Fix DD's comments; other documentation improvements

Add documentation for AD module

Fixes #6172

Merge pull request #6532 from bangerth/patch-1

Break a statement in a way that is easier to read.

Merge pull request #6540 from drwells/step-60-typos

Step 60 typos

Add the step-60 builds-on file.

Remove trailing whitespace.

Create another doxygen link.

Fix some markdown mishandling by doxygen.

My copy of doxygen does not correctly bold all statements with double
earmuffs; use HTML instead.

Remove spurious links to Boundary.

Merge pull request #6535 from masterleinad/increase_tolerance_quadrature_chebyshev

Slighty increase tolerance in base/quadrature_chebyshev

Fix some typos in step-60.

Merge pull request #6538 from drwells/update-gridgenerator-docs

Update gridgenerator docs

Merge pull request #6536 from masterleinad/decrease_tolerance_lac_gmres_eigenvalues

Slightly decrease solver tolerance in lac/gmres_eigenvalues

Remove a static Manifold from an example.

Clarify Manifold attachment in some functions.

Mention Manifold attachment in GridGenerator.

Merge pull request #6533 from luca-heltai/hot-fix-step-60

Make sure that also the output of the embedded value is on the deformed grid

Merge pull request #6523 from bangerth/step-23

Align member variables in step-23.

Slightly decrease solver tolerance in lac/gmres_eigenvalues

Slighty increase tolerance in base/quadrature_chebyshev

Merge pull request #6525 from bangerth/patch-6

Align colons in the query_testsuite script

Make sure that also the output of the embedded value is on the deformed grid.

Align colons.

Break a statement in a way that is easier to read.

Update step-23.cc

Merge pull request #6297 from luca-heltai/step-60

Step 60

Align member variables in step-23.

While there also use separate lines for each variable.

Merge pull request #6520 from drwells/add-concept-comment

Add a comment on a compiler error.

Add a comment on a compiler error.

This is only a problem with GCC when -fconcepts is used with -std=c++11: this
combination does not make sense since C++11 does not support concepts, but
nonetheless the explicit types avoid an internal compiler error in this case.

Merge pull request #6518 from drwells/update-step-38

Update step-38.

Merge pull request #6519 from drwells/fix-initializer-list

Work around an internal compiler error on GCC7.

Work around an internal compiler error on GCC7.

Update step-38.

Added doi.

Fixes to JP comments

Merge pull request #6513 from kronbichler/fix-step-59-b

Finally fix step-59 formula

Finally fix step-59 formula.

Merge pull request #6511 from kronbichler/fix-step-59

Two minor updates to step-59

Merge pull request #6508 from masterleinad/fix_gmsh_2

Fix gmsh/create_tria_02

Fix typo.

Add changelog entry.

Try to fix latex formula.

Added references to step-60 in header files.

Added entries in tutorial.h.in

Added external cache.

Added possibility to read parameter from command line.

Written results, modified parameter file to use colorize

Added description of C and a solution example

Corrected refinement

First commented version of step-60

Co-authored-by: Giovanni Alzetta <giovannialzetta@hotmail.it>

Only check for validity of the resulting Triangulation

Fix gmsh/create_tria_02

Merge pull request #6497 from tamiko/cosmetic_fix

CMake: Remove obsolete code from configure_slepc.cmake

Merge pull request #6393 from masterleinad/new_fixes_10

Make sure not to attach a PropertyPool if not asked for

Merge pull request #6475 from masterleinad/gcc_8_2

Fix the remaining gcc-8 warnings

Merge pull request #6499 from drwells/actually-fix-local-to-global-index

Actually fix compute_local_to_global_vertex_index_map.

Fix the remaining gcc-8 warnings

Merge pull request #6498 from tamiko/fix_caching_behavior

CMake: Unset cached results for C++11/14/17 detection if necessary

Merge pull request #6496 from masterleinad/gcc_8_1

Default copy assignement in Tensor for non-Intel compilers

Actually fix compute_local_to_global_vertex_index_map.

The MPI types do not match the deal.II types, which is causes chaos when we use
32 bit indices.

CMake: Unset cached results for C++11/14/17 detection if necessary

CMake: Partially revert #6490

CMake: Rerun checks if compiler configuration changes

CMake: cosmetic changes

CMake: Remove obsolete code from configure_slepc.cmake

Our DEAL_II_PACKAGE_HANDLE macro already takes care of that. No need to
do that by hand.

Merge pull request #6495 from bangerth/step-10

Add a reference to step-10.

Default copy assignement in Tensor for non-Intel compilers

Merge pull request #6493 from luca-heltai/fix-order-parsing-external-conf-master

Move parsing of external.conf at the end.

Add a reference to step-10.

While there, also rewrite a couple of sentences.

Merge pull request #6484 from tamiko/add_a_script

Script: Add query_testsuite

Merge pull request #6291 from kronbichler/step-59_tutorial

Add step-59 tutorial program showing matrix-free DG

Merge pull request #6491 from drwells/add-more-mpi-checks

Add some more MPI checks.

Merge pull request #6490 from drwells/fix-c++14-detection

Check for constexpr std::max with C++14.

Make sure not to attach a PropertyPool if not asked for

Move parsing of external.conf at the end.

Merge pull request #6489 from drwells/fix-test-buffer-1

Fix a test to not write past the end of an array.

Script: Add query_testsuite

This little helper script uses curl to download the current testsuite
results from

  https://cdash.kyomu.43-1.org/index.php?project=deal.II

and formats them via "column" into a nice (markdown compatible) table.
The script supports a regex to supplied via -r|--regex to either specify
a commit sha1, or a testing site name.

Merge pull request #6487 from drwells/fix-local-to-global-index

Fix compute_local_to_global_vertex_index_map.

Add some more MPI checks.

Check for constexpr std::max with C++14.

Fix a test to not write past the end of an array.

Merge pull request #6483 from gassmoeller/fix_memory_access_in_particle_test

Fix invalid number of particle properties in a test

Fix compute_local_to_global_vertex_index_map.

The MPI_Allgather call should have the same value inputs for the second
and fifth arguments.

Merge pull request #6486 from masterleinad/fix_depraction_warning_2

Fix warning text

Fix warning text

Merge pull request #6480 from drwells/fix-overlapping-copy

Fix a GCC8 warning: use std::move_backward instead of std::memmove

Fix test

Change default number of properties

Fix invalid number of particle properties in a test

Merge pull request #6481 from tamiko/undo_mess_1

Revert "Default copy assignement in Tensor for non-Intel compilers"

Revert "Default copy assignement in Tensor for non-Intel compilers"

This reverts commit 171a9d03e87edcf7d455ecde576546777c112b45.

Merge pull request #6474 from masterleinad/gcc_8_1

Default copy assignement in Tensor for non-Intel compilers

Fix a GCC8 warning.

GCC warns that these types are not trivally copyable so we should not use
std::memmove. We cannot use std::move either since the beginning of the new
range may intersect the old range. Hence: use std::move_backward to copy from
the end, which cannot overlap.

Merge pull request #6476 from jppelteret/fix_gmsh_01

Add inclusion guards around instantiation that requires OpenCascade.

Merge pull request #6465 from tjhei/use_mkstemp

use mkstemp instead of tmpnam

Merge pull request #6460 from tamiko/fix_tests

Update test outputs

Add inclusion guards around instantiation that requires OpenCascade.

Default copy assignement in Tensor for non-Intel compilers

Merge pull request #6457 from tamiko/update_examples

Require the current version of deal.II.

use std::tmpfile instead of tmpnam