improve cycle detection

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26164 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

limit the number of entries in a ConstraintMatrix generated while close()ing to detect complicated cycles.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26156 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make test compi;e

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26154 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

keep types in types and numbers in numbers

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26153 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add a TODO

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26152 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add missing inheritance

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26151 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Apparently made a mistake in re-setting the output file...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26150 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add hdf5/xdmf output (work from Eric Heien)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26149 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Figure out a flag that can be used to deprecate functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26148 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix spelling.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26145 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add reduced testcase

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26142 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust once more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26141 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Further adjust output for these tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26140 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26139 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

failing constraints

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26138 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Increase precision by one to output 0.125 as such, rather than as 0.12 or 0.13.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26136 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a number of testcases where we were outputting vectors and tensors using their own operator<< which, unfortunately, does not take into account the threshold on doubles and therefore produced output that had small numbers below the roundoff threshold in them.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26135 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Limit the threshold up to which stuff is printed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26134 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

clarift form of lines

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26131 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26130 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

removed (comment) operation parameter from compress function in line 2592 of trilinos_sparse_matrix.h, because it is a unused parameter (-Wunused-paramter warning was thrown)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26129 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

better revert everything

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26128 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix indices

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26127 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

giving up fixing cells_adjacent_to_vertex and deprecating it due to its bad implementation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26126 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove latex from documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26125 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Leave a TODO.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26120 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

For two tests, increase the accuracy of output. The reason is that they often compute numbers like 0.125 that either get rounded to 0.12 or 0.13 depending on the phase of the moon. In such cases, reduce the chance of silly conflicts by just outputting a couple more digits.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26118 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

write about working Trilinos versions

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26114 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

change to Google Group

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26110 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implementing the KellyEstimator in refine_grid ()

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26107 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a note.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26103 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

test contract3

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26101 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

test double contraction

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26100 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Aesthetic change - find Recent Changes easier.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26098 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove unusable --with-metis-libs configure flag.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26097 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Several more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26094 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix has_ghost_elements() in trilinos 10.12.x

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26093 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

revert last edit partly and fix test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26092 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add more checks to test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26090 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-introduce the old names as a typedef.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26087 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

As discussed at the workshop, rename types::material_id_t to types::material_id and retain the old name as a deprecated typedef. Do the same with subdomain_id and boundary_id.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26086 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

As discussed at the workshop, rename types::material_id_t to types::material_id and retain the old name as a deprecated typedef. Do the same with subdomain_id and boundary_id.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26085 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add new test for trilinos

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26084 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix test and output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26083 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make it possible to run tests in parallel

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26082 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix test output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26081 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix typo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26080 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

new test for trilinos hang

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26079 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Find metis if it is not make installed, or is implemented in PETSc

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26078 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26076 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Ensure that MPI tests that don't compile actually show up in the output of 'make report'. Previously, if there was a file such as parallel_vector_03/ncpu_4/status from a previous run still around, then we would get to see an error message at the top that the file didn't compile, but in the 'report' target we would still look at the old 'status' file and report a success for this test. Thus, delete these files when compiling an object file and thereby ensure that they have to re-built as part of the 'make report' process.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26075 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also delete status files in MPI directories.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26074 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update to METIS 5.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26071 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Duplicate code once, not twice. PETScWrappers::SparseMatrix::MPI::*norm* is just a specialisation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26070 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add publication.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26069 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Align comments, add one description comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26066 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26064 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cleaning the code; some documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26059 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26058 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Encode the path to metis with -Wl,-rpath on the command line.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26057 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid some cruft from PETSc 2.x times.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26056 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix paths to METIS when taking stuff from the environment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26049 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Print some text when taking METIS from the envoronment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26048 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Put Must Have Trillinos failsafe in Makefile.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26047 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix test for PETSc >= 3.2

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26046 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert patch 25771 - norms are required by tests/petsc/full_matrix_0{5,6}.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26045 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set properties.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26043 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set properties.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26042 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Get rid of some piece of old code that isn't used any more according to Guido.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26041 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix KSPCHEBYSHEV for PETSc 3.3.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26040 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update a couple of comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26038 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix katastrophic typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26037 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix compiler warnings and renaming some classes and functions

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26036 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

formulation of the saddle point problem

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26035 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove parts of BOOST that we don't use but that take incredibly long to parse in Eclipse.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26033 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26031 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix an error in the definition of b(.,.)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26030 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Third PETSc bundle removing support for PETSc < 3.x.x

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26028 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify. Remove configuration ifeq for PETSc < 3.x.x

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26027 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Take -fast out of the flags when compiling C files with Clang because this flag is apparently not recognized.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26026 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a couple of warnings.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26020 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set properties.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26017 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

undo r26010

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26014 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

change debug check in trilinos vector and add comment

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26010 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Silence MUMPS compiler warning.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26009 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Second piecewise removal support for PETSc < 3.x. Align comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26006 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

First piecewise removal support for PETSc < 3.x.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26005 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

avoid that library functions are replaced instead of creating a brand new library

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26004 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add accepted publication.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26002 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

changing the reference for saddle point problem; fixed bug in E(u)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26001 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

improve documentation and remove doxygen warnings

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25999 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

provide a reference output for comparison

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25998 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Kill configure support for PETSc < 3.0 and update the readmes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25997 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

merge: unify compress() for linear algebra objects

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25986 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

DoFRenumbering::sort_selected_dofs_back(..) on each level for mg
implemented

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25982 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Wrapper to the MUMPS interface of PETSc by Dan Brauss.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25967 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Let copy constructor from IdentityMatrix to FullMatrix not be explicit any more. There doesn't appear to be a compelling reason for this.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25961 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reintroduced dynamic cast bug for 10.8

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25959 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Put minimal information about METIS

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25957 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed OSX Mountain Lion configure bug.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25948 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d