Fix compiling with THREADS=ON

Merge pull request #7235 from bangerth/mutex-3

Replace uses of Threads::Mutex::ScopedLock by std::lock_guard.

Merge pull request #7236 from bangerth/mutex-4

Use std::mutex functions instead of the names in Threads::Mutex.

Merge pull request #7242 from masterleinad/fix_python_warning

Fix compiler warning in python-wrappers

Merge pull request #7243 from masterleinad/fix_more_copyrights

Fix more copyrights

Fix more copyrights

Fix compiler warning in python-wrappers

Merge pull request #7241 from bangerth/copyright

Add copyright header on a bunch of files that are currently missing one.

Add copyright header on a bunch of files that are currently missing one.

Merge pull request #7238 from bangerth/mutex-6

Deprecate Threads::ConditionVariable.

Add a changelog entry.

Deprecate the Threads::Mutex::acquire/release functions.

Add a changelog entry.

Merge pull request #7237 from bangerth/mutex-5

Update documentation of Threads::Mutex.

Deprecate Threads::ConditionVariable.

Update documentation of Threads::Mutex.

Use std::mutex functions instead of the names in Threads::Mutex.

Deprecate the ScopedLock class.

Replace uses of Threads::Mutex::ScopedLock by std::lock_guard.

Merge pull request #7220 from kronbichler/fix_mf_vector_zero

Fix zeroing of vector in MatrixFree::loop

Merge pull request #7232 from bangerth/mutex-2

Make derivation of Threads::Mutex from std::mutex more obvious.

Merge pull request #7233 from bangerth/hp

Cleanups in some hp::DoFHandler functions.

Merge pull request #7219 from davydden/feature/parameter_handler_skip

add a flag to ParameterHandler to skip undefined fields and subsections

Cleanups in some hp::DoFHandler functions.

Make derivation of Threads::Mutex from std::mutex more obvious.

Merge pull request #7229 from masterleinad/restrict_function_parser_tests

Restrict tests requiring FunctionParser

Merge pull request #7231 from tamiko/add_trilinos_linker_flags

CMake: Also populate TRILINOS_LINKER_FLAGS

CMake: Also populate TRILINOS_LINKER_FLAGS

In case we pick up a trilinos installation where
  Trilinos_EXTRA_LD_FLAGS
we have to make sure to include these flags on our final link line as
well.

Closes #7226

Restrict tests requiring FunctionParser

Merge pull request #7227 from masterleinad/restrict_fp_get_expr

Make FunctionParser::expressions available without muparser support

Make FunctionParser::expressions available without muparser support

Merge pull request #7224 from masterleinad/fix_some_warnings_in_tests

Avoid warnings in a few tests

switch to an additional parameter in parse_input()

Merge pull request #7223 from bangerth/step-7

Remove a reference to GCC 3.4.

make test more difficult

Avoid warnings in a few tests

Merge pull request #7221 from luzpaz/misc-typos

Misc. typos

Remove a reference to GCC 3.4.

Also just editorial changes.

Misc. typos

Found via `codespell -q 3 -I ../dealii-word-whitelist.txt --skip="./bundled"` where whitelist consists of:
```
als
ans
buss
commend
ith
elemente
everytime
mapp
methode
nd
numer
perverse
pres
reenable
strat
substract
superceded
ue
uint
```

Merge pull request #7185 from bangerth/assert

Fix renumbering in parallel for hp.

add a flag to ParameterHandler to skip undefined fields and subsections

Merge pull request #7182 from davydden/line_minimization

Line minimization

Merge pull request #7206 from tamiko/fix_petsc_3.9

PETscWrappers: Bugfix: use MAT_INPLACE_MATRIX instead of MAT_REUSE_MATRIX

Changelog.

Fix zeroing vector without any non-constrained dofs.

Merge pull request #7217 from jppelteret/codim_1-read_abaqus

Fix GridIn::read_abaqus() for codimension 1 case.

Merge pull request #7218 from jppelteret/fix_7211

Fix undefined reference to some ADNumberTraits static variables.

Fix undefined reference to some ADNumberTraits static variables.

Fixes #7211

Merge pull request #7215 from davydden/feature/pattern_function_parser

extend Patterns::Tools::Convert to understand ComponentMask and Funct…

Fix GridIn::read_abaqus() for codimension 1 case.

Merge pull request #6781 from tamiko/update-step-7

example/step-7: Update indenting and modernize

make apple-clang happy

add changelog

extend Patterns::Tools::Convert to understand ComponentMask and FunctionParser

step-7: Use const auto &cell instead of const auto cell

step-7: update text

step-7: address comments

step-7: Use AffineConstraints instead of ConstraintMatrix

step-7: Simplify array type and use range-based for loops

step-7: Use foreach loop and make a code snippet more readable

step-7: make bilinear forms more readable

step-7: Use std::array instead of C-style array

Merge pull request #7199 from masterleinad/implement_solver_selector_constructor

Implement SolverSelector constructor mentioned in the documentation

add a test

PETscWrappers: Bugfix: use MAT_INPLACE_MATRIX instead of MAT_REUSE_MATRIX

This fixes a bug with the transpose() function when used with PETSc 3.9
or newer.

Merge pull request #7213 from masterleinad/cuda_wrappers_mf_64bit

Make CUDAWrappers::MatrixFree compile with 64-bit indices

Make CUDAWrappers::MatrixFree compile with 64-bit indices

Merge pull request #7210 from bangerth/xml

Do not let doxygen generate XML format.

Do not let doxygen generate XML format.

Merge pull request #7209 from jppelteret/doc_st_01

Improve in-code documentation of SymmetricTensor<2,3> inverse.

Fix typo

Improve in-code documentation of SymmetricTensor<2,3> inverse.

Add code examples for line search.

Further clean up documentation for line minimization algorithms.

Clean up documentation for line minimization algorithms.

Merge pull request #7207 from masterleinad/disable_gcc_0g

Disable '-Og' for gcc

Merge pull request #7208 from masterleinad/fix_petsc_complex_tests

Fix a petsc_complex test

Merge pull request #7203 from finkandreas/master

Fix PETSc version detection

Fix a petsc_complex test

Disable '-Og' for gcc

*fix* petsc version 3.10 works now too (minor version was found by the regexp as "0" and not "10")

Change some variable names to better reflect their purpose.

Merge pull request #7205 from JonMatthewsFCAS/step-42-typo

Fixed Typo in Step-42 documentation

Merge pull request #7202 from tjhei/trilinos_vec_import_rwv

Add TrilinosWrappers::MPI::Vector::import(ReadWriteVector)

Update step-42.cc

Add initial version of test for linesearch in FE problem (step-44)

Increase debug output for line search

add line minimization functions

Merge pull request #7201 from tjhei/install_summary_log

install summary.log

also install detailed.log

Merge pull request #7200 from tjhei/instantiate_formatting

Instantiate formatting

Merge pull request #7198 from masterleinad/restrict_n_array_elements_instantiations

Only declare VectorizedArray::n_array_elements externally if vectorization is enabled

Add TrilinosWrappers::MPI::Vector::import(ReadWriteVector)

install summary.log

This is extremely useful to debug installation problems because one can
easily check the version and status of dependencies of an installation
instead of digging into the config.h

fix formatting of instatantiate calls

Implement SolverSelector constructor mentioned in the documentation

Only instantiate VectorizedArrAy::n_array_elements for vectorization enabled

Merge pull request #7197 from tjhei/fix_warnings_in_tests

fix warnings in tests

Merge pull request #7196 from drwells/add-more-initlog

Convert a lot of tests to use initlog().

fix warnings in tests