New get_cell function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9449 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove some leftover code that wasn't meant to be left there.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9448 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't check for capacity(), as this is implementation defined. The check has
passed in my testing, though, so my code seems to be correct.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9447 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Include <algorithm>. <set> is not needed any more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9446 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improved CompressedSparsityPattern.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9445 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add some stats to the documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9444 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More changed files due to the fixed CompressedSparsityPattern::max_entries_per_row bug.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9443 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug where CompressedSparsityPattern::max_entries_per_row ignored the first row of a matrix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9442 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix CompressedSparsityPattern::max_entries_per_row

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9441 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use a more sophisticated algorithm for the compressed sparsity pattern that uses caches and std::vector instead of std::set. std::set allocates 20 bytes each time we add a single integer, which can't be efficient both from memory and run-time viewpoints.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9440 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid warning.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9439 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Check a bit more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9438 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't let SparsityPattern be a friend of CompressedSparsityPattern. There are
better ways to access the data of the latter class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9437 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9436 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9435 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Format a few comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9434 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9433 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9432 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a TODO.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9431 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

ENABLE_MULTIGRID removed

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9430 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make some argument references.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9429 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid the warning that so uselessly killed our nightly builds :-(

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9428 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix the functions that take a sparsity pattern so that they really do what they are supposed to, i.e. avoid any later memory allocation at all.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9427 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Workaround

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9426 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't mark functions inline in files that are not always included.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9425 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix formatting.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9424 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Repeat something we already had in boost_local to avoid a compiler error about duplicate symbols in executables.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9423 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a TODO.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9422 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use a more modern way to achieve things.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9421 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make clear() function public in derived classes for which this is sufficient.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9420 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add 2004 to years of copyright for config.h

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9419 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove outdated comment. Only instantiate certain functions if that doesn't trigger a compiler bug (presently found in gcc3.0.4 on sparc).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9418 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove some outdated cruft.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9417 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Get rid of duplicate information.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9416 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

function clear fixed

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9415 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Deleting block indices once should be enough.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9414 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Initialize a variable to avoid a warning from gcc3.5.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9413 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make it C++ conforming

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9412 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix two typos

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9411 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add assertion.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9410 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make it compile with gcc2.95.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9409 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9408 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Get rid of more duplicated data.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9407 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Get rid of a redundant field in the accessor classes. Also get rid of some
operations that were previously necessary in each operator++ call, at the
expense of some more work when calling accessor::row().

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9406 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix the block_sparse_matrix_04 testcase failure.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9405 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Copyright!

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9404 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify docs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9403 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around a problem where we cannot elide zero additions for certain matrices by introducing a traits class for each matrix class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9402 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve the computation of new diagonal entries when eliminating a constrained DoF.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9401 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix GridGenerator::cylinder_shell

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9400 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9399 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9398 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

cylinder_shell had its cells inside out.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9397 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a long comment about a possible problem with local_apply_boundary_values.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9396 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve the computation of new diagonal entries when eliminating a constrained DoF.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9395 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reintroduce constructor that was accidentally deleted.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9394 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add forgotten output files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9393 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around a problem where the MIPSpro compiler rightfully complained about a useless const keyword.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9392 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change the way the transform_{co,contra}variant functions work, by providing them vectors to work on instead of pointers. This will allow to run our whole testsuite with the gcc3.4 debug libstdc++ finally.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9391 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a truly old remnant in the ParameterHandler class that has never been used.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9390 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9389 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make it compile for PetscScalar=float.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9388 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reorder some statements so that we can save a few cycles.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9387 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More fixed instantiations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9386 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Instantiate the right templates.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9385 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Properly qualify std::copy

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9384 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove TODOs that are now fixed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9383 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bug fix: add OCXX_PETSCFLAGS to CXXFLAGS.o instead of to CXXFLAGS.g

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9382 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't instantiate types that we don't need. In particular don't do so if these instantiations are wrong anyway (they used BlockVector where it should have been BlockVectorBase<Vector>).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9381 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't declare the same typedef twice.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9380 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9379 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add files for new tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9378 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

These tests shouldn't abort.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9377 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Let matrix go out of scope before sparsity pattern.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9376 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around a bug in present gcc mainline.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9375 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9374 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove lines which are already given in Make.global_options

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9373 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo inadvertant last checkin.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9372 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Conditionalize some files on the use of PETSc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9371 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some fixes with this-> and other assorted things to make icc7 (rightfully) happy.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9370 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Various fixes for icc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9369 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix small problem where clear() didn't do what it was supposed to do.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9368 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9367 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Regenerate

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9366 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge the results from the post_5_0 development branch.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9365 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add the entries from the post-5.0 development branch.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9362 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9359 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't use reinit() any more for matrices.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9358 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make test conform to our usual standards.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9357 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one sentence. Test whether I can work with eclipse.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9354 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update references.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9353 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update result.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9352 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9351 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Doc fix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9350 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert one of last three fixes as it actually was alright.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9349 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Three fixes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9348 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9347 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Check in linux gcc2.95 results. Most of them should be identical for solaris. Those that are not should be copied to i686-pc-linux-gnu+gcc2.95 and updated on current sparc-sun-solaris2.7+gcc2.95 later.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9346 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

linux gcc2.95 references.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9345 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Title fixed

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9343 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d