start removing use of CompressedSparsityPattern and friends

Merge pull request #708 from nicola-giuliani/qtelles

Implemented the Telles quadrature formulas and their test

Implemented the Telles quadrature formulas and their test

implemented some suggestions from the authors

applied the comments on the pull request

bug removed

class made more readable

class made more readable

testing over m

changes.h ok

corrected the telles test

adjust the tolerance

corrected the formula

corrected the change.h

added a description for the dim > 1 cases

added the reference for Telles

Merge pull request #723 from bangerth/fix-exception-string

Fix wording in error messages.

Fix wording in error messages.

Merge pull request #721 from bangerth/doc-update-11

Doc update 11

Add a missing period.

Found by Min Wang: Make the documentation match the code.

Minor textual updates to an exception.

Merge pull request #720 from efposadac/fix_typos

Fix spelling mistakes on recent changes.

Fix spelling mistakes on recent changes.

Merge pull request #719 from tamiko/do_not_use_cxx11

Fixup for the get_all_vertices_at_boundary merge

Move entry in changes.h to appropriate place

Bugfix: Do not use c++11 features in get_all_vertices_at_boundary

Merge pull request #717 from efposadac/grid_tools_get_all_vertex_at_boundary

GridTools get all vertices at boundary

Updated information in changes.h

Merge pull request #716 from tamiko/fix_meshconverter_tests

Testsuite: Bugfix: Use DIFF_EXECUTABLE in mesh_converter tests

Testsuite: Bugfix: Use DIFF_EXECUTABLE in mesh_converter tests

Added documentation for get_all_vertices_at_boundary function.

Added function to get a std::map with all vertex in the boundaries, as requested in the laplace_transform method

Merge pull request #713 from tamiko/late_night_fix

Fix errors in run_test.sh

Testsuite: Bugfix: Use correct parameter in run_test.sh

Testsuite: Fix a typo in run_test.sh

Merge pull request #712 from tamiko/late_night_fix

Testsuite: Use DEAL_II_PATH instead of DEAL_II_DIR

Testsuite: Use DEAL_II_PATH instead of DEAL_II_DIR

Merge pull request #710 from tamiko/testsuite_cleanup

This pull-request addresses cleans up a bunch of issues issues with the

Testsuite: Bugfix: Use MPI information found at configure time

Testsuite: Cosmetic changes

Testsuite: Cleanup: Put "run" and "diff" stage into separate script

It was not a brilliant idea to begin with to exploit implementational (and
unstable) features of CMake's generators for our test logic. And the
breakage of the latest changes with the ninja generator evidence this fact.

Therefore, phase them out into its own sh script and just call it for the
test stage in mind.

Merge pull request #707 from tamiko/silence_a_warning

Testsuite: Silence a warning

Testsuite: Silence a warning

Silence a warning that occurse when "DEAL_II_PICKUP_TESTS()" is not called
within the test subprojects

Merge pull request #704 from bangerth/doc-update-10

Just a few minor updates to coverage information.

Merge pull request #706 from tamiko/fix_build_tests_again

Testsuite: Bugfix: Fix build_tests to work again with the latest changes...

Testsuite: Bugfix: Fix build_tests to work again with the latest changes...

 - Search for example steps at the correct location in case of setup with
   in a build directory of deal.II

 - Only exclude ".*\/doc$" from copying

Merge pull request #705 from tamiko/independent_testsuite

Testsuite: Refactor tests/CMakeLists.txt

Testsuite: Allow to use stdout as comparison for test outputs

This commit introduces an alternative to the current test setup:

If a test does not create a file "output" for further test comparison its
output to stdout is used to populate and output file instead. For
compatibility, if a test creates the "output" file the stdout stream is
discarded.

Just a few minor updates to coverage information.

Try to be consistent in the way we spell -DX=TRUE/YES/ON. Also
say how we usually set flags (namely via -D...).

Testsuite: Refactor tests/CMakeLists.txt

As it turns out, it is now reasonably straight forward to restructure
tests/CMakeLists.txt to be also configured as an independent project.

This is particularly useful to test a given deal.II installation at an
independent, later time (without the binary directory being available any
more).

Merge pull request #700 from QiaoLei-88/fix_dead_link

fix out dated link to wiki

Merge pull request #688 from Rombur/AssertThrow

Change Assert to AssertThrow in the tests.

Merge pull request #702 from kronbichler/master

Clarify comment for IndexSet::make_trilinos_map

Clarify comment for IndexSet::make_trilinos_map

fix outdated link to wiki

Merge pull request #698 from bangerth/add-exceptions

Add an assertion.

Merge pull request #697 from QiaoLei-88/one_Typo_In_users_cmakelists_html

correct_incllude

correct 'defintions'

Add an assertion.

Spencer Patty ran into this today: if you try to create a
Trilinos SparsityPattern class where the IndexSets do not
exactly add up, Trilinos somewhere deep down throws an
exception of a type that we do not catch in typical
main() functions (because it is not derived from std::exception).
This leads to impossible to debug problems if you don't happen
to still have the Trilinos sources around and know how to set
breakpoints on all 'throw' statements. Better catch stuff like
this ourselves.

correct_incllude

Merge pull request #696 from tamiko/fix_mesh_converter_tests

Testsuite: Bugfix: Import target information in mesh_converter tests

Testsuite: Bugfix: Import target information in mesh_converter tests

Merge pull request #695 from tamiko/fix_mesh_converter_tests

Fix mesh_converter tests

Testsuite: Bugfix: Fix a broken path for mesh_converter tests

Merge pull request #694 from tamiko/fix_build_tests

Testsuite: Bugfix: Hint with "DEAL_II_DIR" instead of "DEAL_II_BINARY_DIR"

Testsuite: Rename "DEAL_II_BINARY_DIR" to "BINARY_DIR"

The variable has nothing to do with the binary directory of deal.II itself.
Consequently, strip the "DEAL_II_"

Testsuite: Bugfix: Hint with "DEAL_II_DIR" instead of "DEAL_II_BINARY_DIR"

Merge pull request #693 from tamiko/follow_up_bugfixes

Follow-up bugfixes for the last merge

Testsuite: Bugfix: Do not forget to export SOURCE_DIR for tests

Testsuite: Bugfix: Include the target configuration in build tests

Merge pull request #692 from tamiko/testsuite_for_user_projects

Testsuite for user projects

CMake: Bugfix: Also set CXX_FLAGS in DEAL_II_SETUP_TARGET

Minor cleanup

CMake: Bugfix: Force cached CMAKE_BUILD_TYPE in testsuite

CMake: Improve DEAL_II_ADD_TEST macro

 - For every deal.II build type (given by the variable DEAL_II_BUILD_TYPES)
   that is a (case insensitive) substring of CMAKE_BUILD_TYPE a test is
   defined.

CMake: Add "DEBUG|RELEASE" parameter to DEAL_II_SETUP_TARGET

It is now possible to force compilation and linkage against a specific
flavor of deal.II by using "DEBUG" or "RELEASE" as keywords, e.g.,

  DEAL_II_SETUP_TARGET(target DEBUG)

CMake: Refactor testsuite setup into DEAL_II_PICKUP_TESTS

This commit refactors all the testsuite setup that was originally done in
setup_testsuitesubproject.cmake into the DEAL_II_PICKUP_TESTS macro defined
in ./cmake/macros/macro_deal_ii_pickup_tests.cmake

CMake: Relocate testsuite macros and scripts to ./cmake/macros

This commit relocates all testsuite macros back to cmake/macros and
the run_test.cmake and normalize.pl script to cmake/scripts. Further, all
of those are copied to the build directory and installed appropriately.

Change macro reldir to "share/deal.II/cmake"

Merge pull request #691 from bangerth/doc-update-9

Just a minor update.

Minor doc update.

Merge pull request #690 from tamiko/cosmectic_readme_update

Update various readme files to markdown

Update various readme files to markdown

Merge pull request #689 from bangerth/aliases-for-ParameterHandler-2

Address comments from review of #680 (aliases for ParameterHandler).

Address comments from review of #680.

This is still in response to #659.

Change Assert to AssertThrow in the tests.

Merge pull request #687 from bangerth/fix-64bit-issue

Fix a 64-bit issue in TrilinosWrappers::SparseMatrix::local_range().

Fix a 64-bit issue in TrilinosWrappers::SparseMatrix::local_range().

This tripped up all of the Trilinos sparse matrix iterators in 64 bit
mode after one of my recent changes.

Merge pull request #680 from bangerth/aliases-for-ParameterHandler

Implement a way for ParameterHandler to alias parameters.

Create a way to mark aliases for deprecation.

Also list aliases in the output generated by print_parameters in LaTeX mode.

Add more tests.

Introduce ways to define aliases for parameters.

Some cleanups.

Avoid code duplication and use the much better tested conversion functions in
namespace Utilities. This also covers a number of corner cases that likely
didn't work before.

Also provide more information in exceptions.

Merge pull request #682 from bangerth/fix-missing-instantiations

Fix missing instantiations

Merge pull request #671 from bangerth/augment-error-messages-2

Augment error messages 2

Merge pull request #677 from bangerth/augment-error-messages-4

Improve the error messages we get from using Jacobi/SOR/SSOR with a matrix that has zeros on the diagonal.

Ensure that the body of the check_* function is only visible in debug
mode. Rename it to AssertNoZerosOnDiagonal to make its purpose clearer.

Improve the error messages we get from using Jacobi/SOR/SSOR with a matrix that has zeros on the diagonal.

Merge pull request #685 from tjhei/support_block_ind_in_bdsp

Fix: BlockIndices in BlockDynamicSP

Fix: BlockIndices in BlockDynamicSP

Implement constructor and reinit with BlockIndices for
BlockDynamicSparsityPattern. This existed for BlockCompressedSP but not
for BlockCompressedSimpleSP, but BlockCompressedSP is now a typedef to
BlockDynamicSP (see 3b9a4bc2).

This should fix the test integrators/cochain_01.cc

Add tests for previous two commits.

Adjust output of GridOut::write_gnuplot() for 1d triangulations.

The GridOut::write_gnuplot() function produced output
  for 1d meshes embedded in higher dimensional spaces that was
  invalid in that the lines showing individual cells were connected.
  While this is not wrong for singly connected 1d meshes, it leads to wrong
  results if the domain is not singly connected and not every cell is the
  right neighbor of the previous cell.

Provide instantiations of GridOut functions also for dim=1, spacedim=3.

Merge pull request #681 from tamiko/guard_muelu_tests

Guard muelu tests and allow version checks in test conditions

Testsuite: Bugfix

Do not accidentally set _pickup_test to true

Documentation: Update testsuite documentation

Closes #657

Testsuite: Guard trilinos tests using muelu

Testsuite: Augment feature constraints with version number

Beside the already introduced constraints

  with_feature=(yes|true|on)
  with_feature=(no|false|off)

it is now also possible to specify a version number:

  with_feature=x.y.z

A test with this constraint will be picked up if

 a) deal.II is configured with "feature"

 b) DEAL_II_FEATURE_VERSION is defined (in deal.IIConfig.cmake) and
    DEAL_II_FEATURE_VERSION is "version greater or equal" than "x.y.z"

A version number "x.y.z" must satisfy the regular expression [0-9]+(\.[0-9]+)*

CMake: Also export feature versions in deal.IIConfig.cmake and Make.global_options

With this commit the version string of enabled features (with version
information) is also exported to deal.IIConfig.cmake and
Make.global_options

Merge pull request #676 from bangerth/augment-error-messages-3

Improve an error message about a case that can happen but is not implemented.

Merge pull request #678 from tjhei/manual_repartition

Allow manual repartitioning in distributed tria