Documentation: Provide tutorial page within doxygen, cleanup

TODO:

 * Reformat the page

 * Automatically generate the list and the group

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31870 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix segmentation fault. Still need to fix wrong resolution of constraints in distribute_local_to_global

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31869 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

improve comments for periodicity stuff

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31868 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use std::vector instead of manually allocating memory

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31863 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Documentation: Fix typos

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31862 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Final cleanup of the build system for the release.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31861 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Bugfix, only run the install stage for the convenience targets if
CMAKE_INSTALL_PREFIX is actually set to something different than /usr/local

The rationale behind this is that in case that CMAKE_INSTALL_PREFIX is not
altered, a user most likely just wants to compile parts of the library
(without installation).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31860 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mention change

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31859 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add an news item

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31858 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Documentation: Bugfix: Avoid a name clash for configured doxygen scripts

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31857 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cleanup: Remove report_features and the old build test facility

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31856 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cmake: Fix a quoting error; silence a warning with cmake-2.8.12

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31854 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Include a suggestion by Denis Davydov.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31853 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a few comments as suggested by Denis Davydov.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31852 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add scratch data field in constraint matrix to avoid frequent re-allocation that can affect parallel performance (memory allocation is not scalable). It is made thread-local and we need to make sure that no function used inside distribute_local_to_global spawns tasks by itself. There is a bool state variable to provide some security against race conditions, even though it is subject to race conditions, too.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31851 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Also respect DEAL_II_CXX_FLAGS

Although this is an invalid naming (it just read CMAKE_CXX_FLAGS) it is
just way too easy to accidentally use it...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31850 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Improve $ (make|ninja) (help|info) considerably, do not define a
"help" target when the ninja generator is used

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31849 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-fill comments to make them more compact.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31848 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo in Guido's name.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31847 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

publications update

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31846 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

publications update

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31845 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Try to fix the timing issues in base/timer_02

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31843 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a comment

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31842 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix latex errors

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31841 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Significantly improve the error message one gets when you ask for something from an FEValues object for which the corresponding flag was not specified.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31840 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Increase stopping limit for gmres_reorthogonalize

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31839 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a memory allocation if possible, by re-using previously used memory.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31838 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix output for intel

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31837 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Add alternative comparison output for Intel in optimised mode

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31836 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Provide different comparison files for the renumbering tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31835 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Add a possiblity to specify compiler and compiler version restrictions

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31834 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Remove test override location mechanism.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31833 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Disable even-odd decomposition for element degree 1 because it is slower than the old implemnetation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31832 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix some more failing tests due to rounding with ICC

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31830 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Documentation: Some more cleanup

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31829 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Doc: Change target description.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31828 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some last documentation fixes

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31827 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31826 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Documentation: Reformat <pre> environment, unify and cleanup documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31825 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Documentation: Bugfix

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31824 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

"Fix" a compilation issue with clang-3.4 and bundled fparser

Putting includes in front of the fpoptimizer.cc blob helps. It's magic.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31823 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add missing instantiations of find_active_cell_around_point

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31821 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

And change the number of printed digits for four more tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31820 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

And another one

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31819 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

and another test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31818 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Increase number of printed digits for a test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31817 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a test for icc: Stop for polynomial degree 4 as soon as EPS is reached.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31816 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Increase output accuracy of a test so that it succesfully runs with icc

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31815 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reset a copy object before writing into it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31814 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clean up code a bit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31813 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mark an input argument as const.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31812 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around the Intel ICC bug that leads to forgotten template instantiations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31811 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

automatically generate version info

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31810 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

next try to remove compilation warning in tensor_base.h

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31808 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix typo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31807 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix cone tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31806 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

improve style

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31805 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add publication. As the matrix-free paper explains a part of the library, mention it in that section

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31804 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify formulas. With mathjax one can use latex formulas also for variable names without using too many picture files

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31803 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

use MathJax and SVG

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31802 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replace ring buffer by item_bugger in WorkStream.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31801 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31800 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change the way copier can be ignored in WorkStream.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31799 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

change generation of header and footer

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31798 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

missing changes in r31796, clean up mumps, add asserts

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31797 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add missing instantiation for mumps, add tests, leave some comments

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31796 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add tests for mumps

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31795 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix GridGenerator::truncated_cone in 3d

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31794 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add failing test for truncated_cone

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31793 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

change encoding to UTF-8

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31792 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add missing accents in the documentation of the Nédélec elements

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31791 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Second part of r31784

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31790 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Correction: Just use "trunk" if no svn information is available

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31789 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix: Always set a subproject

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31788 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

WorskStream does not need to use a copy function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31787 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

move script

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31786 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Disable multithreading path when not using more than one thread.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31784 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix some tests broken by rand() changes

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31783 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix some tests that use srand

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31782 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

also make make_hanging_node_constraints work in 3d with FE_RaviartThomas

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31781 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update test and output (and remove the one added that is useless)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31780 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix bug in make_hanging_node_constraints in parallel with elements like RaviartThomas

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31779 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31778 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

simplify test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31777 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add missing header lines

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31776 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add failing test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31775 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve further.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31774 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Increase queue size for WorkStream::run operation as a result of some timing
efforts.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31773 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

change encoding to UTF-8

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31772 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document the changes in tutorials better.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31771 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also finish documentation of step-14.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31770 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document the most recent WorkStream changes to step-9. Update output. Use VTK format instead of the outdated GMV format.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31769 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add documentation for resolve_indices function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31768 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a function to resolve constraint indices.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31767 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

inline DoFRenumbering::downstream to fix compilation issue with intel compilers; also remove deprecated MGDoFHandler variant in the process

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31766 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Put the -no-vec declaration into the right file :->

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31765 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

test requires trilinos

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31764 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Resolve another oddity in how GCC and ICC output __PRETTY_FUNCTION__, this time when virtual functions are involved.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31763 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

First part of documenting the switch to WorkStream in GradientEstimation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31762 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

rework r31759 to my liking and fix a few more places

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31761 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d