Merge pull request #14470 from tamiko/cherry_picks

[9.4] Take over #14462 and #14465

gitignore: ignore clangd files and directories

In order to use clangd it is currently necessary to add some
configuration into a .clangd file. Unfortunately, this is very situation
specific and cannot meaningfully be upstreamed. (For example, I need to
manually specify "-std=c++17" to work around the issue that gcc defaults
to c++17 and clang defaults to c++14.)

While at it also ignore the .cache directory where clangd stores its
index.

CMake: always export compile_commands.json in deal.II and user projects

Merge pull request #14255 from drwells/fix-petsc-version-detection-9.4

[9.4] Fix PETSc version detection.

Fix PETSc version detection.

New versions of PETSc now define PETSC_VERSION_LT etc. in one line, so
our detection of PETSC_VERSION_MAJOR will now also pick up that
usage. Get around this by making the regex more correct.

Merge pull request #14156 from drwells/consensus-alg-early-9.4

Make ConsensusAlgorithm deprecations early deprecated instead.

They should have always been early-deprecated. This is worth doing
now (for 9.4.1) because these deprecation warnings show up when we
include some headers (like mpi_noncontiguous_partitioner.h).

Merge pull request #14113 from tjhei/94-changelog-fix

(9.4) fix changelog entry

(9.4) fix changelog entry

Merge pull request #14088 from peterrum/take_over_fe-eval-no-vectorization

[9.4] Take over multiple PRs

Add changelog entry

Use correct tolerance in MappingCartesian check.

doxygen: fix SymmetricTensor friends

- remove duplicate instances of deviator, trace, etc.
- put documentation where doxygen can see it

doxygen: fix errors in formulas

step-81: Mention example step in the tutorial lists

Fix some VectorizedArrayTypes for non-default vectorization

update VERSION for release

Merge pull request #14036 from drwells/suppress-new-thread-deprecation-warning-9.4

[9.4] Take over #14035: Get rid of some warnings from defining Threads::new_thread().

Merge pull request #14033 from drwells/petsc-tvmult-test-9.4

[9.4] Takeover #14032: Disable HYPRE in the Tvmult test.

Get rid of some warnings from defining Threads::new_thread().

This function calls a deprecated constructor but it itself is deprecated, so
this isn't all that helpful of a message. We presently see this warning printed
out whenever we compile examples that include this header on Debian 11.

Disable HYPRE in the Tvmult test.

This is probably a bug in HYPRE - if we call this function then we abort with a
floating-point exception. If we disable the floating-point exception we get a
vector of all zeros, which is definitely wrong.

For now just disable this test.

update VERSION for release

Merge pull request #14028 from peterrum/get_cell_range_category_max_takeover

[9.4] Take over #14015: Make get_cell_range_category() more consistent with get_cell_category()

Merge pull request #14030 from drwells/gcc12-array-warning-9.4

Work around a GCC-12 warning about array accesses.

This only occurs at higher optimization levels with -Warray-bounds.

Merge pull request #14027 from tamiko/pr_14026

[9.4] Take over #14026: Fix warning of gcc-12 with gather_pd/ps instructions

Make get_cell_range_category() more consistent with get_cell_category()

Fix warning of gcc-12 with gather_pd/ps instructions

Merge pull request #14012 from peterrum/release_94_switch

[9.4] Take over #14010 and #14011

Can't use ReferenceCells in switch-case.

Can't use ReferenceCells in switch-case.

Merge pull request #14009 from drwells/dealii-9.4-fix-clang-13

[9.4] Fix compilation with clang-13.

Fix compilation with clang-13.

Merge pull request #14003 from tamiko/pr_14002

[9.4] Take over #14002, Fix failing symengine tests

symengine/batch_optimizer_09_1: add test variant

symengine-0.9.0 actually produces some output for the scalar case where
the old test variant recorded an exception. As this is a strictly
improved behavior let's simply add a test variant.

symengine/sd_common_tests: update tests

Merge pull request #14001 from NiklasWik/patch-1

Update AUTHORS.md

Update AUTHORS.md

update VERSION for release

Merge pull request #13999 from tamiko/remove_taskflow

[9.4] CMake: Remove taskflow configure

Merge pull request #13998 from tamiko/remove_p4est_bug_test

[9.4] remove p4est_bug_01 test

CMake: Remove taskflow configure

remove p4est_bug_01 test

update AUTHORS.md

update VERSION

Merge pull request #13992 from tamiko/adjust_changes

Update changelog for release

Merge pull request #13993 from tamiko/adjust_tags

Update tag file references for release.

fix whitespace

Update tag file references for release.

add dummy files.

Remove now obsolete files.

Update the changelog file for the release.

Update copyright

Merge pull request #13988 from kronbichler/fix_petsc_complex_tests

Fix PETSc complex tests

Merge pull request #13986 from peterrum/mf_get_face_category

Fix MatrixFree::get_face_category()

Merge pull request #13982 from tamiko/update_documentation

doc: update supported version numbers

Merge pull request #13985 from tjhei/hdf5_add_test_outputs

add alternative test output for base/hdf5*

Fix PETSc complex tests

Fix MatrixFree::get_face_category()

add alternative test output for base/hdf5*

Merge pull request #13981 from kronbichler/fix_rtn_doc

doc: update mentioned compiler versions

doc: update supported version numbers

Merge pull request #13889 from bangerth/doc

Minor improvement to the documentation of FE_PolyTensor.

Merge pull request #13978 from kronbichler/relax_assert

Merge pull request #13979 from kronbichler/fix_test

Fix documentation of FE_RaviartThomas

Merge pull request #13980 from kronbichler/more_digits

Provide more digits to make test robust

Merge pull request #13976 from kronbichler/fix_rt_support_points

Fix generalized support points of FE_RaviartThomasNodal

Provide more digits to make test robust

Similar test with equality comparison

Make test more robust: Check tolerance rather than ==

Also allow FE_RaviartThomasNodal in other project function

Fix generalized support points of FE_RaviartThomasNodal

Merge pull request #13916 from peterrum/do_interpolate_boundary_values_wedge

VT::interpolate_boundary_values() for pyramids and wedges

Merge pull request #13158 from harmonj/FE_NEDELEC_EMBEDDING_DOFS

Add get_embedding_dofs() to FE_Nedelec (2-D)

Merge pull request #13975 from drwells/clang-aligned-vector-replicate-fix

Fix the MPI window functions with clang.

Merge pull request #13973 from tamiko/fix_trilinos_checks_02

CMake: Use deal.II's global index type in Tpetra compatibility test

Fix the MPI window functions with clang.

libc++ defines std::unique_ptr::reset() as

    _LIBCPP_INLINE_VISIBILITY
    void reset(nullptr_t = nullptr) _NOEXCEPT {
      pointer __tmp = __ptr_.first();
      __ptr_.first() = nullptr;
      if (__tmp)
        __ptr_.second()(__tmp);
    }

The result of this is that aligned_vector->elements.get() is nullptr at the
point at which we call the deleter - hence this deleter won't work correctly.

We can work around this by avoiding std::unique_ptr::get() and just using our
own member variables or ptr, which are guaranteed to be valid since they will
not be set to nullptr by std::unique_ptr::reset().

CMake: Use deal.II's global index type in Tpetra compatibility test

We use Tpetra templates with types::global_dof_index throughout our
codebase - so we should also check for compatibility with said index
type.

Alternatively, this information is also available in
TpetraCore_config.h:

  /* #undef HAVE_TPETRA_INST_INT_INT */
  /* #undef HAVE_TPETRA_INST_INT_LONG */
  #define HAVE_TPETRA_INST_INT_LONG_LONG
  /* #undef HAVE_TPETRA_INST_INT_UNSIGNED */
  /* #undef HAVE_TPETRA_INST_INT_UNSIGNED_LONG */

Merge pull request #13974 from tamiko/fix_trilinos_checks_03

CMake: Use default Kokkos' DefaultNodeType in Tpetra test

Merge pull request #13971 from peterrum/author

CMake: Use default Kokkos' DefaultNodeType in Tpetra test

Merge pull request #13969 from tamiko/fix_trilinos_checks

CMake: use full compiler/linker flags for trilinos sanity checks

Remove remaining @author

Merge pull request #13968 from drwells/codespell-9.4

Run codespell

CMake: use full compiler/linker flags for trilinos sanity checks

Run codespell

Merge pull request #13961 from kronbichler/fix_petsc_complex_tests_2

Fix more PETSc complex tests

Merge pull request #13967 from simonsticko/clang_pointwise_definiteness

Explicitly template function pointwise_definiteness(..)

Explicitly template function pointwise_definiteness(..)

Merge pull request #13960 from kronbichler/fix_petsc_complex_tests

Fix two tests with complex PETSc

Merge pull request #13964 from tamiko/fix_python_binding_tests

contrib/python_bindings: set PYTHON_EXECUTABLE

contrib/python_bindings: set PYTHON_EXECUTABLE

Merge pull request #13771 from luca-heltai/cgal-Surface_remeshing

CGAL: Add remesh_surface utility

Fix two tests with complex PETSc

Merge pull request #13906 from saitoasukakawaii/doc/fix_update_flags_h

Doc/fix update flags h

Merge pull request #13963 from tamiko/fix_vectorization_warning

CMake: Use -Wno-pass-failed for clang

CMake: Use -Wno-pass-failed for clang

Fix more PETSc complex tests