Merge pull request #11924 from peterrum/build_patches_mapping

DataOut::build_patches(): make mapping dependent on tria

Merge pull request #11926 from bangerth/15

Minor work on step-15

Make the structure in run() more similar to the way we use elsewhere.

Use current_solution instead of present_solution.

Merge pull request #11922 from kronbichler/fix_boundary_id

Fix storage of boundary_id in MatrixFree

DataOut::build_patches(): make mapping dependent on tria

Merge pull request #11923 from kronbichler/fix_changelog

Fix date of changelog

Fix date of changelog

Changelog

New test case

Fix storage of boundary id in MatrixFree

Merge pull request #11920 from marcfehling/doc-shared

Document that adaptation flags need to be placed on all procs for p:s:Tria.

Merge pull request #11915 from kronbichler/fix_data_type

Use correct invalid unsigned value for 64 bit integers

Fix initialization to invalid value

Merge pull request #11919 from tamiko/make_more_elegant

examples/step-69: use std::copy_n instead of std::copy

Document that adaptation flags need to be placed on all procs for p:s:Tria.

examples/stpe-69: use std::copy_n instead of std::copy

A std::copy_n is more more elegant than the std::copy variant that need
to take the address of an element past the momentum.

Thanks to @guermond and @ejtovar for pointing this out.

Merge pull request #11917 from bangerth/15

No need to futz with the VTK flags in step-15.

No need to futz with the VTK flags in step-15.

Merge pull request #11903 from jppelteret/scratch_data_03

Add some tests for the MeshWorker::ScratchData::get_*() functions

Merge pull request #11901 from peterrum/reset_global_cell_indices_fix

Fix TriangulationBase::reset_global_cell_indices()

Merge pull request #11897 from jppelteret/scratch_data_01

Add const version of MeshWorker::ScratchData::get_general_data_storage()

Merge pull request #11909 from bangerth/grammar-2

Fix grammar.

Add tests for MeshWorker::ScratchData::get_*

Fix TriangulationBase::reset_global_cell_indices()

Merge pull request #11905 from marcfehling/fix-prep-shared

Fix refinement flags in mpi/prepare_coarsening_and_refinement_03().

Fix grammar.

Merge pull request #11898 from jppelteret/scratch_data_02

Add get_laplacians to MeshWorker::ScratchData

Merge pull request #11907 from bangerth/error-2

Fix a space issue in an exception text.

Merge pull request #11899 from jppelteret/sd_product_type_01

Add general product type between tensors and SD Expressions

Merge pull request #11890 from peterrum/mg_assert

Add assert that DoFCellAccessor::get/set_mg_dof_indices()

Merge pull request #11906 from peterrum/examples_include_accessor

Remove includes from tutorials

Fix a space issue in an exception text.

Add assert that DoFCellAccessor::get/set_mg_dof_indices()

Remove include files

Fix refinement flags in mpi/prepare_coarsening_and_refinement_03().

Merge pull request #11895 from peterrum/step74_fix_latex_format

Step 74: fix latex formatting

SD Product types: Add general product type between tensors and SD Expressions

Add get_laplacians to MeshWorker::ScratchData

Add const version of MeshWorker::ScratchData::get_general_data_storage()

Step 74: fix latex formating

Merge pull request #11893 from peterrum/dofhandler_explicit

Make constructor of DoFHandler explicit

Make constructor of DoFHandler explicit

Merge pull request #11891 from peterrum/get_dof_indices_comment

Remove outdated comment of DoFCellAccessor::get_dof_indices()

Merge pull request #11867 from peterrum/mapping_q_cache_init

Add new MappingQCache::initialize() function

Remove outdated comment of DoFCellAccessor::get_dof_indices()

Merge pull request #11887 from bangerth/doc-90

Update documentation about an MPI 3.x feature.

Merge pull request #11883 from bangerth/error

Fix a poorly written and dysfunctional assert condition.

Merge pull request #11885 from bangerth/doc-89

Update documentation to make it clearer.

Update documentation about an MPI 3.x feature.

Add new MappingQCache::initialize() function

Update documentation to make it clearer.

Merge pull request #11877 from marcfehling/limit-levels-children

Support subfaces for DoFHandler::prepare_coarsening_and_refinement().

Merge pull request #11830 from adamqc/fix-fe-series-non-primitive

Fix FESeries with non-primitive FEs.

Merge pull request #11880 from peterrum/get_position_vector

VectorTools::get_position_vector(): add mapping as argument

Merge pull request #11878 from peterrum/chang_log_entry_date

Fix date of change-log entry

Fix date of change-log entry

Improve an error message.

Merge pull request #11414 from konsim83/issue_div_curl_face_edge_orientation

Raviart-Thomas orientation and permutation issue

VectorTools::get_position_vector(): add mapping as argument

Merge pull request #11881 from marcfehling/simplify-prepare

Simplify DoFHandler::prepare_coarsening_and_refinement().

Simplify DoFHandler::prepare_coarsening_and_refinement().

Get rid of the lambda function.

Fix FESeries with non-primitive FEs.

Support subfaces for DoFHandler::prepare_coarsening_and_refinement().

Merge pull request #11857 from marcfehling/limit-levels-parallel

Parallelize DoFHandler::prepare_coarsening_and_refinement().

Merge pull request #11416 from peterrum/step12b_simplex

Simplex/pyramid/wedge: add DG test

Enable mixed meshes for MF and DG

Merge pull request #11876 from Rombur/deleter

Deleter takes a pointer not a reference

Deleter takes a pointer not a reference

Hotfix: dealii::Vector does not accept integral types.

Parallelize DoFHandler::prepare_coarsening_and_refinement().

Merge pull request #11873 from peterrum/gc-assert

MGTransferGlobalCoarsening: add assert

MGTransferGlobalCoarsening: add assert

Merge pull request #11400 from peterrum/mapping_info_qcollection

Use QCollection within MappingInfo::initialize

Merge pull request #11874 from nfehn/active_cell_index_partitioner

fix compilation error in tria_base.cc

fix compilation error in tria_base.cc

Merge pull request #11858 from peterrum/active_cell_index_partitioner_pst

Enable set up of active_cell_index_partitioner for p:s:T

Merge pull request #11872 from bangerth/grammar

Fix a grammar issue.

Merge pull request #11859 from peterrum/active_cell_index_partitioner_shared_ptr

Make active_cell_index_partitioner to std::shared_ptr

Merge pull request #11784 from drwells/fix-vtk-output-orientation

Merge pull request #11863 from marcfehling/fe-index-type

Use correct type for FE indices in DoFH::communicate_active_fe_indices().

Make active_cell_index_partitioner to std::shared_ptr

Fix a grammar issue.

Merge pull request #11870 from drwells/fix-line-indices

Fix a hardcoded number of lines.

Fix the output order of VTK cells.

This commit fixes the volume (previously, volumes were off by a factor of -1) of
hexahedra written by GridOut::write_vtk.

Fixing this uncovered a second bug with the way we read in VTK grids - the
vertices were read in as though they were in the UCD format, but VTK uses a
different format where the z = 0 vertices are ordered (using deal.II's
convention) as 0 - 1 - 3 - 2 and the z = 1 vertices are numbered as 4 - 5 - 7 -
6. This had to be fixed in such a way that GridOut composed with GridIn remained
idempotent. Hence, we now correctly renumber each VTK quad and hex to correspond
with the lexical (deal.II 6.0 and newer) nodal numbering.

Fixing this uncovered a (minor) third bug (though its one we talked about at the
workshop in 2019) where GridReordering::invert_all_cells_of_negative_grid
assumes its inputs are still ordered with UCD. To preserve reading of VTK grids
where some cells are flipped that function was updated to understand inputs
numbered lexically.

Fix an exception message.

Rename two variables.

Fix a hardcoded number of lines.

Merge pull request #11868 from peterrum/exchange_cell_data_pst_assert

Add assert to exchange_cell_data for p:s:T (without artificial cell)

Merge pull request #11861 from bangerth/extern-template

Mark some classes as 'extern template'.

Merge pull request #11853 from konsim83/improve_docs

Improve docs (indentation targets)

Add assert to exchange_cell_data for p:s:T (without artifical cell)

Improve docs (indentation targets)

Merge pull request #11497 from Rombur/arborx

Add new BVH class

Merge pull request #11843 from bangerth/7

Some more additions to step-7.

Enable set up of active_cell_index_partitioner for p:s:T

Merge pull request #11850 from marcfehling/logical-or

Added Utilities::MPI::logical_or().

Use QCollection within MapptingInfo::initialize