Merge pull request #3791 from bangerth/fix-abf

Fix the polynomial degree the ABF element reports about itself.

Merge pull request #3796 from bangerth/make-function-safer

Add a few assertions to FETools::compute_node_matrix().

Merge pull request #3795 from bangerth/indent-arguments

Indent function arguments to align them.

Merge pull request #3794 from bangerth/fix-FE_PolyTensor

Guard access to mutable variables with a mutex.

Merge pull request #3790 from kronbichler/cleanup_step-37

Cleanup step-37

Merge pull request #3766 from kronbichler/improve_vectorized_array

Gather and scatter operations in vectorized array

Add a few assertions to FETools::compute_node_matrix().

Indent function arguments to align them.include/deal.II/fe/fe.h

Add changelog entry.

Guard access to mutable variables with a mutex.

Add test.

Add changelog entry.

Fix the polynomial degree the ABF element reports about itself.

As stated in the original paper (http://www-users.math.umn.edu/~arnold/papers/vecquad.pdf),
section 5, and as also stated in our discussion of the PolynomialsABF element, the
ABF space of order 'r' actually contains polynomials of degree 'r+2'. Report this
accurately.

Without this, the computation of embedding matrices fails in 3d because we integrate
the least squares matrix terms with a quadrature formula of too low order.

Merge pull request #3788 from masterleinad/check_add_indices_sizes

Check that add_indices respects index_space_size

Cleanup step-37 regarding shared_ptr usage.

Disable warning about deprecated functionality.

Add additional access method to the underlying shared ptr

Merge pull request #3786 from Rombur/documentation

Augment documentation for Triangulation.

Check that add_indices respects index_space_size

Augment documentation for Triangulation.

Merge pull request #3785 from tamiko/cuda_fixes_3

CMake: Various fixes for the cuda configuration

CMake: Remove obsolete file

Merge pull request #3763 from elddle/Fix-get_ria_vector

Fix a get_ria_vector for FE_BDM

Merge pull request #3761 from jppelteret/symm_tensor_contract_3

Add contract3() function with SymmetricTensor arguments.

remove forgotten dot

add a changes file

CMake: Make sure the cuda wrapper only uses -std=c++11

CMake: Properly propagate all compiler flags to the cuda wrapper

CMake: Rename all object targets to obj_<foo>_(debug|release)

This change is necessary to please the cuda wrapper nvcc that insists on
exporting the target name as preprocessor definition. Unfortunately, a
period "." is an invalid character and we end up with warnings of the
form

  "missing whitespace after the macro name"

Fix this by renaming all object targets to only contain underscores.

CMake: Avoid bogus preprocessor definitions

The macro CUDA_WARP_SRCS expects the target to have a set of
preprocessor definitions that does not contain an empty element.

CMake: Fix a typo

Merge pull request #3764 from Rombur/shared_ptr

Use shared_ptr to store MatrixFree data in MatrixFreeOperators::Base

Merge pull request #3778 from tamiko/add_a_boost_check

CMake: Define BOOST_NO_CXX11_HDR_UNORDERED_MAP for bundled boost if <gcc-4.8

Merge pull request #3777 from jppelteret/step-18-update_results

Update results for step-18

Update results for step-18

fixes #3757

CMake: Refactor macros and augment comment

CMake: Define BOOST_NO_CXX11_HDR_UNORDERED_MAP for bundled boost if <gcc-4.8

Closes #3624.

Merge pull request #3779 from tamiko/cuda_fixes_1

CMake: let *_cuda targets depend on *.inst targets

Fix get_ria_vector for BDM

Merge pull request #3783 from tjhei/fix_compressed_fe_index_is_active

fix hp fe_index_is_active()

Merge pull request #3780 from drwells/doxygen-link-fixes

Doxygen link fixes

Merge pull request #3781 from drwells/analogous-grammar-fix

Write 'is analogous to', not 'is analogy to'.

Fix some dead UNV links.

fix hp fe_index_is_active()

Write 'is analogous to', not 'is analogy to'.

Documentation update

Change ".." to "\ldots" in tensor and symmetric tensor documentation

Add contract3() function with SymmetricTensor arguments.

fixes #2691

Merge pull request #3776 from tamiko/fix_spaces_testsuite

CMake: Simplify run_test.sh and avoid array handling magic

Fix doxygen formatting of URLs with hyphens.

The script wrapcomments.py was previously allowed to split lines after hyphens
which results in broken links.

CMake: let *_cuda targets depend on *.inst targets

Use shared_ptr to store MatrixFree data in MatrixFreeOperators::Base

CMake: Update DEAL_II_ADD_TEST macro

CMake: Simplify run_test.sh and avoid array handling magic

Merge pull request #3775 from kronbichler/fix_test_1

Fix test output

Fix test output

Merge pull request #3773 from kronbichler/mg_transfer_mf_legendre

Allow for FE_DGQLegendre in MGTransferMatrixFree

Merge pull request #3771 from bangerth/fix-face-domination

Fix face domination between FE_Q and FE_DGQ.

Add changelog entry.

Add test.

Fix face domination between FE_Q and FE_DGQ.

Right now, one got an answer if one asked the FE_DGQ whether or not
it dominates the FE_Q, but not the other way around. Make this symmetric.

While there, also include FE_DGP in the test.

Merge pull request #3770 from kronbichler/introduce_fe_dgq_legendre

Introduce FE_DGQLegendre and FE_DGQHermite

Merge pull request #3772 from bangerth/fix-type-mismatch

Fix missing 'spacedim' template argument.

Merge pull request #3768 from masterleinad/test_fe_mf

Implement function to check for MatrixFree support

Merge pull request #3769 from kronbichler/fix_parallel_vector_comm

Change communication pattern in parallel vector.

Allow for FE_DGQLegendre in MGTransferMatrixFree

List incompatible change

Add another test

Introduce FE_DGQLegendre and FE_DGQHermite

Add changelog entry.

Fix missing 'spacedim' template argument.

Merge pull request #3755 from jppelteret/fix_step-18_rotation_matrix

Fix rotation matrix definition in step-18

Merge pull request #3767 from kronbichler/chebyshev_common_vector_interface

Use common vector interface for Chebyshev smoother

Implement function to check for MatrixFree support

Change communication pattern in parallel vector.

Gather and scatter operations in vectorized array

Update step-18 to use rotation matrix defined in physics module.

Added functions to compute rotation matrices in 2d and 3d.

Use common vector interface for Chebyshev smoother

Merge pull request #3754 from bangerth/fix-abf-polynomials-pointer

Do not use a plain pointer in PolynomialsABF.

Add changelog entry.

Do not use a plain pointer in PolynomialsABF.

These objects are being copied by the FE_Poly* classes, so plain pointers without
dedicated copy constructors and operators are likely going to lead to memory
corruption. It's not clear to me how this ever worked, but it's easy to fix.

Merge pull request #3762 from drwells/make-member-const

Make a member variable const.

Make a member variable const.

This is copied from an input parameter and never changed so it may as
well be marked as const.

Merge pull request #3758 from Rombur/reinit

Do not use deprecated reinit function.

Merge pull request #3760 from masterleinad/fix_filename

Rename misnamed file

Rename misnamed file

Do not use deprecated reinit function.

Merge pull request #3752 from bangerth/fix-abf-in-3d

Fix PolynomialsABF::compute_n_pols() in 3d.

Merge pull request #3749 from jppelteret/fix_tests_01

Redo output for physics/step-44* tests

Merge pull request #3735 from guidokanschat/tangential_laplace

tangential jumps for Laplacian

Merge pull request #3753 from bangerth/make-var-const

Make a member variable 'const'.

be a bit more explicit

Merge pull request #3691 from drwells/constraint-petsc-vector-fast-path

Add a faster code path for PETSc vectors.

Make a member variable 'const'.

We can do so because it is initialized in the constructor.

Add changelog entry.

Bulk write vector values in distribute_local_to_global.

This patch lowers the total number of calls to VecSetValues in
ConstraintMatrix::distribute_local_to_global by writing new vector values to a
temporary array before sending them off to PETSc. There are no notable
performance improvements for the other vector classes (though this certainly
should not hurt).

I used step-40 to check that the performance improved. Here is the (filtered)
output with this patch:

[drwells@archway step-40]$ make run | grep assembly
| assembly                        |         1 |   0.00966s |       8.7% |
| assembly                        |         1 |    0.0122s |       6.4% |
| assembly                        |         1 |    0.0217s |       5.9% |
| assembly                        |         1 |    0.0431s |       5.6% |
| assembly                        |         1 |    0.0848s |       5.6% |
| assembly                        |         1 |     0.173s |       5.6% |
| assembly                        |         1 |     0.351s |       5.5% |
| assembly                        |         1 |     0.729s |       5.5% |

and on master:

[drwells@archway step-40]$ make run | grep assembly
| assembly                        |         1 |   0.00672s |       8.9% |
| assembly                        |         1 |    0.0133s |       7.2% |
| assembly                        |         1 |    0.0258s |       6.9% |
| assembly                        |         1 |    0.0513s |       6.8% |
| assembly                        |         1 |     0.101s |       6.6% |
| assembly                        |         1 |     0.203s |       6.5% |
| assembly                        |         1 |     0.414s |       6.4% |
| assembly                        |         1 |      0.93s |       6.9% |

so it appears that the whole assembly process takes about 10% less time.

Add an 'add' method to the native parallel vectors.

This is necessary for an upcoming patch that uses the method inside
ConstraintMatrix::distribute_local_to_global.

Merge pull request #3750 from masterleinad/matrix_free_comm

Automatically set MPI_Comm in MatrixFree

Automatically set MPI_Comm in MatrixFree

Merge pull request #3740 from davydden/doc/debug_Og

add a note on -Og and -O0 debug flags