Merge pull request #6775 from tamiko/update-step-1

examples/step-1: Update indenting

Merge pull request #6773 from tamiko/affine_constraints_documentation

AffineConstraints Cleanup #3: Update glossary entries

step-1: Reflow two paragraphs

doc/glossary: Update glossary on constraints

doc/glossary: Update trivial references to AffineConstraints

Merge pull request #6777 from masterleinad/fix_includes_boundary

Add missing include files in boundary_*.h

Add missing include files in boundary_*.h

Merge pull request #6767 from masterleinad/fix_gmres_eigenvalue

 Avoid crash for no iteration in GMRES eigenvalue approximation

Merge pull request #6673 from drwells/add-indent-branch-target

Add script that reindents recently changed files.

Merge pull request #6770 from masterleinad/ressurect_tria_boundary_headers

Resurrect grid/tria_boundary_*.h

Merge pull request #6766 from davydden/affine_constraints_instantiations

add a few missing instantiation after the switch to AffineConstraints

Resurrect grid/tria_boundary_*.h

Merge pull request #6764 from masterleinad/fix_unused_variables_debug

Fix unused variables in Debug mode

Avoid crash for no iteration in GMRES eigenvalue approximation

clarify wording

add a few missing instantiation after the switch to AffineConstraints

Merge pull request #6751 from koecher/trilinos-sparse-matrix-dof-renumbering

bugfix for TrilinosWrapper::SparseMatrix ::add and ::copy_from

Merge pull request #6727 from marcfehling/boost-minimum

Require a more recent version of boost (at least 1.64).

Fix unused variables in Debug mode

Merge pull request #6759 from masterleinad/avoid_unnamed_namespaces

Avoid unnamed namespaces

Avoid \0 delimeter

We actually do not need any \0 delimeter because '\n' is an invalid
character in file names. So, simply switch to '\n' delimeted output.
This helps with Mac OS X compatibility because there grep might not have
the -z (--null-data) option and can thus not correctly match null
terminated input...

Add script that reindents recently changed files.

My laptop needs about 30s to run clang-format since the script currently
reindents all files regardless of whether or not they have been
modified. This PR adds a new target indent-branch that only reindents
files that have been modified (or added) since the last commit to
master. This takes less than a second to run (with a few files changed)
on my laptop.

Avoid unnamed namespaces in *.h

Avoid unnamed namespaces in *.templates.h

Cleanup of FindBOOST.cmake

Merge pull request #6762 from tamiko/improve_indent_script

contrib/utilities/indent: Reorganize script

make Mac OSX's sed happy

run indent script

improve error messages

Do not change line ending in output files

Some of the output files are binary files, we shouldn't touch them.

contrib/utilities/indent: Reorganize script

This commit

 - reorganizes the core indenting logic into a indent_common.sh file

 - cleans up find and indenting logic to make everything more readable

 - prepares for more specialized indent versions (see #6673)

Merge pull request #6757 from piyueh/fix#6756

Fix #6756

Merge pull request #6746 from masterleinad/deprecate_function_map

Deprecate FunctionMap

Merge branch 'master' into fix#6756

Merge pull request #6755 from tamiko/clang_format_struck_again

Headline: clang-format struck again

log the changes to doc/news/changes/minor

run indent script to follow the coding format

fix #6756

Examples: Add updated comment pragma regex to examples directory

This isn't really necessary (no indenting changes) but it doesn't hurt.

Fix broken doxygen formatting

Bugfix: list *all* doxygen formatting options as comment pragmas

This way clang-format will keep any comment line that contains such a
symbol untouched. Otherwise we are garbling up way too many doxygen
pragmas...

added doc/news/changes/minor for PR #6751

add tests for TrilinosWrapper::SparseMatrix::add and ::copy_from

new file:   tests/trilinos/sparse_matrix_add_03.cc
new file:   tests/trilinos/sparse_matrix_add_03.with_trilinos=true.with_mpi=true.mpirun=3.output
new file:   tests/trilinos/sparse_matrix_copy_from_02.cc
new file:   tests/trilinos/sparse_matrix_copy_from_02.with_trilinos=true.with_mpi=true.mpirun=3.output

Merge branch 'master' into deprecate_function_map

Merge pull request #6758 from tamiko/remove_string_literal

fe/fe_nothing.cc: put a string literal where it belongs

fe/fe_nothing.cc: put a string literal where it belongs

Changelog entry

Avoid FunctionMap in tests

Avoid FunctionMap in code base

Deprecate FunctionMap

Merge pull request #6696 from tamiko/improve-clang-format

tweak clang-format configuration

run indent

tweak .clang-format file

Merge pull request #6753 from tjhei/doxygen_formatting_fixes

fix doxygen formatting errors

fix doxygen formatting errors

bugfix for TrilinosWrapper::SparseMatrix ::add(factor, SparseMatrix) and ::copy_from(SparseMatrix)

Merge pull request #6748 from davydden/bugfix/mf_ghosts_and_block_vectors

fixed a bug where exchanger.ghosts_were_set was not set for vectors …

Merge pull request #6749 from masterleinad/fe_face_evaluation_deg-1

Allow using FEFaceEvaluation with degree=-1

Merge pull request #6694 from davydden/feature/timer_output_combine

combine CPU and wallclock tables in TimerOutput

Mark variables as constexpr

remove redundant setw() and setprecision()

Allow using FEFaceEvaluation with degree=-1

use range-based loops

minor cleanup

add dealii::BlockVector::has_ghost_elements()

Merge pull request #6738 from masterleinad/restrict_thread_tests

Restrict tests that require DEAL_II_WITH_THREADS=ON

Merge pull request #6736 from masterleinad/restrict_clang_tidy

Restrict directories to apply clang-format to

Merge pull request #6742 from masterleinad/fix_identical_block_linear_operator

BlockLinearOperator: Allow identical destination and source

Merge pull request #6741 from masterleinad/add_codecov_configuration

Add codecov configuration

return from reset_ghost_values() immediately if exchanger.ghosts_were_set == true

fixed a bug where exchanger.ghosts_were_set was not set
for vectors with large number of blocks. Update the test
to make sure this is being checked.

Merge pull request #6739 from masterleinad/alternative_pack_unpack

Alternative output for base/utilities_pack_unpack_06

Merge pull request #6745 from tamiko/fix_insource_builds

CMake: Fix in-source builds

Move helper functions into anonymous namespace

doc: add a news item

CMake: Fix insource builds

In case of an in-source build (which we officially support)
CMAKE_BINARY_DIR==CMAKE_SOURCE_DIR. With that, the boost test fails (by
brutally removing its own source directory...)

Fix this by using a different name for the working directory

Merge pull request #6715 from dsambit/scalapackWrapperTriangularMatInv

Added pXtrtri function to ScaLAPACKMatrix class

BlockLinearOperator: Allow identical destination and source

Add .codecov.yml to .gitattributes

Merge pull request #6737 from masterleinad/fix_clang_4_static_constexpr

Move extra static constexpr member declaration to header

Add codecov configuration

Alternative output for base/utilities_pack_unpack_06

Restrict tests that require DEAL_II_WITH_THREADS=ON

Move extra static constexpr member declaration to header

Merge pull request #6734 from masterleinad/fix_warning

Avoid warning reagrding unused Variable in Utilities::unpack

Merge pull request #6733 from masterleinad/fix_cuda_exc

Fix compiling with CUDA

Retrict directories to apply clang-format to

Avoid warning reagrding unused Variable in Utilities::unpack

Merge pull request #6731 from masterleinad/silence_tbb_gcc-8_warnings

Silence gcc-8 warnings in bundled TBB

Fix compiling with CUDA

Merge pull request #6732 from bangerth/module

Trick doxygen into doing the right thing.

Merge pull request #6729 from masterleinad/more_clang_tidy

More clang-tidy complains

Trick doxygen into doing the right thing.

Previously, there was a line that started with '4.', which doxygen markdown
interpreted as a entry in a numbered list -- amusingly then starting the
numbering in HTML with '1.'. Avoid this misinterpretation by just reindenting
the whole paragraph.

Merge pull request #6730 from masterleinad/const_n_array_elements

Make n_array_elements static const again

Silence gcc-8 warnings in bundled TBB

Make n_array_elements static const again

More clang-tidy complains

Merge pull request #6718 from masterleinad/clang_tidy_5

Fix clang-tidy findings for Exceptions

Merge pull request #6723 from tamiko/license_header

Update license file in copyright headers

Merge pull request #6722 from masterleinad/clang_tidy_4

Avoid using NOLINT