Merge pull request #7129 from drwells/step-37-modernization

Step 37 modernization

step-37: Redo the second Dirichlet boundary algorithm.

Doing this with blocks will take a lot more work than the original version
implied, so this example now presents an alternative that constructs a second
MatrixFree object instead.

step-37: minor typesetting and typo fixes.

Merge pull request #7138 from drwells/fix-FESystem-name

Refer to FESystem as such (not FE_System).

Merge pull request #7139 from drwells/add-inhomogeneous-step-37-test

Add a test based on step-37.

Add a test based on step-37.

The discussion of step-37 modernizations lead to the conclusion that each
proposed inhomogeneous boundary enforcement strategy should correspond to a
distinct test. This commit includes a test based on the first such enforcement
strategy.

Update a comment on using FESystem with MatrixFree.

Refer to FESystem as such (not FE_System).

This fixes some doxygen links.

Merge pull request #7137 from bangerth/doc-update-4

Fix a typo.

Fix a typo.

Merge pull request #7136 from tjhei/dox_remove_unused_script

remove unused program2doxyplain script

Merge pull request #7135 from tjhei/dox_step_trail_comment_remove

doxygen: remove trailing // in tutorials

remove unused program2doxyplain script

doxygen: remove trailing // in tutorials

We introduced "//" markers (see for example "shape_grad" lines in
step-8) to force a specific formatting for clang-format. Make sure we
don't output these markers to the tutorial pages.

Merge pull request #7132 from GrahamBenHarper/step16_typofix

Fixes a typo in step-16 results.dox

Fixes a typo in step-16 results.dox

Merge pull request #7102 from marcfehling/extend-doc

Extend doc on 'compute_line_dof_identities' and 'get_active_neighbors'.

Merge pull request #7125 from BenBrands/just_another_ScaLAPACK_test

follow-up to #7044

Extend doc on 'compute_line_dof_identities' and 'get_active_neighbors'.

follow-up to #7044

Merge pull request #7131 from jppelteret/ad-doc_01

Doc fix: Correct all instances of "Adol-C"

Doc fix: Correct all instances of "Adol-C"

Merge pull request #7098 from bangerth/particles

Add missing ParticleAccessor::serialize function

step-37: remove the value_list overload.

This is never used.

step-37: Time the output writing stage.

Merge pull request #7128 from masterleinad/adolc_unused_variable

Avoid warning about unused variable in configure_tapeless_mode

Avoid warning about unused variable in configure_tapeless_mode

Merge pull request #7126 from bangerth/doc-update-3

Improve documentation of RefinementPossibilities.

Improve documentation of RefinementPossibilities.

Merge pull request #7084 from masterleinad/cuda_precondition

CUDAWrappers::PreconditionIC and CUDAWrappers::PreconditionILU

Merge pull request #7100 from Rombur/mmult

Fix bug in mmult for Trilinos matrix

Merge pull request #7107 from drwells/remove-constraint-matrix-references

Remove all references to 'constraint matrix'.

step-37: Use compressed VTU output.

On my desktop this lowers execution time from about 30 seconds to 13 seconds.

step-37: Remove some unused header #includes.

step-37: Convert ConstraintMatrix to AffineConstraints.

Merge pull request #7113 from masterleinad/assert_positive_exponent_pow

Assert non-negative exponents in Utilities::pow

Fix documentation

Add entry in changelog

Add test for mmult using Trilinos matrices in  parallel

Fix a bug when using mmult in parallel for Trilinos matrices

Add requirement for EpetraExt when using Trilinos

Merge pull request #7124 from masterleinad/shared_pointer_partitioner

Fix last remaining instance of passing shared_ptr<Partitioner> by value

Merge pull request #7088 from kronbichler/fix_small_bug_dof_indices

Add assertions in MatrixFree DoFInfo to avoid invalid memory access

Fix last remaining instance of passing shared_ptr<Partitioner> by value

Merge pull request #6975 from jppelteret/ad-helpers_01

AD Helpers: Introduce base class for AD helper classes

Merge pull request #7121 from masterleinad/pass_built_in_by_value

Don't pass built-in types value

AD Helpers: Introduce base class for AD helper classes

Merge pull request #7122 from drwells/remove-unused-array

Remove an unused array.

Avoid const reference to temporary

Don't pass const double by reference

Don't pass const bool by reference

Don't pass const int by reference

Don't pass const unsigned int by reference

Don't pass const long int by reference

Use a VectorType instead of unsigned int in LaplaceOperator::local_diagonal_cell

Merge pull request #7119 from bangerth/ref

Don't use a reference for a 'const unsigned int'.

Remove an unused array.

dof_locations is later redefined as a reference to the face quadrature points.

Merge pull request #7118 from jppelteret/ad-drivers_02

Enhancements to AD drivers header

Don't use a reference for a 'const unsigned int'.

Enhancements to AD drivers header

- Spelling / grammar corrections
- Move special numbers into their own namespace
- Rename some functions
- Reorder some function arguments

Merge pull request #7115 from davydden/fix/fe_enriched_coverty

fix uninitialized variable in FE_Enriched Helper class

Merge pull request #7114 from dkumorAtGitHub/bugfix_issue_#7101

Fixed bug in member function AffineConstraints<number>::add_entries

Use Assert instead, lower the standard required and add comments

Remove all references to 'constraint matrix'.

Fixed compiling error due to misapplication of variable names and types

Former ConstraintLine pointer (line_ptr) is now a ConstraintLine reference (line)

replace num_colors by n_colors

Added carriage return at the end of changelog file

fix uninitialized variable in FE_Enriched Helper class

Corrected spelling error in changelog file

Corrected push_back-command argument and added a changelog file

Fixed bug in member function AffineConstraints<number>::add_entries

Although it is stated in the code comments that already existing entries
are skipped they are added nevertheless and thus lead to duplicates in
the constraint matrix. This bug was fixed by introducing a bool variable
indicating the currently treated column-value-pair to be added or not.

Assert positive exponents in Utilities::pow

Merge pull request #7108 from drwells/remove-erf-include

Remove some unused boost erf includes.

Merge pull request #7110 from bangerth/ex-10-11

Avoid loop increment operations with side effects.

Merge pull request #7112 from bangerth/avoid-assertion

Simplify two functions.

Merge pull request #7111 from drwells/remove-fe-interpolate-reference

Remove a reference to FiniteElement::interpolate().

Simplify two functions.

These functions threw an exception in 1d, but this is not
the right place to check that condition: the assertion is currently
thrown because some other class does not implement a function. In
particular, this is about TriaAccessor<0,1>::operator++(), but that
already has the correct assertion that, if ever lifted, would
make the place that currently *also* checks the condition work
automatically.

Remove a reference to FiniteElement::interpolate().

This function was removed in 2fe0c3c7a7f.

Avoid loop increment operations with side effects.

Just because it can be done does not mean that it *should* be done.

Merge pull request #7104 from masterleinad/const_correctness_vol

Const-correctness in lac/vector_operations_internal.h

Remove some unused boost erf includes.

Merge pull request #7106 from masterleinad/replace_math_std

Don't use math functions not preceded with std::

Merge pull request #7105 from masterleinad/deltete_wrong_configuration

Delete wrong configuration test for fe_enriched_color_07

Don't use math functions not preceded with std::

Delete wrong configuration test for fe_enriched_color_07

Const-correctness in lac/vector_operations_internal.h

Merge pull request #7067 from Rombur/new_cuda_mpi

CUDA support for LA::d:Vector

Merge pull request #7075 from masterleinad/fix_remaining_iterative_solvers_cuda

Fix using the remaining iterative solvers with CUDAWrappers::Vector

Changelog entry

SolverFGMRES, SolverBiCGStab, SolverRichardson, SolverRelaxation

SolverQMRS

SolverMinRes

SolverFIRE

Implement CUDAWrappers::Vector::norm_sqr

Add changelog entry

Add tests

Add support for CUDA memory space in LA::distributed::Vector

Add support for CUDA memory space to LinearAlgebra::distributed::Vector by
adding a new template parameter with a default value of Host.

Merge pull request #7089 from drwells/add-Table-iterators

Add table iterators

Add a changelog entry.

Add a test.