Update news on publication

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22898 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A better gravity model.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22897 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify what I mean by center.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22896 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor formula fix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22895 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a lot of debug and timing output stuff.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22894 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a couple places that cppcheck marked up.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22893 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Disable the following warning in xlC: 1540-2909 (W) The subscript 2 is out of range.  The only valid subscript is 0.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22892 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Using --without-umfpack is equivalent to --with-umfpack=no and made ./configure believe that we should look for an external umfpack version at path 'no'.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22891 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove various benchmarking features.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22890 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix missing block for doxygen

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22889 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a missing instantiation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22888 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Initialize member variable to avoid warning by ICC.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22887 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The intel compiler wants us to initialize each const member.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22886 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also instantiate the dummy parallel::distributed::Triangulation class when not using p4est so that icc doesn't complain about missing typeinfo symbols.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22885 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Really only instantiate functions that aren't explicitly specialized.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22884 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do not include functions in explicit instantiations that are explicitly specialized.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22883 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix table of contents; add one more sentence.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22882 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

adjust to moved operators

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22881 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

move grad_div to Divergence

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22880 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

mov Differential to more appropriate Divergence

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22879 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove name tag

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22878 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Delete shapes.cc

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22877 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Splitting of the test fe/shapes due to run-time limitations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22876 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add normal fluxes and fix jump

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22875 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a note on the difference between using the symmetric gradient or the
straight one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22874 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Check for MPI consistency between deal.II and PETSc. Note: This only does the check if MPI is requested at configure time, otherwise, check for PETSc's libmpiuni library

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22873 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22872 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

cleanup

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22871 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add default constructor for MGDoFHandler

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22870 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

begin operators for LDG

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22869 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add some info on the notational conventions for integral operators

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22868 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

use @ instead of \

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22867 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

allow doxygen to find the symbol... although it is probably an undocumented class anyway

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22866 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

mention namespaces in first paragraph

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22865 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a section on what happens when you try to synchronize tasks.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22864 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a new test that currently deadlocks.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22863 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Trilinos vector reinit should now be safe also with MPI.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22862 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo patch 22849, i.e., now it is safe to nest tasks. However, do this only when there is enough to do so the task scheduling overhead doesn't matter.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22861 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Can not use mutex or condition variables when joining a task: If new tasks are scheduled but no free threads, the worker can never start, while the master is blocked. Let TBB handle the task management even in join().

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22860 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add warning about nested ThreadGroup objects

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22859 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove files that have been pointless for quite a while now.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22858 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix reference to man page.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22857 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Trying to interpolate boundary values on a closed loop 1d mesh in 2d resulted in an infinite loop. This should now be fixed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22856 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove the Software doxygen module -- it was pretty outdated, and it duplicates the master copy of supported external software in the readme.html file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22855 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reorder order of directories: in debug mode, these are the files with
the longest compute time:

0m13s lac/chunk_sparse_matrix.cc
0m14s numerics/derivative_approximation.cc
0m15s dofs/dof_renumbering.cc
0m15s fe/fe_tools.cc
0m15s numerics/mesh_worker_vector_selector.cc
0m16s grid/grid_tools.cc
0m16s numerics/error_estimator.cc
0m17s grid/tria.cc
0m21s numerics/solution_transfer.cc
0m23s dofs/dof_accessor.cc
0m28s lac/sparse_matrix.cc
0m31s dofs/dof_tools.cc
0m40s numerics/vectors.cc
0m52s fe/fe_values.cc
1m14s numerics/data_out.cc

In optimized mode it is this way:
0.27s dofs/dof_renumbering.cc
0.27s lac/precondition_block.cc
0.28s numerics/derivative_approximation.cc
0.28s numerics/mesh_worker_vector_selector.cc
0.32s base/data_out_base.cc
0.33s numerics/fe_field_function.cc
0.37s lac/chunk_sparse_matrix.cc
0.38s grid/tria.cc
0.45s lac/sparse_matrix.cc
0.49s numerics/error_estimator.cc
0.57s dofs/dof_accessor.cc
1.19s dofs/dof_tools.cc
1.28s numerics/data_out.cc
2.55s fe/fe_values.cc
3.31s numerics/vectors.cc

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22854 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Ugh, fix syntax.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22853 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix grammar.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22852 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Correctly qualify function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22851 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

doxygen 1.7.2 no longer wants to create the output directory itself. Do so when necessary.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22850 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Guido & AJS fix. You cannot nest task loops

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22849 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replace \vec by \mathbf consistently.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22848 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a couple markups.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22847 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add Chih-Che's comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22846 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add the actual file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22845 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22844 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22843 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step-32 is not ready so far.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22842 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update after boost upgrade.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22841 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make sure the include/ directory is in the include path.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22840 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update after boost upgrade.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22839 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move into place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22838 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove old version of boost.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22837 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patches to avoid warnings and errors, some taken over from previous versions of BOOST in our tree, some new.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22836 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22835 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A couple more tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22834 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22833 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Announce VectorTools::interpolate_boundary_values for codim=1.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22832 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add missing function DoFAccessor<0,1,spacedim>::vertex_dof_index.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22831 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move test now that it works.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22830 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make VectorTools::interpolate_boundary_values work for codim=1, at least for 2d triangulations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22829 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify code slightly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22828 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify code slightly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22827 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add relaxation methods to preconditioner module

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22826 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify code a bit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22825 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The data type of the unit_tangentials should be a Tensor<1,dim>, not Tensor<1,spacedim>. With this change, rewrite code in such a way that we can now build FEFaceValues also for the case <2,3>, though we still get missing symbols elsewhere.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22824 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor re-indenting while reading through the class. Change the lovely
word "reduplicate" into "duplicate" ;-)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22823 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Compile the directories with files with long compile times first.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22822 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add transformation of vector fields and rearrange documentation from basic to hybrid

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22821 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed a bug in the Nedelec elements

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22820 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent a couple places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22819 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove unused argument.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22818 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Upgrade to TBB 3.0. This fixes a bunch of testsuite failures on our new 48-core machine.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22817 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more change.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22816 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Take over patches from TBB 22 copy in our tree.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22815 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove tests directory.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22814 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add TBB 3.0 update 3 (commercially aligned open source release).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22813 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix the mess I created: the whole rearranging I did earlier meant that
we couldn't do any anisotropic refinement any more -- which happens
internally when building some of the elements.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22812 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Interestingly, mesh refinement of surfaces in higher spaces produced the wrong result for cells that lie at the boundary of the surface (the new point at the center of a quad was computed from the surrounding vertices, rather than from the surface description). Fix this.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22811 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add an assertion.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22810 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Extracting a piece of the boundary of the sphere does not seem
to project some nodes properly

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22809 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22808 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22807 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Trim output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22806 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Allow computing the linfty norm even for ghosted vectors.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22805 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

In output_results, we were using a ghosted vector to assemble a solution vector that contained the Boussinesq solution plus all sorts of other stuff. But we've since disallowed writing into ghosted vectors, so this didn't work any more. Instead now write into a non-ghosted vector and later created a ghosted version of it for output through DataOut.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22804 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add another note.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22803 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix linker problem with Intel compiler: need to explicitly state 1D functions that otherwise might contain uncompiled code like create_boundary_mass_matrix or FEFaceValues.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22802 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Generalize the extract_boundary_mesh function to arbitrary container types.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22801 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replace division by zero by an assertion.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22800 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Escape a few words.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22799 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d