Change some variable names to better reflect their purpose.

Add test.

Fix renumbering in parallel for hp.

When renumbering in parallel, the input are the new indices for
all locally owned DoFs on the current process. This means that we
need to be careful when we set new DoFs to only touch those DoF
indices that we actually own -- not doing so yields invalid
accesses that current abort the program.

The first part of the patch is therefore to only touch DoFs for
which we really know that we have a valid new index; for all
others, we need to set the index to numbers::invalid_dof_index
for the moment.

The second part is that we need to merge/unify DoF indices for
adjacent pairs of finite elements where the DoF on one side
may be unified with one on the neighboring cell. Because the
current cell may be locally owned but the neighboring cell be
a ghost cell, the right time to do this unification is between
the two exchange phases on ghost cells. This is indeed the
same place where the unification also happens on during the
initial enumeration process in distribute_dofs().

Merge pull request #7184 from drwells/fix-pluralization-typo

De-pluralize a word.

De-pluralize a word.

Merge pull request #7178 from bangerth/assert

Add an assertion.

Add an assertion.

Merge pull request #7177 from tjhei/document_tril_sparse_mat

document TrilinosWrappers::SparseMatrix VectorType

document TrilinosWrappers::SparseMatrix VectorType

Merge pull request #7171 from masterleinad/trilinos_mmult_64bit

Allow TrilinosWrappers::SparseMatrix::mmult for 64-bit indices

Merge pull request #7172 from masterleinad/epetraext_optional

Mark EpetraExt as optional

Mark EpetraExt as optional

Allow TrilinosWrappers::SparseMatrix::mmult for 64-bit indices

Merge pull request #7170 from drwells/update-distorted-cell-glossary-entry

Update the glossary entry on distorted cells.

Merge pull request #7169 from drwells/sparsity-pattern-linear-index-iterator

Replace SparsityPattern::Iterator with LinearIndexIterator.

Merge pull request #7168 from masterleinad/fix_hp_step-40

Fix hp_step-40_variable_01

Update the glossary entry on distorted cells.

The problem described in the glossary now cannot occur with Manifolds and the
new scheme for placing new vertices.

Replace SparsityPattern::Iterator with LinearIndexIterator.

This class already defines an Accessor class that is compatible with what
LinearIndexIterator expects.

Fix hp_step-40_variable_01

Merge pull request #7165 from drwells/shared-tria-improvements

Shared tria improvements

Merge pull request #7091 from schoeder/matrixfree_vectorization_mask

Matrixfree vectorization mask

Merge pull request #7166 from drwells/add-more-gitignore

Add some more entries to .gitignore.

Add some more entries to .gitignore.

Merge pull request #7151 from bangerth/add-test-3

Add another test for hp parallel DoFs.

Add some consistency checks to a function.

Add semicolons after Asserts.

Merge pull request #7164 from masterleinad/silence_warning_cnptpc

Silence another warning in compute_n_point_to_point_communications

line break and improvements in comments

Silence another warning in compute_n_point_to_point_communications

Merge pull request #7163 from tcclevenger/small_typo

small typo

Merge pull request #6965 from tjhei/change-step-16

Change step-16: add alternative without MeshWorker

Merge pull request #7150 from bangerth/add-test-2

Add a test for parallel hp handling.

small typo

Merge pull request #7160 from tjhei/quadrate_doc_improve

quadrature: improve documentation

Merge pull request #6976 from jppelteret/ad-helpers_02

AD Helpers: Introduce base class for cell-level AD helper classes

Merge pull request #7157 from masterleinad/avoid_warning_cnptpc

Avoid warning about unused variable in compute_n_point_to_point_communications

quadrature: improve documentation

Avoid warning about unused variable in compute_n_point_to_point_communications

Doc fix for ADHelperBase class

AD Helpers: Introduce base class for cell-level AD helper classes

Merge pull request #7158 from masterleinad/constexpr_call_nonconstexpr

Check for the ability to call non-constepr functions in constexpr ones

Merge pull request #7156 from mwichro/patch-1

Fix: 'iota' is not a member of 'std'

Merge pull request #7149 from bangerth/add-test

Add a test.

Merge pull request #7159 from bangerth/hierarchical

Extend DoFRenumbering::hierarchical().

Add tests.

Add a changelog entry.

Extend DoFRenumbering::hierarchical().

In particular, make it work for dim!=spacedim and for
hp::DoFHandler objects.

Check for the ability to call non-constepr functions in constexpr ones

Ordering of files

Merge pull request #7152 from marcfehling/p4est-fix-transfer-assert

Use workaround in 'execute_transfer()' only on older p4est versions.

Merge pull request #7145 from eldarkh/simpl_p2p_comm

Implement a function for computing the number of messages received per MPI process

Merge pull request #7134 from masterleinad/workaround_builtin_expect

Work around ICC issue with __builtin_expect in constexpr function

Fix: 'iota' is not a member of 'std'

Fixes GCC compilation error:
 /source/base/mpi.cc:129:7: error: 'iota' is not a member of 'std'
That appears on newer gcc

Merge pull request #7154 from masterleinad/avoid_cuda_warnings

Avoid some warnings compiling with CUDA support

Avoid some warnings compiling with CUDA support

Add another test for hp parallel DoFs.

Use workaround in 'p::d::Tria::execute_transfer()' only on older p4est versions.

Add a test for parallel hp handling.

Add a test.

Merge pull request #7147 from tjhei/fix_lambda_warning

fix unused lambda capture warning

fix unused lambda capture warning

/ssd/deal-git/source/dofs/dof_handler_policy.cc:1998:48: warning: lambda
capture 'i' is not used [-Wunused-lambda-capture]

address comment

add reference to step-16b

allow doxygen links for step-xyb

address comments

update documentation

fix references, update results

port step-16 to mesh_loop

rename .cc

adjust 16b

readd

move step-16

Merge pull request #7133 from marcfehling/hp-unify-dofs-4

Optimize DoF distribution of hp::DoFHandler on p::d::Triangulation.

Simplified p2p comm computation

Optimize DoF distribution of hp::DoFHandler on p::d::Triangulation.

Changed documentation on parallel DoF distribution to be in accordance with paper.

Merge pull request #7141 from masterleinad/cuda_unify_device_data

Unify allocate/delete_device_data in base/cuda.h

Changelog entry

Add asserts and swap functions

Merge pull request #7142 from drwells/fix-mathjax-coloneqq

Fix our usage of ':=' in MathJax.

Fix our usage of ':=' in MathJax.

The MathJax \coloneqq command is a bit odd in that it is does not correctly
center the colon and is not available in offline versions of MathJax. Fix both
problems by defining our own macro for ':=', \dealcoloneq, that is correctly
centered.

Unify allocate/delete_device_data in base/cuda.h

Merge pull request #7129 from drwells/step-37-modernization

Step 37 modernization

step-37: Redo the second Dirichlet boundary algorithm.

Doing this with blocks will take a lot more work than the original version
implied, so this example now presents an alternative that constructs a second
MatrixFree object instead.

step-37: minor typesetting and typo fixes.

shortened and adapted changelog entry, changed function argument type of mask to reference

Merge pull request #7138 from drwells/fix-FESystem-name

Refer to FESystem as such (not FE_System).

Merge pull request #7139 from drwells/add-inhomogeneous-step-37-test

Add a test based on step-37.

Add a test based on step-37.

The discussion of step-37 modernizations lead to the conclusion that each
proposed inhomogeneous boundary enforcement strategy should correspond to a
distinct test. This commit includes a test based on the first such enforcement
strategy.

Update a comment on using FESystem with MatrixFree.

Refer to FESystem as such (not FE_System).

This fixes some doxygen links.

Merge pull request #7137 from bangerth/doc-update-4

Fix a typo.

Fix a typo.

Merge pull request #7136 from tjhei/dox_remove_unused_script

remove unused program2doxyplain script

Merge pull request #7135 from tjhei/dox_step_trail_comment_remove

doxygen: remove trailing // in tutorials

remove unused program2doxyplain script

doxygen: remove trailing // in tutorials

We introduced "//" markers (see for example "shape_grad" lines in
step-8) to force a specific formatting for clang-format. Make sure we
don't output these markers to the tutorial pages.

Work around ICC issue with __builtin_expect in constexpr function

Merge pull request #7132 from GrahamBenHarper/step16_typofix

Fixes a typo in step-16 results.dox

Fixes a typo in step-16 results.dox

Merge pull request #7102 from marcfehling/extend-doc

Extend doc on 'compute_line_dof_identities' and 'get_active_neighbors'.