CMake: add_test(): remove compilation interrupt guard

CMake: add_test(): allow concurrent runs of tests with shared targets

In order to make this possible we define an *additional* test (and test
target) that depends on the executable target and ensures that the
target is in place before it is called concurrently.

CMake: add_test(): refactor, add comments, fix error message

CMake: add_test(): refactor shared target boolean

Merge pull request #14602 from luca-heltai/petsc-petscmat-to-dealiimat

PETScWrappers:BlockSparseMatrix: constructor from PETSc Mat

Merge pull request #14709 from drwells/misc-reference-cell

Miscellaneous improvements to ReferenceCell

Merge pull request #14723 from tamiko/silence_configure_warnings

CMake: silence the CMAKE_CXX_EXTENSIONS warning when including Kokkos

Merge pull request #14724 from tamiko/silence_configure_warnings_2

CMake: Silence a warning about HDF5_ROOT containing NOTFOUND

Merge pull request #14718 from masterleinad/fix_get_position_vector_test

Add explicit instantiations for VectorTools::get_position_vector overload

Merge pull request #14725 from tamiko/fix_bundled_boost_warning

Boost: apply an upstream patch to silence -Wnonnull warnings

Boost: apply an upstream patch to silence -Wnonnull warnings

This commit applies boost upstream patch:

  From affc79e04514b4cc4177967ced85f7674f3a6642 Mon Sep 17 00:00:00 2001
  From: "Romain Geissler @ Amadeus" <...>
  Date: Thu, 4 Mar 2021 03:23:14 +0100
  Subject: [PATCH] Ignore -Wnonnull new gcc 11 warnings. (#28)

CMake: Silence a warning about HDF5_ROOT containing NOTFOUND

The FindHDF5.cmake package might set HDF5_DIR to "HDF5_DIR-NOTFOUND"
(even though it finds and configures an HDF5 installation without a
problem). This isn't terribly elegant, but us setting HDF5_ROOT to that
variable triggers a bogus warning.

Thus filter the invalid name.

CMake: silence the CMAKE_CXX_EXTENSIONS warning when including Kokkos

The CMAKE_CXX_EXTENSIONS variable controls whether CMake sets the
"CXX_EXTENSIONS" property for a target. If this property is set then
CMake ensures that gnu extensions are enabled by default by using
corresponding -std=gnu1X flags instead of -std=cxx1X flags.

Kokkos forcefully disables this variable as soon as FindKOKKOS.cmake is
included with a prominent warning. Thus simply set the variable prior to
including FindKOKKOS.cmake.

On a sidenote - Kokkos' workaround here is not really effective: We
currently do not use the CXX_STANDARD target property but set the
language standard by hand. Thus, the variable is simply ignored.

Also, even if a project happens to use the CMAKE_CXX_STANDARD variable,
this generally doesn't work as the project that includes
FindKOKKOS.cmake can simply override the variable later.

Merge pull request #14720 from drwells/fix-suitesparse-type

SparseDirectUMFPACK: Use the correct type alias.

Merge pull request #14714 from masterleinad/kokkos_initialization_thread-safe

Make ensure_kokkos_initialized thread-safe

SparseDirectUMFPACK: Use the correct type alias.

Merge pull request #14715 from luca-heltai/stefanozampini/cmake-slepc

Configure: enhance discovery of SLEPc

Add explicit instantiations for VectorTools::get_position_vector overload

Configure: allow discovery of SLEPc when PETSc has been configure with --download-slepc

Make ensure_kokkos_initialized thread-safe

Merge pull request #14628 from masterleinad/move_cuda_tests

Merge pull request #14601 from luca-heltai/petsc-mpi-comm-in-vectors

Align PETSc mpi comm with comm of PETSc Vec type, and expose VecNest type

Merge pull request #14712 from peterrum/test_mg_k1

Merge pull request #14710 from drwells/reference-cell-consolidate-tables

ReferenceCell: consolidate some tables.

Global-coarsening MG: test linear elements

Merge pull request #14708 from marcfehling/cellweights

Added default constructor for CellWeights.

ReferenceCell: split a string.

ReferenceCell: use more switch statements.

ReferenceCell: use std::numeric_limits.

ReferenceCell: Introduce an alias for std::equal().

This makes this a lot easier to read.

ReferenceCell: consolidate some tables.

ReferenceCell: Use unsigned chars for orientation.

Triangulation: Use lines_per_face for indexing.

It's more descriptive as this array is only used in 3D.

Merge pull request #14361 from jh66637/is_neighbor

Fix sundials test

Add missing compress in tests

Remove usage of VecGetValues

It fails with the newest versions of PETSc if the vector is not assembled

PETScWrappers: add a couple of missing reinits

remove NULL

PETScWrappers::MPI::BlockVector Add missing conversion operator for const

Make the documentation clear about what the assign function does.

Moved initialization of petsc_nest_vector into ctrs.

Apply suggestions from code review. Documentation part.

Co-authored-by: David Wells <drwells@email.unc.edu>

ChangeLog.

PETScWrappers: improve BlockVector class

remove the virtual method get_mpi_communicator,
and always return the communicator of the PETSc object

Merge pull request #14706 from drwells/remove-ReferenceCell-namespace

Remove reference cell namespace

Merge pull request #14707 from marcfehling/poisseuille

Minor changes to PoisseuilleFlow.

Added default constructor for CellWeights.

Minor changes to PoisseuilleFlow.

dealii::ReferenceCells -> ReferenceCells

Remove the internal::ReferenceCell namespace.

This namespace is annoying since it has the same name as a class (and therefore
takes precedence in lookup inside internal namespaces)

Merge pull request #14705 from masterleinad/fix_race_kokkos_initialize

Fix race condition in implicit Kokkos initialization

Fix race condition in implicit Kokkos initialization

Merge pull request #14703 from tamiko/fix_race_condition

Test: sundials/n_vector: fix race condition

Merge pull request #14700 from drwells/fix-static-assert-messages

Improve two static_assert()s.

Merge pull request #14699 from tamiko/add_missing_includes_2

include/deal.II/optimization/line_minimization.h add missing include

Improve two static_assert()s.

Merge pull request #14698 from bangerth/explicit

Declare the existence of explicit instantiations.

include/deal.II/optimization/line_minimization.h add missing include

Add BBox::has_overlap_with() and fix NeighborType for 1D overlapping BBoxes

Merge pull request #14697 from bangerth/doc-89

Add a comment for a recent patch.

Merge pull request #14683 from luca-heltai/stefanozampini/petsc-usematseqaij

PETScWrappers::MPI::SparseMatrix: use SEQAIJ with one process

Merge pull request #14684 from luca-heltai/stefanozampini/petsc-zerorowscolumns

PETScWrappers::MatrixBase implement clear_rows_columns

Merge pull request #14696 from tamiko/add_missing_includes

Tests: optimization/* add missing includes

Declare the existence of explicit instantiations.

Add a comment for a recent patch.

Merge pull request #14694 from drwells/n-face-orientations-2

Use ReferenceCell::n_face_orientations() in a few more places.

Tests: optimization/* add missing include

Some of the optimization tests use a std::function object but forget to
include the header. These tests work with older versions of libstdc++
due to some transitive include but fail for current versions:

/home/testsuite/workspace/regression_tests/dealii/include/deal.II/optimization/line_minimization.h:323:16: error: 'function' in namespace 'std' does not name a template type
  323 |     const std::function<std::pair<NumberType, NumberType>(const NumberType x)>
      |                ^~~~~~~~
/home/testsuite/workspace/regression_tests/dealii/include/deal.II/optimization/line_minimization.h:30:1: note: 'std::function' is defined in header '<functional>'; did you forget to '#include <functional>'?
   29 | #include <fstream>
  +++ |+#include <functional>
   30 | #include <limits>

Merge pull request #14688 from vyushut/keywords

Update doc/doxygen/tutorial/tutorial.h.in

Co-authored-by: Timo Heister <timo.heister@gmail.com>

Merge pull request #14690 from tamiko/always_run_quicktests

Use ReferenceCell::n_face_orientations() in a few more places.

Merge pull request #14677 from luca-heltai/stefanozampini/petsckokkos

Configure: support KOKKOS when found with PETSc

Merge pull request #14687 from drwells/n-lines-warning

Re-implement a compiler warning workaround

Remove outdated comments

Add comments

Testsuite: run quick tests during build test

Apply suggestions from code review

Co-authored-by: Wolfgang Bangerth <bangerth@colostate.edu>

Update source/lac/petsc_matrix_base.cc

Co-authored-by: Wolfgang Bangerth <bangerth@colostate.edu>

Merge pull request #14681 from nlsmrg/replace-ucd-to-deal

Merge pull request #14689 from tamiko/add_tester_ng

CMake: Promote "tester-ng" to official regression tester

CMake: Promote "tester-ng" to official regression tester

Merge pull request #14682 from luca-heltai/stefanozampini/petsc-mpivectorbase

PETScWrappers::MPI::Vector use VectorBase contructor from Vec

Merge pull request #14679 from bangerth/vtu-cleanup

Minor cleanup in the VTU writer.

step-59, step-64, step85 keywords added

Re-implement a compiler warning workaround

Minor cleanup in the VTU writer.

Merge pull request #14680 from drwells/reference-cell-cases

Use switch statements in ReferenceCell

PETScWrappers::MatrixBase implement clear_rows_columns

PETScWrappers::MPI::SparseMatrix: use SEQAIJ with one process

PETScWrappers::MPI::Vector use VectorBase contructor from Vec

Update include/deal.II/lac/petsc_matrix_base.h

Co-authored-by: Wolfgang Bangerth <bangerth@colostate.edu>

Replace ucd_to_deal with a local vertex numbering in grid_reordering.cc

Replace ucd_to_deal with a local vertex numbering in Triangulation

Merge pull request #14652 from masterleinad/workflow_tidy

Run clang-tidy in GitHub CI

Merge pull request #14678 from luca-heltai/stefanozampini/petsc-init-finalize

do not finalize PETSc/SLEPc if not initalized from deal.II

Use switch statements in ReferenceCell.

Patches like ebd03d41278 indicate that there's a measurable performance
advantage to not using a sequence of if statements.

ReferenceCell: convert to constexpr.

We can enable constexpr and disable the check on older compilers.

Merge pull request #14674 from bangerth/ref-cell-centralize

Centralize translation between deal.II and VTK numbering for pyramids.