update

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17353 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17352 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added MatrixTools::apply_boundary_values for PETScWrappers::MPI::BlockSparseMatrix and added CompressedSimpleSparsityPattern in doc/news/changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17351 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Further cleanups and documentation work.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17350 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Slight changes in comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17349 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More docs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17348 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update after fix to GridOut in 17155.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17347 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update after the changes to the Triangulation class in 17114.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17346 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Comment on two more functions. Change choice of quadrature points both in step-31 and -32.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17345 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New results after the change 17156 for the gnuplot output of GridOut.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17344 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Christian Cornelssen: If on .so systems, use the form libxx.so.6.2.1 fo shared libraries. Otherwise use libxx.6.2.1.so.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17343 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Christian Cornelssen: Fix an obvious misspelling.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17342 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17339 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix one bug (weighting the Schur complement) and add to the documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17338 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some small updates.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17337 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated some comments, removed some unnecessary code.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17335 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Corrected one error.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17333 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Wrote a TrilinosTools class that makes the use of Trilinos a bit easier.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17332 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Removed some nonsens.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17331 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Generate template instantiations for all currently available vectors.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17330 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't forget to also multiply the preconditioner term with eta.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17326 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Now step-31 is fully commented. However, one should look them through once again...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17324 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Unify constructors in Trilinos matrices.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17321 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a function that allows to generate a sparse matrix only using m,n,n_nonzero_per_row, creating a local matrix. This allows to compile a bunch of testcases, but they abort right now. Will have to investigate later.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17318 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix references to PETSc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17317 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a few references to non-existent classes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17314 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

We don't support Trilinos full matrix types.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17313 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix copyright dates.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17312 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Always copy vector in equ.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17311 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update several tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17310 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The template functions that copied a deal.II vector to a Trilinos vector were there but not instantiated. Rewrite this to move the function into the base class and instantiate the template.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17309 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a bunch of tests for Trilinos. Many of them fail right now, we'll work on that over time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17308 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Drop the 'petsc_' prefix from all filenames to make it simpler to adapt the tests to Trilinos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17307 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added a publication of mine.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17306 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Omit the constrained entries that will never be created anyway.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17305 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change step-31 and step-32 according to the change in the reinit function for Trilinos sparse matrices.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17304 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Trilinos sparse matrices can now also be reinitialized from the compressed sparsity pattern classes. Change step-31 and step-32 according to this change.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17303 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added the possibility to omit constrained dofs. Apply this to step-31 and step-32.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17302 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17301 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove an unused variable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17300 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove unused variable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17299 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Only #define HAVE_LIBUMFPACK if we actually specified --with-umfpack* on the command line. Hopefully this is the last problem with the recent patch...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17298 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Go back to the state where we disable UMFPACK unless it has explicitly been given on the command line.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17296 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Finally get the METIS include directory right as well...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17293 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use DEAL_II_TRILINOS_LIBDIR instead of DEAL_II_TRILINOS_DIR/lib since the latter is not defined when using --with-trilinis-libs/--with-trilinos-include

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17290 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use the proper library path for METIS.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17289 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Changed the notation null_space into constant_modes to make the preconditioner class more consistent.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17287 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Wrote some more comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17286 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One thing regarding METIS that certainly needs to be fixed. However, there is still a problem in the configure file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17285 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

List the Trilinos libraries we use only once.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17283 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a mesh that isn't needed here.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17281 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Wrote some comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17280 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add amesos and stratimikosamesos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17279 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17278 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Christophe Trophime: allow using --with-XX-include and --with-XX-lib for XX={trilinos,metis,umfpack,netcdf} so that one can configure with libraries that have been installed in /usr or /opt.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17277 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move the PETSc and Trilinos documentation out of line.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17276 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do not build DoF distribution maps that are distributed evenly across all processors but do so using the subdomain association of degrees of freedom. This should reduce the number of elements shipped across processors and indeed reduces the run-time of assembly functions by 5% on 2 processors and up to 30% on 20 processors.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17275 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add to a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17274 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

When reinit-ing vectors, do not assume that we should create a new equidistributed map but actually copy the Epetra_Map of the base vector.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17273 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix thinko: extract_subdomain_dofs may register the same dof for several subdomains. This is not what we wanted in count_subdomain_association.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17272 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide an alternative count_dofs_with_subdomain_association function that splits degrees of freedom among the various vector components.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17271 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Suppress a segmentation fault when destroying the global deallog object that we get when linking with Trilinos. We pay for this by creating a small memory leak, but that's still better.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17269 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix setting of cppflags.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17267 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Get the test for Trilinos header files right.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17265 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Check that all header files that we need from Trilinos are actually available.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17264 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't forget to also link with Trilinos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17257 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed an issue with boundary conditions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17256 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a draft version of a file that will describe the installation of PETSc and Trilinos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17253 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use less -W... options when compiling with trilinos to suppress the millions of warnings trilinos produces in its header files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17252 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17251 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Only use -rpath if the system actually supports it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17245 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Changed SparseDirectUMFPACK to use umfpack_dl_* routines

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17243 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set the correct keywords this time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17240 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update block matrix residual.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17221 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Initialize a variable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17220 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17216 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a copy constructor that the compiler wants to see in some cases.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17215 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fixed documentation for configuring Trilinos in readme.html.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17202 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a multithreading problem with the Raviart Thomas polynomials.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17196 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set file Id correctly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17195 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo an unwanted check-in.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17193 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Changed interface in Trilinos block solver to the one in the Trilinos solver (non-block) class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17192 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added a bit more information about the Stokes preconditioner.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17191 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed an error in constructor of preconditioner.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17190 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed an error that occurred for Trilinos 9.0.0 but not 8.0.8

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17189 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added interfaces to Trilinos block solvers and a block preconditioner (for Stokes systems).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17188 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Only make references what are really references. This should make sure that we copy data, in particular temporary data, when that is necessary.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17186 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix output and reduce arguments to 8.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17183 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Only use 9 arguments. 10 doesn't work any more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17182 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix date.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17180 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Completely rewrite passing back and forth function descriptors from the Threads::spawn functions to the place where threads are created and then where the function is called on the new thread. Previously, this was done using function pointers and boost::tuple for argument lists. Now, we use the boost::bind and boost::function libraries that encapsulate all these things nicely. The end result is a reducting in the size of base/include/base/thread_management.h of 4,050 lines, finally making the file readable again.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17179 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reduce the number of arguments of a helper function from 10 to 9 to make it work with the new and upcoming threading framework.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17177 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix the remaining bug in dealing with level_1_difference_at_vertices in 1d.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17158 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add apparently missing space.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17157 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug in GridOut<1>::write_gnuplot.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17156 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add the coarsening_* tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17155 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replace -soname by a generic way that also works for MAC OS X.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17154 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix some stale documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17152 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update lac directory

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17147 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one more file with generic preconditioner interfaces.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17146 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d