Merge from trunk.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31972 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a configure time check DEAL_II_MAC_OSX_C99_BUG

This is a small configure time check for a regression on Mac OS-X 10.9
where gcc in C++11 mode is unable to link to certain C standard library
functions defined in ctype.h and similar. In this case just disable C++11
support.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31970 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Adjust output of umfpack_04 for Intel

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31968 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust test cases for change in 31950: do not output number of actual nonzeros in advection matrix because they are sensitive to roundoff and are irrelevant to the test. Output more digits.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31966 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

reference new 8.0 publication

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31965 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Filter out branch in run_testsuite.cmake correctly

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31963 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Only run matrix_free/step-48 if mpi is enabled

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31961 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix hanging nodes in step-26 and make the mesh a somewhat finer

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31960 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

release step 9.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31957 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

change version number in changes.h

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31955 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

bump version

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31954 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update output to new tangential jump operator

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31951 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Need to disable CellSimilarity when the number of threads is greater than one because otherwise we get different mapping data (on the order of roundoff) on cells that are translations of each other. When using WorkStream, this might result in different matrices that are eventually generated

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31950 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Documentation: Remove obsolete header entry to deal.css in mod_header.pl

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31949 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert the last two commits because RULE_LAUNCH_COMPILE is not supported by
the Ninja Generator...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31948 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix link

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31947 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix links

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31946 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a couple more words.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31945 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Separate initials as in most places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31944 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix comment style in css

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31943 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove leftover code in quicktest cmake file

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31942 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Quicktests: Remove target-OK prior to compilation

Remove target-OK prior to compilation of target with the help of
RULE_LAUNCH_COMPILE. This is a cleaner solution because the removal is only
triggered if target is actually (re)built.

Additionally, reintroduce the ADD_CUSTOM_COMMAND and ADD_CUSTOM_TARGET
splitting so that also quicktests only rerun if they actually have to...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31941 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31940 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix typo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31939 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix dead link

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31938 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix typo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31937 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Only run fe_q_dg0 if UMFPACK is available

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31936 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

quicktests: revert part of r31930

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31935 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update changes and news for release

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31934 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update authors list

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31933 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

reindent using astyle

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31932 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix typo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31931 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Quicktests: Fix and cleanup the hack in quicktests :-]

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31930 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cosmetic change: Fix $Id$ in two places

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31929 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

quicktests: force the deletion of old -OK files

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31928 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

better output for 'make test' and provide some helpful error messages

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31927 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

*sigh*

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31926 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo introduced in previous commit *blush*

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31925 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Forgot one...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31924 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Bugfix: Only run thread_local_storage tests if deal.II is configured with thread support

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31923 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Bugfix: Silence a warning introduced in r31919

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31922 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

tutorial page fixes

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31921 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add publications

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31920 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Bugfix: Use the correct mpirun executable as found by FindMPI.cmake

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31919 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Convert a couple of places where we intended 'unsigned int' but now had 'size_type'.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31918 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A couple of fixes to make things compile again in 64-bit mode after the change to full_matrix.h a couple of days ago.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31917 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Several bugfixes in FindTRILINOS.cmake

 - Use again the FIND_PACKAGE mechanism that has the right search order for
   project configurations

 - Print error condition in configure phase so that one has a clue what is
   going wrong...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31916 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Provide alternative output for q_dg0_projection_01 with icc

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31914 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Provide alternative output for icc

The tests in question test whether it is possible to find a vertex lying
exactly on an edge or line, respectively. Unfortunately this is not stable
under more aggressive optimization.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31913 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert "Testsuite: Reenable compiler version injection on non Linux platforms"

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31912 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

revert last commit

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31911 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove 'official' Windows support from the readme.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31910 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Reenable compiler version injection on non Linux platforms

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31909 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Documentation: Update some documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31908 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix latex formula

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31907 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a couple of previously missing specializations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31906 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

In the conversion to 64-bit indices, a lot of classes acquired a local typedef 'size_type'. In some cases, it was aliased to types::global_dof_index, but this may have been a mistake. One such example is FullMatrix, which definitely doesn't need 64-bit indices. Revert this and go back to 'unsigned int' for the local size_type type.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31905 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Documentation: Some more cleanup

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31904 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Documentation: Cleanup, and remove obsolete dot invocation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31903 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust the tests using collect_periodic_faces to the new signature in r31900

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31901 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Changed the signature of collect_periodic_faces to return the result via a reference and not as return value

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31900 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix tangentil jump

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31899 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cleanup append_index call. Do not make the scratch data a member of ConstraintMatrix but make it a static variable that lives for the whole program. This simplifies the calls singificantly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31898 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid cycles in constraint.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31897 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Forgot to update test output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31896 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Better test output to avoid log(0).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31895 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

simplify code

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31894 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix typo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31893 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix test output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31892 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix: Fix typo introduced in 31887

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31891 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

improve documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31887 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid using C++11

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31886 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: The testsuite needs at least cmake version 2.8.9. Clean up some comments

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31885 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix: Export mesh_converter again in the project configuration. The testsuite needs it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31884 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Test one more aspect: resolving large chains of constraints

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31883 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Two more test cases. Use common naming scheme for parallel assembly tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31882 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

run gla tests only if we have petsc and trilinos

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31880 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

scale random entries in test to make tolerance check work. This should fix the test on intel.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31878 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Output error instead of throwing an assertion in order to see the output when it is wrong. Desired output is -inf.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31877 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Instantiate several functions in GridTools for parallel::distributed::Triangulation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31876 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Copy data inside the vector

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31875 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update tooltip

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31874 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Documentation: Prettify tutorial pages

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31873 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove debug output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31872 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a few issues when re-using ScratchData.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31871 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Documentation: Provide tutorial page within doxygen, cleanup

TODO:

 * Reformat the page

 * Automatically generate the list and the group

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31870 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix segmentation fault. Still need to fix wrong resolution of constraints in distribute_local_to_global

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31869 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

improve comments for periodicity stuff

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31868 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use std::vector instead of manually allocating memory

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31863 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Documentation: Fix typos

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31862 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Final cleanup of the build system for the release.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31861 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Bugfix, only run the install stage for the convenience targets if
CMAKE_INSTALL_PREFIX is actually set to something different than /usr/local

The rationale behind this is that in case that CMAKE_INSTALL_PREFIX is not
altered, a user most likely just wants to compile parts of the library
(without installation).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31860 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mention change

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31859 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add an news item

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31858 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Documentation: Bugfix: Avoid a name clash for configured doxygen scripts

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31857 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cleanup: Remove report_features and the old build test facility

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31856 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cmake: Fix a quoting error; silence a warning with cmake-2.8.12

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31854 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Include a suggestion by Denis Davydov.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31853 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a few comments as suggested by Denis Davydov.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31852 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add scratch data field in constraint matrix to avoid frequent re-allocation that can affect parallel performance (memory allocation is not scalable). It is made thread-local and we need to make sure that no function used inside distribute_local_to_global spawns tasks by itself. There is a bool state variable to provide some security against race conditions, even though it is subject to race conditions, too.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31851 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d