull request #4295 from bangerth/parameter-handler-exceptions

Provide some guarantees with regard to exceptions in ParameterHandler.

Add alternative output for boost-1.64.0

Merge pull request #4308 from bangerth/avoid-warnings

Avoid a warning in optimized mode.

Fix compilation with BOOST 1.64

Avoid a warning in optimized mode.

Add a changelog entry.

Remove deprecated functions in DataPostprocessor.

Remove tests that use deprecated functions.

All of these tests have corresponding ones (-new) that use the newer
function interfaces.

Merge pull request #4304 from bangerth/remove-ParameterHandler-read

Remove deprecated ParameterHandler::read_input*().

Add changelog entry.

Add more tests.

Provide some guarantees with regard to exceptions.

hide muparser definition

Merge pull request #4303 from masterleinad/fix_missing_check

Add check for Trilinos return value

Merge pull request #4300 from davydden/point_squared_distance

add Point::squared_distance()

Add changelog file.

Remove deprecated ParameterHandler::read_input*().

Convert tests to use ParameterHandler::parse_input().

This test also requires not to use the old semantics of creating
input files that don't exist.

Convert tests to use ParameterHandler::parse_input().

Add check for Trilinos return value

add a test

rename

Merge pull request #4296 from kronbichler/fix_epetra_vector

Make deal.II compile with Trilinos but without MPI

add Point::squared_distance()

Merge pull request #4298 from tjhei/install_muparser_headers

Install muparser headers

Install muparser headers

This fixes compilation error introduced by #4285 (muparser.h now
needs to be accessible for user projects).

Make deal.II compile with Trilinos but without MPI.

Merge pull request #4289 from bangerth/doc-update

Minor doc update to TriaAccessor::center.

Merge pull request #4290 from bangerth/doc-update-2

Update documentation of TriaAccessor::barycenter.

Merge pull request #4291 from danshapero/tria-unique-ptrs

Replaced tria members with unique ptrs

Replaced tria members with unique ptrs

Merge pull request #4285 from resetius/msvc-tbb

MSVC: fix compilation with tbb

Merge pull request #4292 from tjhei/msvc_readme

update readme regarding MSVC