Use a smarter algorithm for inserting a list of sorted elements into a CompressedSimpleSP.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18547 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Unglorious management of configure --help script - no new functionality

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18546 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Include one more file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18545 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add sparsity patterns to is_block_matrix type.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18544 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a couple more explicit specializations that shouldn't be here.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18543 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove two erroneous explicit specializations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18541 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18540 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Always insert something into the diagonal with distribute_local_to_global. Use BLAS function GEMM for mmult if matrix is sufficiently big (> 25 cols).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18539 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed a compile bug caused by bad boolean logic error

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18538 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Upgraded: PETSc vector to migrate to PETSc 3.0.0

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18537 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Upgraded: PETSc precondition to migrate to PETSc 3.0.0

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18536 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Upgraded: PETSc matrix base to migrate to PETSc 3.0.0

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18535 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Upgraded: PETSc vector base to migrate to PETSc 3.0.0

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18534 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Upgraded: PETSc sparse matrix to migrate to PETSc 3.0.0

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18533 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Upgraded: PETSc parallel sparse matrix to migrate to PETSc 3.0.0

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18532 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Upgraded: PETSc solvers to migrate to PETSc 3.0.0

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18531 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Upgraded: Configure script to migrate to PETSc 3.0.0

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18530 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use a smarter way to specialize the local_to_global functions for standard (non-block) and block matrices.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18528 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Store output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18526 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18525 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change the name of a member function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18524 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a class that allows to find out whether a template argument is a block matrix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18523 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a class internal::bool2type

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18522 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Unify spelling.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18521 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove unnecessary code.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18519 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove output file that has apparently been checked in in error.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18517 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a few stray semicolons that we don't usually have in our code
any more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18516 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Teach even block sparsity patterns to accept the sorted argument (even though we do not call any function with that right now.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18515 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Forgot to include some PETSc files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18514 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Output changed since sparsity pattern indices are now added in a sorted way.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18513 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the local_to_global functions in the ConstraintMatrix even more efficient by pre-sorting all the rows and columns that are going to be written into the sparsity pattern / sparse matrix. This makes the values added for each element really unique, which is faster. Moreover, the matrix and sparsity pattern classes can now take an additional argument sorted when adding many elements, and some of them already make use of the sorted-ness. For block matrices, the sortedness is used in an even more clever way by writing directly into the blocks (even though I had to introduce a lot of duplicate code to be in line with the templates).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18512 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Modified step-34 to implement exclusively the collocation boundary element
method.
This is done now through the QGaussLog and QGaussOneOverR classes that were
previously added to the library.
Extended a little the comments, but there is still a lot of documentation to do.
The solution is the correct one (phi(x) = x).
TODO: Add convergence table for both the potential and the velocity.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18503 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Comment out unused variable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18502 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Comment out unused variable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18501 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove qualifier since it is ignored anyway.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18500 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove qualifier since it is ignored anyway.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18499 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18498 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added test for QGaussOneOverR

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18495 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added QGaussOneOverR to integrate 1/R singularities
on the vertices of reference element.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18494 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed a problem with Trilinos sparse matrix and vector in distribute_local_to_global.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18493 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Properly indent one line.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18492 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make VectorReference a bit faster.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18491 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the code a bit easier to read.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18490 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

I changed too much in my previous update of the Cuthill_McKee algorithm.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18489 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Final update of local_to_global functions in ConstraintMatrix, making the sparsity pattern creation even faster. One possibly could improve things further by pre-ordering the indices to be added, if our other functions were smart enough to handle that. Right now, that doesn't really help, and all I get from ordering is some additional overhead.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18488 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simultaneous addition with CSetSP can easily be improved.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18487 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the local_to_global functions in the ConstraintMatrix class a bit smarter (could still do better,though). Use CSimpleSP in Cuthill_McKee DoFRenumbering instead of CompressedSparsityPattern.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18486 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a few things.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18485 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added better comments to step-34, created interpolate function. It seems to work in 2d. Not completely tested in 3d yet. It does not yet work for higher order approximations. Only for dgp(0).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18484 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

check in untested automatic vector memory pointer

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18482 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added QGaussLogR class

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18481 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added test for QGaussLogR in codim_one

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18480 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change the tolerances for when considering a cell a translation of the previous one in the CellSimilarity concept. The old tolerance was not really achievable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18479 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Properly escape commands.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18477 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do not use \emph but <i>...</i>.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18476 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add functions interpolate_boundary_values and project_boundary_values for a ConstraintMatrix argument by using inhomogeneous constraints instead of std::map<unsigned int,double>. There is a lot of duplicated code in vectors.templates.h right now, need to fix that later.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18474 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed a problem with a system of FE_RT when using CellSimilarity. Changed the calling of CellSimilarity slightly. Now all the regression tests pass (except rounding differences).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18473 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more thing needed to be done in order to make that work.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18472 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move some tests that only involve a ConstraintMatrix but not any dimension-dependent code into lac. Tidy up in two other functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18471 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added step-34 to the tutorial list

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18470 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A few updates of the CellSimilarity concept.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18469 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use the new CellSimilarity capability of FEValues in order to speed up assembly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18468 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improved some details in CellSimilarity concept.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18467 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Can distribute matrix and vector at once in Stokes assembly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18465 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the FEValues::reinit functions (much) more efficient in case we repeatedly work on the same cell - in such a case, the derivatives will not change and need to be regenerated. Introduce a new enum CellSimilarity for doing that and pass it down to the respective functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18464 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug in the swap_row/swap_col functions of FullMatrix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18463 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set the tolerances for the Newton iteration at run time in a way that they are not optimized away by the compiler. This makes sure that emulating long doubles as doubles as done e.g. by valgrind does not lead to problems.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18462 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Turn some dynamic_cast operations into static_cast (while still asserting the correctness of the cast at run-time). This improves performance of the reinit methods that are called very often.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18457 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

I introduced an error in the copy_from function that appeared only when running with MPI. This is now fixed again.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18456 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Things changed in the Trilinos class. To make the test pass, need to copy the matrix at the first place, not just reinit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18454 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix two issues with copy operation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18453 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix compiler warning.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18452 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add another output with gcc-4.3

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18451 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also update all the tests that use the ConstraintMatrix to the new file name.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18450 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-introduce the old file with a reference to the new one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18449 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move the ConstraintMatrix class to the lac subdirectory (that's where it belongs to, since it is completely algebraic). Adapt all code that depends on it. Reintroduce a dummy for keeping the inclusion via dofs/dof_constraints.h in one minute.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18448 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Introduce collective add_entries() functions to sparsity patterns.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18447 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Unify upper/lower case in headings.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18445 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Ameliorated parameter selection, and assembly of the system matrix. Now it is slightly more readable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18444 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Enanced comments for step-34, rewrote assembly routine, added external parameter file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18443 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18442 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't need to list things twice.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18441 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Victor Prosolin: Add support for units in the FunctionParser class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18440 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Write out some better information in case of error.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18439 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change a few things in the Trilinos wrapper classes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18438 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Need to use only one dummy vector.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18436 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Regenerate.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18434 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Skip test for -rdynamic on Mac OS X.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18433 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18432 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the Epetra objects in the TrilinosWrapper classes private. We can still handle the situation with the help of some access functions. Hopefully, I didn't forget to set any plain usage of the Trilinos objects...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18430 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Name the capability of handling inhomogeneous constraints on the new page.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18428 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Forgot to set the deallog output to 0.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18427 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix one index in distribute_local_to_global_function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18426 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a final test for inhomogeneous constraints.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18425 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add another test for inhomogeneous constraints.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18424 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Need to update the Makefile.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18423 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a test for inhomogeneous constraints. This tests the symmetric case. Still need to write a test for non-symmetric matrices.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18422 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed some more issues with inhomogeneous constraints.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18421 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Leave a TODO.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18420 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do more instantiations automatically.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18419 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d