Allow for contiguous IndexSets that are nonlinear for creating EpetraMaps

Merge pull request #3102 from guidokanschat/any_data_bug_fix

Fix bug in AnyData::try_read_ptr()

do not throw exception in AnyData::try_read_ptr() even if different type

Merge pull request #3101 from bangerth/make-compile-in-64bit

Allow a test to compile in 64bit mode.

Allow a test to compile in 64bit mode.

Merge pull request #3099 from drwells/update-cmake-readme

Remove Make.global_options from a content list.

Remove Make.global_options from a content list.

This feature was removed in commit 359e60b351c (March 2016).

Merge pull request #3098 from bangerth/initialize-variable

Initialize a member variable.

Merge pull request #3095 from bangerth/avoid-warning

Avoid a warning about an unused argument.

Initialize a member variable.

This is not strictly necessary, because the variable is later initialized in
constructors of derived classes, but the patch avoids copying uninitialized
variables when copying around objects of type FiniteElementData. (There are
cases when we pass around these objects, without actually using derived
classes; but in those cases, the flag appears to be unused.

Merge pull request #3094 from drwells/fix-link

Fix an href by adding a missing quote character.

Fix an href by adding a missing quote character.

Merge pull request #3081 from bangerth/doc-update-75

Update documentation for grid refinement functions.

Update documentation for grid refinement functions.

Merge pull request #3089 from bangerth/disable-gcc6-warning

Disable -Wplacement-new.

Merge pull request #3087 from bangerth/disable-boost-assertion

Disable an assertion in BOOST that GCC 6.x warns about.

Merge pull request #3085 from bangerth/initialize-data

Initialize two member variables.

Avoid a warning about an unused argument.

Disable -Wplacement-new.

This is necessary since it triggers a warning in the BOOST version we bundle
and that yields a warning message several dozen times per build. The BOOST
code may be clumsily written, but is correct.

Merge pull request #3082 from kronbichler/master

Add unit support points for FE_TraceQ

Disable an assertion in BOOST that GCC 6.x warns about.

GCC says that the compiler can assume that the address of the object that a reference
points to must be nonzero. That's correct. But the warning happens many times during
a build. Since this is more of a sanity check for what the BOOST people are doing
internally, I think there is little harm in just removing the assertion -- we
don't change the BOOST code anyway.

Merge pull request #3084 from tjhei/fix_test2

fix test bits/step-16.cc

Initialize two member variables.

fix test

Merge pull request #3059 from drwells/reindent-vector-tools

Reindent vector tools

Merge pull request #3083 from tamiko/fix_compilation

Bugfix: Fix a compilation error introduced by #3061

Bugfix: Fix a compilation error introduced by #3061

Merge pull request #3005 from Rombur/gpu

Add CUDAWrappers::Vector

Add unit support points for FE_TraceQ

Merge pull request #3074 from bangerth/improve-error

Remove exceptions without error messages.

Merge pull request #3068 from masterleinad/assert_limit_level_difference_at_vertices

Assert limit_level_difference_at_vertices for multigrid

Remove exceptions without error messages.

Here, just check that a valid value is set for the finite difference formula. Later on,
we should then not ever get an invalid value any more, but if we do, we can just say
that whatever we got is not implemented.

Merge pull request #3061 from adamqc/shared-tria-copy

Reimplement copy_triangulation and load in p::s::Triangulation.

Merge pull request #3033 from tjhei/data_out_unique_names

assert unique names in DataOut

Merge pull request #3076 from kronbichler/master

Update comment

Reimplement copy_triangulation and load in p::s::Triangulation.

This commit fixes issue #2798.
The original implementation caused p::s::Triangulation to be in an
invalid state after copy_triangulation and load.

Update comment

Merge pull request #3066 from gassmoeller/reduce_manifold_quadrature_use

Use cxx11 sort

Enforce limit_level_difference_at_vertices if construct_multigrid_hierarchy is set

Use struct and call std::sort

fix tests

assert unique names in DataOut

Merge pull request #3071 from tjhei/exception_doc_improvements

Exception improvements

Reindent some very long lines.

Use consistent dof handler template parameters.

Reindent some VectorTools functions.

changelog entry

Exception message improvements

- keep quotes in the output
- fix formatting/grammar for a couple of exceptions

Merge pull request #3070 from bangerth/improve-error-message

Improve an error message by duplicating text from the input file.

Compare with Triangulation::none instead of true

Improve an error message by duplicating text from the input file.

This is motivated by a question on the mailing list. We only printed the internal
number of the cell, edge, or point, but should really be printing the number that
is used in the input file.

Merge pull request #3069 from bangerth/doc-update-74

Update documentation of step-10.

Update documentation of step-10.

We do not need to enclose class names in <code>....</code> any more (doxygen
already does that correctly). Also update the description of MappingQ1.

Fix tests

Merge pull request #3067 from tjhei/doxygen_exception_formatting

doxygen: format exception messages

doxygen: format exception messages

This creates pretty formatting in the doxygen documentation for the
exception texts. We do this by including a javascript function that does
a couple of string replacements. It is difficult to do this
transformation before generating the documentation as detailed in #2571.

Fixes #2571

Merge pull request #3065 from drwells/fix-initfinalize-links

Fix links to Utilities::MPI::MPI_InitFinalize.

Fix links to Utilities::MPI::MPI_InitFinalize.

Assert limit_level_difference_at_vertices for multigrid

Merge pull request #3064 from drwells/sparsity-tools-typo

Fix a documentation function link.

Merge pull request #2992 from gassmoeller/reduce_manifold_quadrature_use

Reduce use of Quadrature objects in Manifolds.

Fix a documentation function link.

The other function returns a vector of index sets, which is not what we
want here.

Merge pull request #3062 from jppelteret/read_abaqus_error_msg_2

Fix multiline comments in GridIn::read_abaqus()

Fix multiline comments in GridIn::read_abaqus()

Addresses comment in #3054

Merge pull request #3058 from drwells/ignore-global-indent-options

Set --options=none when indenting .inst.in files.

Set --options=none when indenting .inst.in files.

This works around a problem where, if one has global astyle options
turned on, they will be used to indent all of the .inst.in files when
one calls 'make indent'.

Update some documentation

Reduce use of Quadrature objects in Manifolds.

Merge pull request #3055 from kronbichler/master

Add assertion

Add assertion

Merge pull request #3054 from jppelteret/read_abaqus_error_msg

Improve error message for GridIn::read_abaqus

Improve error message for GridIn::read_abaqus

To assist debugging, where possible the error thrown internally when the
UCD grid is created is now displayed before the terminal error message
is given.

Merge pull request #3053 from tamiko/changes_h_entry

add a news/changes.h entry

Merge pull request #3051 from davydden/unit_test_psTria_subdomain

tiny unit test to check that p::s::Tria::locally_owned_subdomai works…

add a news/changes.h entry

tiny unit test to check that p::s::Tria::locally_owned_subdomai works in 1d

Merge pull request #3050 from davydden/distributed_trias_dim1

remove assert in distributed Tria for dim==1

Merge pull request #3048 from tamiko/update_news

update changes and news for release

remove assert in distributed Tria for dim==1

the assert was copy-pasted from p::d::Tria::locally_owned_subdomain()
to the based class p::Tria. Not sure why it was there for distributed
case, but for shared tria + metis, everything should work ok.

update changes and news for release

Merge pull request #3047 from class4kayaker/remove_update_q_points_tests

Remove deprecated UpdateFlags values from from places other than definitions

Merge pull request #3041 from jperryhouts/another_woraround_for_mpi_error

Workaround for cases where MPI_Finalize is called before MPI_Comm_free

Ensure that MPI_Comm_free is called before MPI_Finalize

Merge pull request #3044 from tamiko/use_correct_fpic

CMake: Use -fPIC instead of -fpic

Fix documentation

Change update_cell_normal_vectors to update_normal_vectors

Change update_second_derivatives to update_hessians

Change update_q_points to update_quadrature_points

add a news/changes.h entry

CMake: Use -fPIC instead of -fpic

This resolves a build failure on architectures that differentiate between
-fpic and -fPIC.

Special thanks to Matthias Klose and Graham Inggs.

Merge pull request #3040 from kronbichler/master

Fix bad complexity in copy of sparsity pattern.

Add test

Fix bad complexity in copy of sparsity pattern.

Merge pull request #3038 from drwells/improve-mapping-manifold-docs

Better describe a limitation of MappingManifold.

Better describe a limitation of MappingManifold.

As mentioned in the documentation of SphericalManifold, MappingManifold
cannot be used with SphericalManifold.

Merge pull request #3032 from tjhei/mapping_q_parallel_test

add parallel MappingQEulerian test

Merge pull request #3035 from drwells/remove-optimize-diagonal-remark

Remove a reference to optimize_diagonal.

Remove a reference to optimize_diagonal.

Commit 2dfcd899ad4 (February 2013) deprecated
SparsityPattern::optimize_diagonal() and it has since been removed from
the library.

add parallel MappingQEulerian test

fixes #3014

Merge pull request #3031 from jppelteret/symm_tensor_invariants

Fixed: SymmetricTensor::third_invariant returns Tensor number type