Merge pull request #9434 from peterrum/ph_json_optional

Further changes to ParameterHandler::parse_input_from_json

Merge pull request #9445 from elauksap/parameter_handler_path_exists

Add ParameterHandler::subsection_path_exists

Merge pull request #9447 from GrahamBenHarper/graham_dev_polynomials_adini

Update PolynomialsAdini to derive from ScalarPolynomialsBase

Update PolynomialsAdini to derive from ScalarPolynomialsBase and add a test for it

Add ParameterHandler::subsection_path_exists()

Merge pull request #9156 from peterrum/ecl-partitioner

ECL: add partitioners

Merge pull request #9407 from simonsticko/semi_flux_sparsity_pattern

make_flux_sparsity_pattern with flux couplings on a subset of the faces

Add ecl partitioners

Further changes to ParameterHandler::parse_input_from_json

Conflicts:
source/base/parameter_handler.cc

Merge pull request #9171 from luca-heltai/symbolic-function

Symbolic function.

make_flux_sparsity_pattern with flux couplings on a subset of the faces

Add an optional std::function input parameter to
make_flux_sparsity_pattern which describe over which faces there should
be flux couplings in the created sparsity pattern.

internal::make_flux_sparsity_pattern has one implementation for a
generic DoFHandlerType and a specialization for hp::DoFHandler. To
circument a bug where MSVC can't deduce which of these internal
functions should be called, change DoFHandlerType to
dealii::DoFHandler in the generic function.

To avoid another bug where MSVC can't construct a templated class,
call one of the overloaded versions of make_flux_sparsity_pattern with
always_couple_on_faces (even if this is already the default value).

Merge pull request #9443 from tjhei/parameter_handler_cleanup

make two ParameterHandler members local to .cc

Merge pull request #9444 from masterleinad/fix_fulldistributed_tests

Fix a few parallel::fullydistributed tests

make two ParameterHandler members local to .cc

These two (static) private member functions can also be in the anonymous
namespace instead. Follow-up to #9263

Fix a few parallel::fullydistributed tests

Merge pull request #9441 from GrahamBenHarper/graham_dev_fully_dist

Remove fully_distributed_tria_util files

Merge pull request #9263 from elauksap/parameter_handler_sorting

ParameterHandler in unsorted order

Remove fully_distributed_tria_util files

Merge pull request #9437 from GrahamBenHarper/graham_dev_clean_compute

Update uses of compute() to evaluate()

Symbolic function.

ParameterHandler can now print in unsorted order

Merge pull request #9430 from peterrum/ph_json_action

Fix ParameterHandler::read_xml_recursively for actions

Merge pull request #9432 from peterrum/tria_new_create_triangulation_followup

Fix remaining issues for #9195

Merge pull request #9436 from GrahamBenHarper/graham_dev_clean_ex6

Remove unused included file from step-6

Merge pull request #9431 from MFraters/fix_particle_probability_density_mpi_problem

Fix particle probability density mpi problem

Merge pull request #9362 from peterrum/pft-order

New p:f:t tests

Merge pull request #9409 from bangerth/utilities

Update the documentation of int_to_string() and to_string().

Update documentation/implementation of some polynomial classes

Remove unused included file

Fix remaining issues for #9195

Fix ParameterHandler::read_xml_recursively for actions

Merge pull request #9433 from masterleinad/fix-gcc-4.9.4

Fix gcc 4.9.4 warning

Merge pull request #9388 from drwells/add-replicated-triangulation

Implement GridGenerator::replicate_triangulation().

Merge pull request #9413 from bangerth/type-erasure

Add a note to two .h files about the design pattern used there.

Fix gcc 4.9.4 warning

Tests to ensure that the order of pft and be the base triangulations are the same

Implement GridGenerator::replicate_triangulation().

Merge pull request #9207 from bangerth/umfpack

Implement the solution of complex linear systems using UMFPACK.

Merge pull request #9419 from GrahamBenHarper/graham_dev_clean_fepoly

Remove seemingly unused code in fe_poly.cc

Merge pull request #9410 from bangerth/utilities-2

Use std::to_string() instead of boost lexical_cast.

Selectively disable complex UMFPACK instantiations if DEAL_II_WITH_COMPLEX=OFF.

Merge pull request #9415 from bangerth/face_indices

Introduce GeometryInfo::face_indices()

Merge pull request #9421 from bangerth/error

Improve an error message.

Update source/particles/generators.cc

Co-Authored-By: Daniel Arndt <arndtd@ornl.gov>

add test with 3 mpi processes and 4 particles.

add test with 3 mpi processes and 3 particles.

add test with 3 mpi processes and 2 particles.

add test with 3 mpi processes and 1 particle.

fix local_end_weight definition.

Merge pull request #9423 from krishnakumarg1984/step2_remove_unwanted_include

removes an unwanted include file manifold_lib.h from step-2

Add mailmap entry

Fix particle probability density mpi problem

Merge pull request #9414 from tjhei/step12-data_out

step-12: use add_data_vector with DoFHandler

step-12: use add_data_vector with DoFHandler

Otherwise data output breaks if you switch to DG(0) (cell vs dof
dataout).

Merge pull request #9422 from masterleinad/restrict_fe_series_02

Restrict fe_series_02

removes an unwanted include file manifold_lib.h from step-2

Restrict fe_series_02

Improve an error message.

Merge pull request #9402 from drwells/move-71-47

Rename step-71 to step-47.

Merge pull request #9411 from bangerth/7

Augment introduction to step-7.

Merge pull request #9416 from bangerth/20

Mention namespaces in step-20.

Clarify what the graph represents. (#9417)

Clarify what the graph represents.

Break a long string onto shorter lines.

Clarify when we actually call to std::to_string.

Reintroduce boost::lexical_cast for everything but integers.

Use std::to_string() instead of boost lexical_cast.

Remove seemingly unreachable code in fe_poly.cc

Clarify what the graph represents.

Mention namespaces in step-20.

Merge pull request #9309 from marcfehling/feseries-serialize

FESeries: Added features to precalculate all matrices and serialize them.

Use GeometryInfo::face_indices().

Add a note to two .h files about the design pattern used there.

Merge pull request #9412 from tjhei/step-12-remove-constraints

remove unused variable in step-12

Provide GeometryInfo::face_indices().

FESeries: Added features to precalculate transformation matrices and to save/load them.

hp::QCollection: Added equality operator.

Merge pull request #9195 from peterrum/tria_new_create_triangulation

Create new dealii::Triangulation::create_triangulation()

remove unused variable in step-12

Update the documentation of int_to_string() and to_string().

Rename step-71 to step-47.

This fills an empty hole in the tutorial graph.

Augment introduction to step-7.

Merge pull request #9408 from drwells/fix-channel-doc-2

Clarify a channel limit.

Clarify a channel limit.

This is a bit tricky since the BlockVector needs channels 100 to 200, but the
class itself should only use 0 to 100.

Merge pull request #9401 from drwells/fix-channel-doc

Make channel limits consistent.

Merge pull request #9398 from simonsticko/fix_make_flux_sparsity_pattern_1D

Fix 1D-bug in one version of make_flux_sparsity_pattern

Merge pull request #9400 from drwells/use-std-to-string

Utilities::to_string -> std::to_string

Merge pull request #9404 from tjhei/ci_cxx11

CI: disable cxx14 for the serial linux build

Utilities::to_string -> std::to_string

None of these use the second arguments for padding so we might as well
use the standard library function.

CI: disable cxx14 for the serial linux build

Merge pull request #9403 from tjhei/readme_osx_github_actions

add github actions OSX to readme

Check the value of the communication channel.

The block vector class assumes it can use 100-199, where 200 is the
limit set by the Partitioner class.

Merge pull request #9399 from masterleinad/fix_compiling_c++11

Fix compiling for C++11

add github actions OSX to readme

Fix compiling for C++11

Merge pull request #9397 from masterleinad/test_indentation_macos

Test indentation script on Mac OSX

Fix 1D bug in one version of make_flux_sparsity_pattern.

When a neighbor has children, the function loops over each face and the
children of each face_iterator. But in 1D the number of children of a
face is always zero. The result is that flux-couplings are missed in
the 1D case when not all cells are on the same level.

Fix this by avoiding to iterate over the children of the face in 1D.
This is the same solutions that is already used in line 597 of
source/dofs/dof_tools_sparsity.cc.

Instantiate hp version of make_flux_sparsity_pattern in 1D.

The version of make_flux_sparsity_pattern that takes cell and face
couplings is not instantiated for hp::DoFHandler in 1D. Trying to
compile code using it leads to a linking error. Instantiate the
function.

Add test of make_flux_sparsity_pattern in 1D.

For the version of make_flux_sparsity_pattern that takes face and cell
couplings, add a 1D test that fails for both types of DoFHandler. For
dealii::DoFHandler it fails because there is a bug in 1D and for the hp
case it fails because make_flux_sparsity_pattern isn't instantiated in
the 1D case.

Test indentation script on Mac OSX

Merge pull request #9075 from luca-heltai/get-set-particle-positions

Get set particle positions