Merge pull request #7401 from bangerth/abaqus

Add more run-time checks to the ABAQUS reader.

Merge pull request #7405 from bangerth/doc-update-2

Clarify the documentation of GridGenerator::cylinder().

Merge pull request #7406 from tjhei/doc_plate_with_hole

doxygen: scale plate_with_hole images

doxygen: scale plate_with_hole images

the .pngs are about 1500px wide so the display is quite ugly. 600px is
in line with most of the other images on the page.

Clarify the documentation of GridGenerator::cylinder().

Merge pull request #7375 from davydden/feature/incremental_function

Functions::IncrementalFunction

Merge pull request #7400 from bangerth/fix-widening

Ensure a left-shift operation happens in the right data type.

Merge pull request #7381 from davydden/feature/tmmult_dsp

rework DSP::compute_Tmmult_pattern() with iterators

Add more run-time checks to the ABAQUS reader.

Coverity complains about the use of the unchecked indices 'elid_start'
and 'elid_end' in the loop after reading them from an untrusted file.
Check at least their basic integrity. While there, also check that
commas are really commas.

Ensure a left-shift operation happens in the right data type.

add mutex lock

improve IncrementalFunction

Merge pull request #7397 from tjhei/document_point_value

document VT:point_value better

improve documentation

Co-Authored-By: davydden <davydden@gmail.com>

document VT:point_value better

Merge pull request #7394 from koecher/doc-doftools-coupling

enhanced documentation for DoFTools::Coupling::nonzero

enhanced documentation for DoFTools::Coupling::nonzero

Merge pull request #7392 from drwells/deprecate-netcdf

Deprecate the NetCDF bindings.

Merge pull request #7391 from drwells/update-step-57

Update step 57

Merge pull request #7393 from drwells/fix-doc-link

Fix a documentation link.

Deprecate the NetCDF bindings.

Merge pull request #7367 from masterleinad/make_cuda_tests_more_robust

Make CUDA tests more robust

step-57: Use blank lines after equations.

This improves pagination.

Fix a documentation link.

step-57: Reword some sentences for clarity.

step-57: Use pmatrix instead of arrays in TeX.

step-57: Reformat in-code TeX.

I also added a missing parenthesis.

step-57: Improve output format and variable names.

step-57: remove unused headers and code.

step-57: Improve typography.

1. Remove trailing whitespace.
2. Fix some minor spelling mistakes.
3. Consistently use MathJax for equations.

Add test to check that wrapper resets time state of wrapped class

Rename a test

Add guarentee that wrapper resets time state of wrapped class

Add an assertion

Improve class documentation

add IncrementalFunction

Merge pull request #7386 from masterleinad/real_time

Describe time by real scalar types in Function and friends

Merge pull request #7387 from davydden/feature/dsp_column_index

add  DynamicSparsityPattern::column_index()

add  DynamicSparsityPattern::column_index()

Prefer defining aliases instead of importing from base class

Introduce a time_type alias for Function and friends

Describe time by real scalar types in Function and friends

add unit tests

Merge pull request #7384 from bangerth/fix-warning

Fix a warning about an unused 'using' declaration in release mode.

Fix a warning about an unused 'using' declaration in release mode.

Merge pull request #7382 from masterleinad/fix_cuda_cmake_newest

Fix cuda-9+ && cmake-3.12+

Fix cuda-9+ && cmake-3.12+

rewrok DynamicSparsityPattern::compute_Tmmult_pattern() with iterators, suitable for input DynamicSparsityPattern

add template parameter to DynamicSparsityPattern::compute_Tmmult_pattern()

Merge pull request #7380 from masterleinad/clarify_cuda_c++_restrictions

Clarify CUDA C++ version restrictions

Clarify CUDA C++ version restrictions

Merge pull request #7377 from masterleinad/replace_constraint_matrix_examples

Replace ContraintMatrix with AffineConstraints in the examples

Replace ContraintMatrix with AffineConstraints in the examples

Merge pull request #7371 from drwells/update-step-27

Update step 27

Merge pull request #7364 from tjhei/mpi_type_fixes

use correct MPI types

Merge pull request #7361 from StefanoDominici89/TensorProductManifold-bugfix

Tensor product manifold bugfix

step-27: Lower the linear solver tolerance.

This makes the pictures symmetric.

step-27: Update pictures and discussion.

step-27: Improve some algorithm discussion.

This change modernizes the discussion (we use distribute_local_to_global
in step-6 now) and clarifies that we should use a DynamicSparsityPattern.

step-27: Improve typography in the documentation.

1. Fix some minor typographical problems and typos (missing comma,
   missing HTML, etc.)
2. Consistently use spaces instead of tabs and spaces.
3. Format code samples in the same way clang-format does it (i.e., no
   space before function calls)
4. Combine numerators of some fractions to prevent them from running off
   the side of the screen.

Fix an issue with CSS on Firefox.

Newer versions of Firefox do not use grid-column-gap or grid-row-gap,
when either value is a percentage instead of a fixed length, when
computing the size of the element. This is not unreasonable; the size of
the container depends on the spacing, which in turn depends on the
spacing, so defining lengths is difficult.

Get around this by just specifying absolute sizes for margins. Since
most of our pictures are 500x500 px this is still about 5% anyway.

Data members of TensorProductManifold converted to std::unique_ptr<...>

Mimor modifications to:
 - Remove unnecessary parts.

Make CUDA tests more robust

Merge pull request #7366 from masterleinad/use_another_mpi_const_cast

Use DEAL_II_MPI_CONST_CAST in another place

Use DEAL_II_MPI_CONST_CAST in another place

Merge pull request #7362 from davydden/bugfix/skip_indefined_include

fix usage of skip_undefined when reading another file via input statement

use correct MPI types

use correct file name

fix usage of skip_undefined when reading another file via input command

Modified TensorProductManifold class

The data members are copies of the constructor parameters and are stored
in shared_ptr objects. The constructor converts the unique_ptr objects from clone() method called on the constructor arguments into shared_ptr().

Added virtual destructor to classes derived from ChartManifold

PolarManifold, TensorProductManifol, and TorusManifold
were lacking a virtual destructor.

New tensor_product_manifold_03 test

This test exposes the bug and currently fails.

It attempts the assignment of a TensorProductManifold object, to a
Triangulation object, in an inner visibility scope. Once the execution
flows leaves the inner scope, the local manifold objects are destroyed
triggering a subscriptor error.

Merge pull request #7359 from masterleinad/spherical_manifold_tests

Add test for SphericalManifold

Add test for SphericalManifold

Merge pull request #7358 from marcfehling/refactor-feseries

Refactored FESeries to allow spacedim template for FECollection.

Refactored FESeries to allow spacedim template for FECollection.

Merge pull request #7353 from masterleinad/avoid_cuda_aware_in_objects

Avoid DEAL_II_COMPILER_CUDA_AWARE inside objects

Merge pull request #7354 from bangerth/update-comments

Update comments of two functions.

Update comments of two functions.

These functions were not individually documented. Fix this and make
clear what they do.

Merge pull request #7356 from masterleinad/avoid_exception_slicing

Changelong entry for #7063

Changelong entry for #7063

Merge pull request #7351 from bangerth/doc-update-2

Document the various *_accessor typedefs at their source.

Document the various *_accessor typedefs at their source.

Avoid DEAL_II_COMPILER_CUDA_AWARE inside objects

Merge pull request #7350 from bangerth/doc-update

Improve wording of a doc string.

Improve wording of a doc string.

Merge pull request #7330 from BenBrands/ScaLAPACK_doc

ScaLAPACKMatrix: improve documentation

Merge pull request #7327 from JonMatthewsFCAS/proj_div_conform_distributed_fix

Added cell->is_locally_owned() in project_boundary_values_div_conforming

Merge pull request #7346 from masterleinad/fix_sacado_tests

Fix failing Sacado tests

Fix failing Sacado tests

Add ad_helpers.h to unifying header

Merge pull request #7347 from masterleinad/replce_constraintmatrix_in_tests

Replace ConstraintMatrix by AffineConstraints in tests

Merge pull request #7349 from masterleinad/restrict_non_matching_coupling_07

Restrict non_matching/coupling_07

Merge pull request #7348 from masterleinad/avoid_warninigs_ad_drivers

Avoid warnings in ad_drivers.h

Restrict non_matching/coupling_07

Avoid warnings in ad_drivers.h

Replace ConstraintMatrix by AffineConstraints in tests

Merge pull request #7230 from masterleinad/omit_complex_instantiations

Allow omitting std::complex instantiations

Add a changelog entry

Added test for project_boundary_values_div_conforming usage on a distributed triangulation.