Merge pull request #2617 from asartori86/parpack

parpack --- add support for trilinos mpi blockvector

parpack. added reinit for block vectors

Merge pull request #2616 from kalj/fix-cuda-cmake-without-c++11

Move check for C++11 inside if case to not affect non-cuda configuration

Move check for C++11 inside if case to not affect non-cuda configuration

Merge pull request #2611 from drwells/update-google-code-links

Fix a bunch of old google code links.

Merge pull request #2612 from drwells/fix-grid-in-doxygen

Fix some doxygen formatting.

Fix some doxygen formatting.

Starting a new line with a hyphen results in a bullet point list, which
is not what we want.

Fix a bunch of old google code links.

Merge pull request #2610 from danshapero/aligned-vector-move-ctor

Move constructors for AlignedVector & TableBase

Added move constructor to Table

Added test for aligned vector move ctor/assignment operator

Checkpoint, wrote aligned vector move ctor

Merge pull request #2591 from drwells/parallelepiped-3d-orientation-fix

Parallelepiped 3d orientation fix

Merge pull request #2609 from tjhei/fix_doxygen_formatting

fix doxygen formatting

fix doxygen formatting

Merge pull request #2607 from Rombur/typos

Fix a few typos.

Fix a few typos.

Merge pull request #2605 from kalj/cuda-c++11-setup

Enable C++11 for CUDA

enable C++11 for CUDA

Merge pull request #2604 from bangerth/doc-fixes-13

Fix some documentation texts.

Fix some documentation texts.

Merge pull request #2601 from tjhei/param_double

Rework Pattern::Double

Rework Pattern::Double

- Fix broken parsing of Pattern::Double::description() in
::create()(skipping " range " that shouldn't exist and parsing an empty
range incorrectly).
- Display default values as -MAX_DOUBLE...MAX_DOUBLE instead of
-1.79769e+308...1.79769e+308 in the description.
- Add some new tests.
- Update output of tests to match new description.

remove c++11'ism

use std::memcmp

Add tests for twisted grid generator input.

These tests verify that the right exceptions are raised when input data
would result in cells with negative measure.

Update the changelog.

Raise exceptions for invalid input.

subdivided_parallelepiped could generate cells with negative volume if
the provided edges were not ordered correctly. Try to help the user by
raising an exception if this is the case in subdivided_parallelepiped
instead of create_triangulation.

This commit also fixes tests that would fail as a result of removing the
orientation fix.

Partly reverts ccb56e7fb5.

Merge pull request #2600 from drwells/fix-clang-compilation

Fix compilation on clang.

Fix compilation on clang.

The previous commit 18ddfc4cf1 compiled under GCC but not clang. Credit
goes to Wolfgang Bangerth for the suggested usage of a variadic function
to raise errors when dim != spacedim.

Merge pull request #2589 from davydden/feature/spherical_coordinates

add geometry utilities functions

Merge pull request #2505 from davydden/lo_with_po

add a new header which combines LinearOperator and PackagedOperation

Merge pull request #2587 from drwells/c++-03-template-fix-02

C++ 03 template fix

Make cell_measure(...) work again.

A result of d8bafee27cc was that users can no longer write

cell_measure(...)

with no given template argument (in the codimension zero case). This
commit fixes that.

Note: since dim does not explicitly appear alone and unmodified in the
function arguments of cell_measure<dim, spacedim>, that function can
never have its type (more exactly, the value for dim) inferred correctly
from just the arguments. Put another way, one must always write
cell_measure<dim, spacedim> to use this function. This was not a problem
in the past when Point<dim> appeared instead of Point<spacedim>.

Fix compilation in C++03 mode.

C++03 does not support default template arguments in function
templates.

Merge pull request #2586 from kalj/cmake-cuda-for-master

Add support for compiling CUDA code

Merge pull request #2540 from orlando-tian/orlando-tian-contrib

Bug fix for wrong sign of curl in maxwell.h

1. Bug fix for wrong sign of curl integrators in integrators/maxwell.h: nitsche_curl_matrix, curl_curl_matrix and curl_matrix.
2. Add test code 'tests/integrators/maxwell_curl.cc' and related output file for verifying curl integrators in integrators/maxwell.h.
3. Add basis function support checking on faces in the function nitsche_curl_matrix in integrators/maxwell.h.

add geometry utilities functions

Add support for compiling CUDA code

This adds support to the internal build system for CUDA code in .cu
files inside the library.

Merge pull request #2585 from davydden/quadrature_point_data_fix2

fix iterator in ContinuousQuadratureDataTransfer

fix iterator in ContinuousQuadratureDataTransfer

Merge pull request #2584 from Rombur/petsc

Fix a typo.

Fix a typo in preprocessor macro.

Merge pull request #2582 from bangerth/doc-update-59

Rewrap some comments. No functional changes.

Rewrap some comments. No functional changes.

Merge pull request #2577 from Rombur/vector_optimization

Vector optimization

Rename vector_internal.h to vector_operations_internal.h

Use multithreading for ReadWriteVector and LinearAlgebra::Vector

Move the functions of the internal namespace of vector.templates to their own file.

Use constant variable for end value of for loop.

Merge pull request #2581 from davydden/quadrature_point_data_fix

include base/config before checking for cxx11 in quadrature point data

include base/config before checking for cxx11 in quadrature point data

Merge pull request #2578 from drwells/add-measure-checks

Add measure checks

Merge pull request #2579 from drwells/gcc6-fixes-1

Get around a GCC 6 warning.

Use index sets to simplify some assertions.

GCC 6.1 now warns (-Waddress) that (since the dynamic cast of an object
back to its own type always succeeds) the address of an object is always
nonzero. Fortunately these dynamic casts are not needed anymore due to
better support for generic programming in the library.

Since local_size is not available for scalar vectors, perform (stricter)
checks with index sets instead.

Regardless of the new GCC warning, these assertions are useful for all
distributed vectors (and may be run now for sequential vectors too) and
dof handler type, so they should always be checked.

Make a test start with a valid triangulation.

The goal of this test is to verify that an exception is thrown when the
mapped cell is distorted: the original triangulation should be valid.

Fix a bug in the parallelepiped mesh generator.

This function generated cells with negative volume due to an orientation
issue. In particular, the function used to generate cells (see
tests/grid/grid_parallelepiped.output) with vertices (given here in
lexical order)

0 0
0 0.5
0.5 0.5
0.5 0

which results in a twisted cell, instead of

0 0
0.5 0
0.5 0.5
0 0.5

which is correct.

Don't throw exceptions if distorted cells are OK.

Add extra checks based on the cell measure.

Add codimension versions of cell_measure.

These just raise exceptions, but their existence is useful for writing
generic code.

Rewrite an inaccurate comment.

GridReordering is not called, so do not say that it is called.

Remove a blank line in a copyright statement.

Merge pull request #2575 from jgedicke/relaxation_block_Jacobi

fix overlapping block Jacobi

fix overlapping block Jacobi in relaxation preconditioner

Merge pull request #2580 from drwells/gcc6-fixes-2

GCC 6 fixes 2

Add a warning note to the documentation.

Get around a GCC 6 warning.

GCC 6.1 now warns (-Waddress) that (since the dynamic cast of an object
back to its own type always succeeds) the address of an object is always
nonzero, so these casts result in tautologies for valid vector types.

Merge pull request #2567 from drwells/star-decoration

Consistently format decorate block error messages.

Merge pull request #2552 from davydden/qph_data

Quadrature point data manager

add classes to manage quadrature point data, including transfering between cells

Merge pull request #2576 from tamiko/cmake_bugfixes

Revert merges #2542, #2543

Revert "Merge pull request #2542 from davydden/cmake_user_projects"

This reverts commit 1ed97ee3164e968e18b596b67895443b9d327a0d, reversing
changes made to 6c7ecef6dd5a40583442ccaeb993779cffeca9cb.

Revert "Merge pull request #2543 from tamiko/cmake_support_target_interface"

This reverts commit 0a2e3810e2588fc49ee56dae410513dee094f687, reversing
changes made to 44221ed46559bb87ab3fc36b4fa226de7e80731f.

Merge pull request #2574 from luca-heltai/gsl-interface

Fixed GSL cmake interface.

Minor edits.

Added correct interface to FindGSL.

Merge pull request #2573 from drwells/remove-unused-dof-handler-code

Remove some unused functions.

Remove some unused functions.

These seem to be remainders from a time before DoFs were distributed by some
explicit policy and have not been used since about 2013.

Merge pull request #2572 from drwells/remove-const-cast-2

Remove unnecessary const_cast.

Remove unnecessary const_cast.

The non-multigrid algorithms have never needed to use user flags to
indicate progress.

Merge pull request #2570 from tjhei/doxygen_exceptions

Fix Doxygen exceptions

Consistently format block error messages.

indent

remove unused doxygen filter for exceptions

move exception outsequence from signature into a note

Merge pull request #2569 from tjhei/doxygen_fixes

small doxygen fixes

fix doxygen include path and expand DeclExceptionMsg

small doxygen fixes

Merge pull request #2568 from kronbichler/master

Fix test without MPI

Fix test without MPI

Merge pull request #2566 from drwells/cmake-quick-test-error

Return a nonzero value if the quick tests fail.

Make the quick test error message more accurate.

Errors occured, so this should be labeled as an error with the same
style used elsewhere in the CMake configuration.

Return a nonzero value if the quick tests fail.

Previously 'make test' would return 0 regardless of whether or not any
quick tests failed.

Merge pull request #2565 from bangerth/doc-update-59

Improve an error message.

Merge pull request #2557 from davydden/function_spline

Functions::CSpline via GSL

Improve an error message.

Merge pull request #2564 from bangerth/doc-update-58

Add a note about evaluating point values/gradients.

Add a note about evaluating point values/gradients.

Specifically, say that this is likely going to lead to heartbreak
if done close to a cell boundary.

Merge pull request #2325 from drwells/flux-sparsity-pattern-parallel

Fix a distributed sparsity bug.

Merge pull request #2563 from kronbichler/master

Fix test of exception in FE_Q at degree 0

Fix test of exception in FE_Q at degree 0