Merge pull request #6615 from masterleinad/set_default_mpi

Make sure to set default values for MPI_VERSION_*

Make sure to set default values for MPI_VERSION_*

Merge pull request #6613 from tamiko/rename_scripts

Contrib: rename download_codecov_bash.sh to download_codecov

Contrib: Rename download_codecov_bash.sh to download_codecov

add an entry to .gitignore

Merge pull request #6582 from drwells/remove-boundary

Remove all remaining usages of Boundary.

Merge pull request #6606 from bangerth/doc-update-5

Predefine the MPI and P4EST versions for doxygen.

Predefine the MPI and P4EST versions for doxygen.

Merge pull request #6598 from bangerth/indent

Make some formatting more consistent.

Merge pull request #6604 from bangerth/doc-update-3

Use appropriate latex packages for doxygen formulas.

Merge pull request #6603 from bangerth/doc-update-2

Fix wrong doxygen markup.

Use appropriate latex packages for doxygen formulas.

Fix wrong doxygen markup.

Merge pull request #6585 from davydden/feature/accessor_global_index

add Accessor::global_index()

Merge pull request #6596 from bangerth/minor-cleanup

Avoid using std::make_pair and just use a brace-enclosed list.

Make some formatting more consistent.

test Accessor::global_index()

Avoid using std::make_pair and just use a brace-enclosed list.

update documentation

Merge pull request #6472 from marcfehling/handles

Triangulation manages offsets. Data attaching classes take handles.

Merge pull request #6590 from davydden/bugfix/quicktest_scalapack

quick-test: do not use lapack/create_matrix.h in scalapack test

quick-test: do not use lapack/create_matrix.h in scalapack test

Merge pull request #6578 from masterleinad/fix_cuda_solver_02

Fix CUDA test cuda/solver_02

Remove an obsolete test.

The purpose of this test was to check the old 'use boundary_ids as manifold_ids'
code path: if the Boundary classes are completely removed then this test is
nearly identical to extract_boundary_mesh_11 and extract_boundary_mesh_12, so it
can be removed.

Convert '%Boundary' to 'Boundary'.

Since this class is gone we no longer need to escape it when generating
documentation.

Remove all remaining usages of the Boundary class.

Requiescat in pace

March 4, 1998 (commit 8: 184639502b4) - May 12, 2018 (41,058 commits and
counting).

Manifold has not gone too far from that original design: in the beginning we had
the in_between function:

template <int dim>
class Boundary {
  public:
     /**
      *  Typedef an array of the needed number
      *  of old points.
      */
    typedef const Point<dim>* PointArray[1<<(dim-1)];

     /**
      *  This function calculates the position
      *  of the new vertex.
      */
    virtual Point<dim> in_between (const PointArray &neighbors) const = 0;
};

/**
    Specialisation of \Ref{Boundary}<dim>, which places the new point right
    into the middle of the given points. The middle is defined as the
    arithmetic mean of the points.
    */
template <int dim>
class StraightBoundary : public Boundary<dim> {
  public:
     /**
      *  This function calculates the position
      *  of the new vertex.
      */
    virtual Point<dim> in_between (const PointArray &neighbors) const {
      Point<dim> p;
      for (int i=0; i<(1<<(dim-1)); ++i)
p += *neighbors[i];
      p /= (1<<(dim-1))*1.0;
      return p;
    };
};

which is essentially Manifold::get_intermediate_point without the weight.

Merge pull request #6587 from tamiko/fix_gitattributes

Fix .gitattributes

Fix .gitattributes

add Accessor::global_index()

Merge pull request #6584 from masterleinad/remove_deprecated_header

Remove deprecated header files and typedefs

Remove deprecated header file

Fix CUDA test

Merge pull request #6567 from luca-heltai/fix-tutorial-doxygen-generation

Make sure program2doxygen does not change code blocks

Merge pull request #6577 from kronbichler/fix_matrix_vector_faces_05

Disable a test of a functionality that is currently experimental

Merge pull request #6576 from masterleinad/fix_docu_htl

Fix reference to FETools::hierarchic_to_lexicographic_numbering

Disable a test of a functionality that is currently experimental.

Fix reference to FETools::hierarchic_to_lexicographic_numbering

Fixed perl regex.

Merge pull request #6574 from drwells/update-porting

Update the porting document.

Update the porting document.

Merge pull request #6573 from drwells/update-navbar

Update some navbar links.

Update some navbar links.

Fixed WB comment. Removed temporaryly the random new style.

Merge pull request #6566 from bangerth/semicolon

semicolon

Added div around inlined code.

Merge pull request #6568 from tamiko/make_aspect_happy

CMake: Do not set -Wsuggest-override in the project configuration

Merge pull request #6569 from luca-heltai/doc-fixes

Doc fixes

Don't use tables in results.dox (copied from step 18)

CMake: Do not set -Wsuggest-override in the project configuration

Make sure program2doxygen does not change code blocks

semicolon

Fixed some issues with step-60 doc.

Merge pull request #6564 from jppelteret/doc_fix_03

Small doc fixes to the AD module

Small doc fixes to the AD module

Merge pull request #6550 from bangerth/array

Simplify a function that returns an array.

Merge pull request #6562 from masterleinad/avoid_std_bind1st

Avoid using std::bind1st in FE_Nedelec_SZ

Merge pull request #6542 from jppelteret/ad-documentation

Add documentation for AD module

Aboid using std::bind1st in FE_Nedelec_SZ

Merge pull request #6559 from masterleinad/fix_override

 Make sure to use override where appropriate

Add compiler flag -Wsuggest-override

Use override in the bundled boost where possible

Make sure to use override where appropriate

Fix DA's comments

Merge pull request #6556 from masterleinad/fix_nedelec_sz_non_rect_2d

Fix fe/fe_nedelec_sz_non_rect_2d

Merge pull request #6554 from bangerth/patch-1

Obtain the correct size for an output vector from the source, rather than from an output array.

Fix FE_Nedelec_SZ

Fix DD's comments; other documentation improvements

Merge pull request #6553 from kronbichler/improve_gmres_eigenvalues

Improve test lac/gmres_eigenvalues

Fix fe/fe_nedelec_sz_non_rect_2d

Double-brace an initializer list, as required by some compilers.

Merge pull request #6555 from jppelteret/doc-step-18

Fix results image table for step 18

Correct whitespace in doxygen code section

Reformat table of images in step-18 results section

Add CSS environment for three column layout

Merge pull request #2240 from rosskynch/NedelecSZ

New Nedelec finite element: FE_NedelecSZ

Obtain the correct size for an output vector from the source, rather than from an output array.

Merge pull request #6546 from masterleinad/fix_mpi_tag

Use MPI_TAGs that are guaranteed to be valid

Merge pull request #6529 from bangerth/patch-5

Utilize the C++11 constructors of std::[io]stream taking a std::string.

Merge pull request #6530 from bangerth/patch-4

Do not convert a std::string to char* just to convert it back.

Merge pull request #6526 from bangerth/patch-7

Simplify a resize statement.

Merge pull request #6527 from bangerth/patch-8

Align function arguments as we usually do.

Merge pull request #6528 from bangerth/patch-3

Use the appropriate type to state a zero.

Improve test lac/gmres_eigenvalues.

Add a changelog entry.

Simplify a function that returns an array.

Previously, it used a reference to an array as an output argument. Now, we can just
return a std::array<...,dim>.

Merge pull request #6531 from bangerth/patch-2

Use the appropriate type to state a constant.

Merge pull request #6545 from bangerth/doc-update

Leave a note in the documentation of class ArrayView.

Merge pull request #6544 from bangerth/doc-update-81

Further clarify readme.html

Merge pull request #6543 from bangerth/doc-update-80

Update the Gmsh entry in readme.html.

Merge pull request #6537 from drwells/attach-torus-manifold

Attach a TorusManifold to a Torus.

Merge pull request #6539 from tjhei/doxygen_add_bdm_to_fe

add FE_BDM to doxygen FE group

Leave a note in the documentation of class ArrayView.

Use MPI_TAGs that are guaranteed to be valid

Clarify some text.

Remove a repetitive piece of text that doesn't add information.

Update the Gmsh entry in readme.html.

Merge pull request #6541 from davydden/doc/gmsh_info

doc: say what we need from Gmsh

Triangulation now manages offsets. Data attaching classes now take handles from the triangulation to find offset and pack_callback.

Add documentation for AD module

Fixes #6172

doc: say what we need from Gmsh