Merge pull request #2972 from masterleinad/trilinos_local_elements

Fix TrilinosWrappers::locally_owned_elements

Entry in changes.h

The size of owned_elemwnts has to match the size of the vector if asking for locally_owned_elements

In case we can't deduce locally_owned_elements, set the size of owned_elements to zero

Add a test for the conversion BlockVector->Vector

Check has_ghosts using owned_elements

Fix TrilinosWrappers::locally_owned_elements

Merge pull request #3109 from tjhei/mg_coarse_lac_parallel

introduce MGCoarseGridIterativeSolver

introduce MGCoarseGridIterativeSolver, deprecate MGCoarseGridLACIteration

- introduce MGCoarseGridIterativeSolver with a simpler interface
- also works in parallel with Trilinos solvers
- add tests

Merge pull request #3118 from Rombur/vector

Instantiate LinearAlgebra::Vector.

Add entry to changes.h

Instantiate LinearAlgebra::Vector.

Merge pull request #3039 from class4kayaker/no_mapping_data

Set conditions on updating mapping data

Add test for no mapping data FEValues ues

Add changes.h entry

Duplicate approach for FEFaceValues and FESubfaceValues

Set conditions on updating mapping data

Merge pull request #3090 from bangerth/add-to-step-6

Add a discussion about smoothness to step-6.

Merge pull request #3114 from bangerth/move-explicit-specializations

Move explicit specializations to the .cc file.

Replace Number(0) by Number().

Add changelog entry.

Move explicit specializations to the .cc file.

Generalize code for cases where 'Number' is a more complicated scalar.

Merge pull request #3111 from bangerth/add-message-to-exceptions

Add descriptions to two more exceptions.

Merge pull request #3113 from bangerth/add-message-to-exceptions-3

Avoid an exception without message.

Merge pull request #3112 from bangerth/add-message-to-exceptions-2

Remove an unused exception class.

Avoid an exception without message.

Remove an unused exception class.

Add descriptions to two more exceptions.

Merge pull request #3104 from masterleinad/guard_mpi_index_set

Add a guard for the non-MPI case in IndexSet::is_ascending_and_one_to_one

Add a guard for the non-MPI case

Merge pull request #3100 from bangerth/restructure-cached-primitivity

Move 'cached_primitivity' and 'is_primitive()'.

Merge pull request #3103 from bangerth/add-message-to-exceptions

Provide error texts to more exceptions.

Merge pull request #3093 from masterleinad/trilinos_renumber

Allow for nonlinear contiguous IndexSets for creating EpetraMaps

Provide error texts to more exceptions.

Also remove one exception for which an equally named exception is
already available and for wihch I'm providing an error text as part of
this patch.

Entry in changes.h

Assert that locally_owned_elements are always linear for initializing PETSc objects

All tests passing

Move is_globally_ascending into an own function

Merge pull request #3097 from drwells/update-parameter-handler-example

Update the full ParameterHandler example.

Use Bcast

Allow for contiguous IndexSets that are nonlinear for creating EpetraMaps

Merge pull request #3102 from guidokanschat/any_data_bug_fix

Fix bug in AnyData::try_read_ptr()

do not throw exception in AnyData::try_read_ptr() even if different type

Merge pull request #3101 from bangerth/make-compile-in-64bit

Allow a test to compile in 64bit mode.

Allow a test to compile in 64bit mode.

Move 'cached_primitivity' and 'is_primitive()'.

These fields were part of FiniteElementData, but this class had no way of computing
the information during construction, and it needed to be set at a later time by
the derived classes' construction time. This is silly. Move the field and function
to class FiniteElement, where we know how to compute the information, and where we
already store similar information.

Merge pull request #3099 from drwells/update-cmake-readme

Remove Make.global_options from a content list.

Remove Make.global_options from a content list.

This feature was removed in commit 359e60b351c (March 2016).

Update the full ParameterHandler example.

This commit fixes several small issues, such as the path to a deal.II
header file, code formatting, and the format of the printed output.

Merge pull request #3098 from bangerth/initialize-variable

Initialize a member variable.

Merge pull request #3095 from bangerth/avoid-warning

Avoid a warning about an unused argument.

Initialize a member variable.

This is not strictly necessary, because the variable is later initialized in
constructors of derived classes, but the patch avoids copying uninitialized
variables when copying around objects of type FiniteElementData. (There are
cases when we pass around these objects, without actually using derived
classes; but in those cases, the flag appears to be unused.

Merge pull request #3094 from drwells/fix-link

Fix an href by adding a missing quote character.

Fix an href by adding a missing quote character.

Merge pull request #3081 from bangerth/doc-update-75

Update documentation for grid refinement functions.

Update documentation for grid refinement functions.

Add a discussion about smoothness to step-6.

In particular, extend the 'Possibilities for extensions' section by a discussion
of how to make the solution less smooth.

Merge pull request #3089 from bangerth/disable-gcc6-warning

Disable -Wplacement-new.

Merge pull request #3087 from bangerth/disable-boost-assertion

Disable an assertion in BOOST that GCC 6.x warns about.

Merge pull request #3085 from bangerth/initialize-data

Initialize two member variables.

Avoid a warning about an unused argument.

Disable -Wplacement-new.

This is necessary since it triggers a warning in the BOOST version we bundle
and that yields a warning message several dozen times per build. The BOOST
code may be clumsily written, but is correct.

Merge pull request #3082 from kronbichler/master

Add unit support points for FE_TraceQ

Disable an assertion in BOOST that GCC 6.x warns about.

GCC says that the compiler can assume that the address of the object that a reference
points to must be nonzero. That's correct. But the warning happens many times during
a build. Since this is more of a sanity check for what the BOOST people are doing
internally, I think there is little harm in just removing the assertion -- we
don't change the BOOST code anyway.

Merge pull request #3084 from tjhei/fix_test2

fix test bits/step-16.cc

Initialize two member variables.

fix test

Merge pull request #3059 from drwells/reindent-vector-tools

Reindent vector tools

Merge pull request #3083 from tamiko/fix_compilation

Bugfix: Fix a compilation error introduced by #3061

Bugfix: Fix a compilation error introduced by #3061

Merge pull request #3005 from Rombur/gpu

Add CUDAWrappers::Vector

Add unit support points for FE_TraceQ

Merge pull request #3074 from bangerth/improve-error

Remove exceptions without error messages.

Merge pull request #3068 from masterleinad/assert_limit_level_difference_at_vertices

Assert limit_level_difference_at_vertices for multigrid

Remove exceptions without error messages.

Here, just check that a valid value is set for the finite difference formula. Later on,
we should then not ever get an invalid value any more, but if we do, we can just say
that whatever we got is not implemented.

Merge pull request #3061 from adamqc/shared-tria-copy

Reimplement copy_triangulation and load in p::s::Triangulation.

Merge pull request #3033 from tjhei/data_out_unique_names

assert unique names in DataOut

Merge pull request #3076 from kronbichler/master

Update comment

Reimplement copy_triangulation and load in p::s::Triangulation.

This commit fixes issue #2798.
The original implementation caused p::s::Triangulation to be in an
invalid state after copy_triangulation and load.

Update comment

Merge pull request #3066 from gassmoeller/reduce_manifold_quadrature_use

Use cxx11 sort

Enforce limit_level_difference_at_vertices if construct_multigrid_hierarchy is set

Use struct and call std::sort

fix tests

assert unique names in DataOut

Merge pull request #3071 from tjhei/exception_doc_improvements

Exception improvements

Reindent some very long lines.

Use consistent dof handler template parameters.

Reindent some VectorTools functions.

changelog entry

Exception message improvements

- keep quotes in the output
- fix formatting/grammar for a couple of exceptions

Merge pull request #3070 from bangerth/improve-error-message

Improve an error message by duplicating text from the input file.

Compare with Triangulation::none instead of true

Improve an error message by duplicating text from the input file.

This is motivated by a question on the mailing list. We only printed the internal
number of the cell, edge, or point, but should really be printing the number that
is used in the input file.

Merge pull request #3069 from bangerth/doc-update-74

Update documentation of step-10.

Update documentation of step-10.

We do not need to enclose class names in <code>....</code> any more (doxygen
already does that correctly). Also update the description of MappingQ1.

Fix tests

Merge pull request #3067 from tjhei/doxygen_exception_formatting

doxygen: format exception messages

doxygen: format exception messages

This creates pretty formatting in the doxygen documentation for the
exception texts. We do this by including a javascript function that does
a couple of string replacements. It is difficult to do this
transformation before generating the documentation as detailed in #2571.

Fixes #2571