Merge pull request #13869 from kronbichler/speed_up_n_active_entries_per_batch

Speed up the function MatrixFree::n_active_entries_per_cell_batch

Merge pull request #13864 from kronbichler/fix_complex_mf

Merge pull request #13876 from tjhei/update_large_tests

update large IO test output

Merge pull request #13807 from luca-heltai/cgal-compute_quadrature_over_region

Compute Quadrature formula over a general poly

Compare with interpolate() in test

Changelog

New test case by Pascal Kraft

Make VectorTools::project compile with complex numbers

update large IO test output

Merge pull request #13871 from kronbichler/remove_header_inclusion

Merge pull request #13870 from kronbichler/avoid_deprecated_interface

Compute Quadrature formula over a general poly

Speed up the function MatrixFree::n_active_entries_per_cell_batch

Remove inclusion of unneeded header

MatrixFree: Avoid use of deprecated n_components_filled

Merge pull request #13865 from gassmoeller/prevent_endless_loop

Prevent endless particle loop during refinement

Merge pull request #13856 from dealii/dependabot/github_actions/actions/checkout-3

Bump actions/checkout from 2 to 3

Merge pull request #13863 from pengfej/fixing_grammar_mistakes_in_comments

Fixing grammar mistakes in comments

Merge pull request #13854 from bangerth/empty

Optimize Utilities::pack/unpack for empty objects.

Merge pull request #13862 from bangerth/typo

Fix a grammar mistake.

Prevent endless particle loop during refinement

Fixing grammer errors

Fixing grammer errors

Merge pull request #13861 from bangerth/assert

Add a missing assertion in the XDMF writer.

Merge pull request #13816 from kronbichler/simplify_renumber_dofs

Use GridTools::exchange_cell_data_on_ghosts for DoF renumbering

Merge pull request #13860 from bangerth/mv

Properly tag an output file.

Merge pull request #13858 from kronbichler/fix_bug_global_coarsening

Fix bug for global coarsening: Must allow invalid proc id

Fix a grammar mistake.

Modernize code.

Add a missing assertion in the XDMF writer.

Properly tag an output file.

Document what it means for a type to be trivially copyable.

Switch the answer-less CA algorithms to the empty type.

Document the special casing in the pack()/unpack().

Optimize Utilities::pack/unpack for empty objects.

Fix bug for global coarsening: Must allow invalid proc id

Use GridTools::exchange_cell_data_on_ghosts for DoF renumbering

Merge pull request #13847 from simonsticko/add_missing_changelogs

Add a changelog for the new CutFEM functionality in NonMatching.

Merge pull request #13852 from tjhei/changelogs

missing changelog entries

Add a changelog for the new CutFEM functionality in NonMatching.

Merge pull request #13673 from pengfej/myowndealii

Upgrade write_vtu_in_parallel based on mpi large IO update

Merge pull request #13851 from pengfej/updating_read_write_at_functions

Use LargeCount MPI_write_at and MPI_read_at functions

Merge pull request #13849 from tjhei/doxygen-format-2

doxygen comments: @ref fixes

Merge pull request #13855 from tamiko/step_81_mention-authors

Step-81: add authors to intro.dox

Bump actions/checkout from 2 to 3

Bumps [actions/checkout](https://github.com/actions/checkout) from 2 to 3.
- [Release notes](https://github.com/actions/checkout/releases)
- [Changelog](https://github.com/actions/checkout/blob/main/CHANGELOG.md)
- [Commits](https://github.com/actions/checkout/compare/v2...v3)

---
updated-dependencies:
- dependency-name: actions/checkout
  dependency-type: direct:production
  update-type: version-update:semver-major
...

Signed-off-by: dependabot[bot] <support@github.com>

Step-81: add authors to intro.dox

Updating write at and read at functions.

forgot to include the big mpi file

removing empty line

missing changelog entries

doxygen comments: @ref fixes

A few more @ref fixes missed in #13836

Merge pull request #13845 from marcfehling/occ-gte

Introduce DEAL_II_OPENCASCADE_VERSION_GTE

Merge pull request #13836 from tjhei/doxygen-format-1

some doxygen formatting fixes

Merge pull request #13844 from drwells/no-muparser-warning

Suppress some unused variable warnings when we don't have muParser.

Merge pull request #13838 from marcfehling/fix-intel18

Intel 18: static constexpr bool

Merge pull request #13843 from peterrum/FESystem_initialize

Fix FESystem::initialize for pyramids/wedges

Merge pull request #13840 from marcfehling/fix-trilinos

Fix test output for trilinos 13.2.0

Introduce DEAL_II_OPENCASCADE_VERSION_GTE

Merge pull request #13839 from marcfehling/petsc_solver_08

Fix petsc/solver_08 for petsc 3.17.1

Merge pull request #13841 from marcfehling/fix-intel-pipejunction

Intel 18: more constexpr problems

Suppress some unused variable warnings when we don't have muParser.

some doxygen formatting fixes

- consistent indentation of comments
- put @ref on separate line
- some minor fixes

(this is done with wrapcomments.py and checking things manually)

Fix FESystem::initialize for pyramids/wedges

Fix test output for trilinos 13.2.0

Fix petsc/solver_08 for petsc 3.17.1

Intel 18: more constexpr problems

Merge pull request #13834 from peterrum/multiply_dof_numbers

Generalize FETools::Compositing::multiply_dof_numbers()

Intel 18: static constexpr bool

Generalize FETools::Compositing::multiply_dof_numbers()

Merge pull request #13833 from kronbichler/deprecate_cell_data_transfer_buffer

Deprecate GridTools::CellDataTransferBuffer

Merge pull request #13805 from drwells/fix-test-dependencies

Fix test dependencies

Move function definitions inline to fix compiler warnings

Mark a test that depends on UMFPACK as such.

Mark some tests as depending on LAPACK.

While we're at it - throw an exception if we don't have LAPACK in the
class that uses it.

Add a missing header in the non-zlib case.

This is not in utilities.h if zlib is not enabled, but we want to try
and catch that exception either way.

Mark tests that depend on complex numbers as such.

Add test output for the non-zlib case.

Merge pull request #13773 from drwells/refactor-function-parser

Merge pull request #13826 from bangerth/ca-specialization

Consensus algorithm specialization for the case where no answer is requested.

Upgrade write_vtu_in_parallel based on mpi large IO update

Updating author name

fixing work

update indent

Remove the broadcast and fix some comment and fix author name

updates

updates!

last fix

fixing indent

fixing unmatched int type

fixing indent

trying to fix the broadcast error

Trying to fix broadcast error II

adding _c to write_at functions

fixing rank issue

fixing footer_offset

last fix on rank

indent

removing some unused line

Merge pull request #13832 from bangerth/changelog

Minor updates to a few changelog entries.

Use CA specializations in places where we don't expect an answer.

Provide some-to-some specializations to the Consensus Algorithms functions.

Merge pull request #13823 from tamiko/unify_configure_file_naming

CMake: Make configure file naming consistent

Deprecate GridTools::CellDataTransferBuffer

Merge pull request #12807 from tamiko/introduce_step_81

Tutorial: Time-harmonic Maxwell solver with perfectly matched layer

Merge pull request #13824 from bangerth/ca-doc

Augment documentation of the consensus algorithm free functions.

Merge pull request #13830 from bangerth/doc

Better document ReferenceCell and the reference cell glossary entry.

Minor updates to a few changelog entries.

Better document ReferenceCell and the reference cell glossary entry.

Merge pull request #13829 from kronbichler/reduce_header_inclusion

Remove some unneeded header inclusions

CMake: Make configure file naming consistent

Configure file are including and processed in alphabetical order.

However, in order to allow for feature dependencies we have to include
some configure files before others. We have solved this by numbering
some of the configure files in order to force them to be processed
before others.

This pull requests makes this numbering a bit more consistent by

 - numbering _all_ of the configure files with a default number of 50,
   and configure files that have to be processed earlier taking up a
   number between 40 and 00.

 - increasing the numbering from one digit to two digits to accomodate
   a possible future need to adjust the inclusion order a bit better.

Merge pull request #13827 from tamiko/skip_boost_test

CMake: Skip expensive boost test

Merge pull request #13825 from bangerth/ca-decl

Fix the function declaration a doc string is attached to.

Merge pull request #13787 from drwells/sundials-ida-tolerance

Merge pull request #13831 from bangerth/rule-of-3

Provide a defaulted copy operator.

Step-81: Make clang-tidy happy

Step-81: Avoid using 1.0i literal when multiplying dealii::Tensor<>

add parameter file

Address some more review comments

Remove debug assert

minor typos fixed

Step-81: make doxygen happy