Merge pull request #6338 from drwells/update-gridgenerator-examples-4

Update GridGenerator examples 4

Merge pull request #6310 from kronbichler/matrix_free_module

Matrix free module

Update step-11.

There is no graphical output for this step so this is easy.

Merge pull request #6324 from kronbichler/fix_compile_warning

Fix warning about missing return statement in ICC

Merge pull request #6292 from masterleinad/fix_coverity_issues

Fix various issues reported by coverity

Merge pull request #6321 from masterleinad/add_codecov_support

Add Codecov support

Merge pull request #6327 from masterleinad/fix_typo_dof_handler

Replace DofHandler by DoFHandler

Replace DofHandler by DoFHandler

Update documentation

Require codecov-bash to be downloaded manually

Fix warning about missing return statement in ICC.

Link main matrix-free objects and data structures to module.

Write doxygen module for MatrixFree with face capabilities.

Merge pull request #6285 from kkormann/issue_5667_fe_eval_template

Introduce face functionality to fe_evaluation.

Merge pull request #6323 from bangerth/typo

Fix a grammar mistake.

Merge pull request #6322 from masterleinad/fix_petsc_instantiation

Instantiate distribute_local_to_global for another combination of PETScWrapper objects

Fix a grammar mistake.

Merge pull request #6305 from masterleinad/object_fe_collection_dh

Store the FECollection object and not just the pointer in DoFHandler and hp::DoFHandler

Instantiate distribute_local_to_global for another combination of PETScWrapper objects

Add codecov support

Merge pull request #6320 from tjhei/doxygen_fixes2

more doxygen fixes

more doxygen fixes

Merge pull request #6319 from tjhei/doxygen_fixes

doxygen fixes

doxygen fixes

warnings/errors that appear during doxygen generation

Introduce face functionality to fe_evaluation.

Distinguish cell and face type by new template argument.

Merge pull request #6318 from tjhei/doxygen_formatting2

fix some ugly doxygen formatting

fix some ugly doxygen formatting

Merge pull request #6315 from masterleinad/less_iterations_complex_solver

Allow less iterations in petsc_complex/solver_real_02

Merge pull request #6316 from tjhei/doxygen_formatting

Doxygen formatting

Merge pull request #6317 from tjhei/doxygen_add_rol

enable ROL in doxygen

enable ROL in doxygen

otherwise rol namespace will not be in the documentation

put @ref on separate lines

fix doxygen group sections

Allow less iterations in petsc_complex/solver_real_02

Remove parameter names for defaulted member functions

Merge pull request #6313 from masterleinad/capitalize_gmsh

Capitalize Gmsh appropriately

Capitalize Gmsh appropriately

Merge pull request #6309 from masterleinad/fix_cuda

Fix failing CUDA test

Add assertion for nonempty hp::FECollection

Fix failing CUDA test

Merge pull request #6295 from luca-heltai/minmax-diameter-with-mapping

Min/Max diameter with mapping

Merge pull request #6302 from tamiko/fix_a_test_16

Tests: metis/metis_05 add output variant

Merge pull request #6308 from tamiko/cmake_würgaround

CMake: Ensure to be compatible with version 3.11 FindBlas.cmake

CMake: Ensure to be compatible with version 3.11 FindBlas.cmake

We have to work around some upstream changes [1] that break our project
configuration. Let's simply filter out the "PkgConfig::PKGC_BLAS" string
and hope for the best.

[1] https://gitlab.kitware.com/cmake/cmake/issues/17934

Store the FECollection object and not just the pointer in DoFHandler and hp::DoFHandler

Merge pull request #6299 from tjhei/msvc_support

blacklist MSVC 2015 or older

Tests: metis/metis_05 add output variant

Merge pull request #6301 from bangerth/update-changelog

Minor updates to changelog entries.

Minor updates to changelog entries.

Merge pull request #6284 from tamiko/fix_cornercase

Tests: Always create a small 'detailed.log' file

Initialize mapping_type in FE_PolyTensor

Avoid uninitialized value in GridIn::read_mesh

Check dynamic_cast in TimeDependent

Use AssertNothrow in Utilities::MPI::MPI_InitFinalize

Restore formatting options in Abaqus_to_UCD

Fixed issues by TH and WB.

Merge pull request #6298 from tamiko/petsc_390

PETSc: Port to version 3.9.0

blacklist MSVC 2015 or older

because we can no longer support it

Doc: Update latest known version to 3.9.0

Merge pull request #6287 from drwells/update-gridgenerator-examples-1

Update basic Manifold usage in the examples.

Update basic Manifold usage in the examples.

Merge pull request #6281 from masterleinad/hp_dh

Store a copy of the FECollection object in hp::DoFHandler

add a changes entry

PETSc: Port to version 3.9.0

In version 3.9.0 *SolverPackage was renamed to *SolverType. Guard the
two instances where we call such functions.

Use correct type in GridIn::skip_comment_lines

Merge pull request #6293 from tjhei/harden_deprecated_check

harden cmake deprecation check

Changelog.

Added test.

Added optional mapping to minimal/maximal grid diameter.

harden cmake deprecation check

It turns out MSVC 2015 passes the CXX14 check for the deprecated
attribute, but then complains when it is used in a constructor:
E:\jenkins\workspace\workspace\dealii-windows-
compile\CC\msvc2015\label\win\include\deal.II/base/table_indices.h(129):
error C2416: attribute 'deprecated' cannot be applied in this context

Fix this.

Merge pull request #6289 from BenBrands/rm_scalapack_15_b

Remove failing ScaLAPACK tests

Remove failing ScaLAPACK tests

Merge pull request #6288 from masterleinad/householder_base

Don't derive Householder from FullMatrix

Don't derive Householder from FullMatrix

Merge pull request #6286 from masterleinad/fix_msvc_comparison

Fix MSVC warning regarding comparison of signed and unsigned numbers

Merge pull request #6185 from drwells/remove-more-Boundary-references

Remove more boundary references

Fix MSVC warning regarding comparison of signed and unsigned numbers

Tests: Always create a small 'detailed.log' file

This ensures that scripts like `run_testsuite.cmake` always have the
correct compiler versions at hand.

Merge pull request #5990 from tjhei/step-37-print-vec-info

step-37: print vectorization info

Merge pull request #6282 from bangerth/more-2

Use a std::map instead of a std::list of std::pair.

Changelog entry

Store a copy of the FECollection object in hp::DoFHandler

Merge pull request #6283 from bangerth/doc-update

Avoid using 'info' as a word.

Avoid using 'info' as a word.

Use 'information' instead, or if it refers to a variable then at least mark it up.

Merge pull request #6272 from tjhei/document_example_dof_points

add doc for write_gnuplot_dof_support_point_info

add doc for write_gnuplot_dof_support_point_info

the code is complicated enough that an example is useful

changelog

step-37: print vectorization info

Use a std::map instead of a std::list of std::pair.

The only relevant change is that where previously, when we unpacked one
data set in p::d::Triangulation::notify_ready_to_unpack(), we just dropped
*one* data set but not necessarily the one that had been detached. Now we
actually drop the *correct* one by searching for the key and dropping
that element of the map.

Merge pull request #6280 from bangerth/more

Group all variables in p::d::Tria for data attachment into one structure.

Merge pull request #6210 from kkormann/issue_5667_face_info

Face initialization for matrix-free DG.

Merge pull request #6269 from Rombur/cuda_handle

Encapsulate all the cuda handles in a structure

Merge pull request #6278 from tjhei/bump_bundled_boost_msvc_ver

updated bundled boost msvc version

Rename some variables and clean up code.

Update the step-32 results.

Use a lovely coffee color scheme for the new plots to emphasize the
color gradient.

Fix some examples in the manifold module.

The second to last example was wrong: it set manifold ids on the
interior, but should not have. Otherwise, this commit:
1. uses a consistent initialization order
2. refers to SphericalManifold as 'manifold'
3. uses the relatively new Triangulation::set_all_manifold_ids function
4. explicitly remove the manifolds attached to the Triangulations so
that the effect of each manifold is clear.

to tidy things up.

Use '%' to avoid some doxygen links to Boundary.

Explicitly deprecate the Boundary module.

Remove HyperShellBoundary from step-32.

As of ff7cc4c8075 this functionality is also in Manifold, so we do not
need to use a Boundary object here.

Redo some documentation to use manifolds.

We should describe things in terms of the Manifold classes since the
Boundary classes are deprecated.