Fix ghost particle bug

Merge pull request #5125 from gassmoeller/add_particle_handler

Add particle handler

Merge pull request #5473 from jppelteret/ad-math_headers

Add math headers for AD numbers

Merge pull request #5474 from jppelteret/ad-fe_values

Add support for AD calculations to FEValues functions

Merge pull request #5117 from GivAlz/LocallyOwnedBBox

Compute bounding boxes approximating cells with a property (adding in grid_tools)

Make serial case compile. Disable case without p4est.

Test to show that a zero-valued function can have non-zero derivatives.

Remove unnecessary ProductTypes and std::decay in FEValues functions

With the current functionality my application of these two features in
the FEValues function is now overly defensive. So this effectively
reverts some of the changes made in #4951, as #4893 makes some use of
ProductType unnecessary and #5251 ensures compatible conversions between
numbers of all CV qualifications.

Add support for AD calculations to FEValues functions

When using AD to automatically compute the linearisation of a residual, one cannot a-priori assume no sensitivity with respect to zero-valued degrees-of-freedom. This commit ensures that this calculation shortcut is not taken for AD numbers.

Remove strict inclusion guards in unified AD header

Add Sacado math header

This adds some missing fundamental math functions for the supported
Sacado numbers.

Add Adol-C math header

This imports the Adol-C math operations into standard namespace. It
gives us the ability to use them (e.g. sqrt) within the Tensor class,
and it also allows the user to write generic code and switch between AD
number types.

Merge pull request #5470 from tjhei/petsc_lu_doc2

update PETSc PreconditionLU documentation, take 2

Merge pull request #5410 from kronbichler/improve_performance_transfinite

Performance improvement for transfinite interpolation manifold.

Merge pull request #5392 from jppelteret/ad-numbers_and_type_traits

 Implement type traits and helper classes for AD numbers

Merge pull request #5471 from masterleinad/avoid_ub

Guard some calls to memcpy, memset and memmove to avoid undefined behavior

Clean up code, fix comments by David.

Add tests for number traits classes: Sacado

Add tests for number traits classes: Adol-C

Implement type traits and helper classes for Sacado numbers

Implement type traits and helper classes for Adol-C numbers

Add core headers for internally supported AD numbers

- Type codes
- Type traits

Add a unifying header for auto-differentation.

Add initial outline of documentation for the AD/SD module.

Merge pull request #5472 from gassmoeller/fix_find_active_cell_around_point

Fix search for the cell of a vertex

Guard some calls to memcpy, memset and memmove to avoid undefined behavior

Fix search for a vertex location

Address comments

Merge pull request #5457 from davydden/tests/sundials_fixes

try to fix sundials tests

update PETSc PreconditionLU documentation, take 2

Merge pull request #5467 from davydden/fix_deprecated_bug

fix deprecation bug

fix deprecation bug

Merge pull request #5464 from vishalkenchan/rol/vector_adaptor

suppress use of ROL for older versions of Trilinos

Merge pull request #5465 from sairajat/AssertionAdd

Added Assert in fe_values.h to ensure fe_values object is reinited to cell

Checked Indentation

Merge pull request #5463 from jppelteret/sacado_complex_rad_guard

Detect a compiler bug that prevents compilation of complex Sacado::Rad.

Added Assert in fe_values.h to ensure fe_values object is reinited to a cell

recommend enabling ROL package while building Trilinos

suppress use of ROL for older versions of Trilinos

Merge pull request #5462 from masterleinad/fix_test_project_03

Fix numerics/project_03

Merge pull request #5459 from masterleinad/use_c++14_deprecated

Use c++14's [[deprecated]] if possible

Detect a compiler bug that prevents compilation of complex Sacado::Rad.

Merge pull request #5443 from davydden/vtu_binary

filter XML binary output in some tests

Fix numerics/project_03

fix sundials tests

Merge pull request #5461 from jppelteret/fix_5455

Add header to tests using Sacado::Rad.

Use [[deprecated]] if available

Add header to tests using Sacado::Rad.

For some older versions of Trilinos, the header for templated
Sacado::Rad numbers is missing from Sacado.hpp.

Merge pull request #5385 from tjhei/prm_escape_latex

 escape characters in LaTeX format of ParameterHandler

Fix position of DEAL_II_DEPRECATED

Hide LevelInd, and add insert_particles(points)

filter out binary data from XML output for some data_out tests

Merge pull request #5452 from masterleinad/merge_grid_tools

Merge parallel::GridTools into GridTools

cleanup a few data_out_base_vtu tests

Update changelog entries

Reintroduce distributed/grid_tools.h for a deprecation warning

Merge pull request #5447 from masterleinad/deprecate_vector_view

Deprecate VectorView

Merge pull request #5453 from tjhei/petsc_lu_doc

update documentation for PETSc PreconditionLU

Added method get_neighbor_type and EnumClass NeighborType in BoundingBox class. Added function compute_mesh_predicate_bounding_box to grid tools

update documentation for PETSc PreconditionLU

Merge distributed/grid_tools into grid/grid_tools

Remove 'parallel' prefix in distributed/grid_tools

Merge pull request #5448 from bangerth/add-instantiation

Add a missing instantiation.

Merge pull request #5444 from masterleinad/fix_interface_matrix_entry

Fix missing include file in multigrid/interface_matrix_entry_01

Move deprecation declaration at the end

Add a test.

Add changelog entry.

Add missing instantiation of function.

Deprecate VectorView

Merge pull request #5445 from drwells/update-gdbinit

Update the GDB pretty-printer.

Merge pull request #5446 from drwells/convert-to-utf8

Prefer UTF-8 to latin-1.

Prefer UTF-8 to latin-1.

Update the GDB pretty-printer.

The data array variable was renamed from 'val' to 'values' in 2faae204c26.

Fix missing include filed in multigrid/interface_matrix_entry_01

Merge pull request #5442 from davydden/fix_illegal_character

fix illegal character (<F6> instead of oe)

fix illegal character (<F6> instead of oe)

Add changelog entry

Address some comments. Use map for send_recv_particles

Merge pull request #5439 from kronbichler/extend_trilinos_direct_solver

 Let Trilinos direct solver use given factorization with LA::distributed::Vector

move to namespace

Merge pull request #5434 from tjhei/test_dos_2_unix

fix dos formatted files in contrib/utilities/indent

Merge pull request #5380 from vishalkenchan/rol/vector_adaptor

Using Trilinos/ROL library

Add test.

Changelog

Enable Trilinos direct solvers with LA::distributed::Vector.

added rol tests

add a vector adaptor to use Trilinos/ROL library; added cmake variable DEAL_II_TRILINOS_WITH_ROL

Further speedup of transfinite interpolation.

Try to use an initial guess for pull_back that is assuming cube-like geometries.
Skip some indirections inside compute_transfinite_interpolation.

Performance improvement for transfinite interpolation manifold.

Pass initial point along to the push_forward_gradient call rather than re-computing it.
Use quasi-Newton method (Broyden's method) rather than full Newton with finite differences to reduce number of calls to the compute_transfinite_interpolation.

Indent

fix dos formatted files in contrib/utilities/indent

Add more tests

Merge pull request #5408 from kronbichler/speedup_spherical_manifold

Speed up SphericalManifold::get_new_point

Merge pull request #5433 from bangerth/fix-inst.in

Rename class groups in template-arguments.in.

Merge pull request #5430 from bangerth/new-tests

Add tests for VectorTools::integrate_difference() using complex data types.

Add test

Fixes

Add first particle handler test. Simplify update

Address some comments

Remove parallel::distributed where possible