Merge pull request #14463 from tamiko/modernize_cmake_part_1

CMake: lowercase all function and macro names

CMake: apply contrib/utilities/lowercase_cmake

Examples: Fix regular expression

contrib/utilities: hook cmake_lowercase into check_indentation

contrib/utilities: add script to convert cmake functions/macros to lowercase

Merge pull request #14466 from tamiko/avoid_kokkos_warning

CMake: search quietly for kokkos and avoid an unnecessary warning

Merge pull request #14465 from tamiko/modernize_cmake_part_2

CMake: always export compile_commands.json in deal.II and user projects

CMake: search quietly for kokkos and avoid an unnecessary warning

Merge pull request #14459 from tamiko/make_clang_tidy_config_more_readable

clang-tidy: use line breaks in config, remove nonexistent check

CMake: always export compile_commands.json in deal.II and user projects

Merge pull request #14462 from tamiko/ignore_clangd_files

gitignore: ignore clangd files and directories

Merge pull request #14460 from kronbichler/fix_warnings

Fix more warnings about unused variables

Merge pull request #14455 from tamiko/fix_cmake_tpetra

CMake: remove forgotten GO = statement in tpetra compatibility check

gitignore: ignore clangd files and directories

In order to use clangd it is currently necessary to add some
configuration into a .clangd file. Unfortunately, this is very situation
specific and cannot meaningfully be upstreamed. (For example, I need to
manually specify "-std=c++17" to work around the issue that gcc defaults
to c++17 and clang defaults to c++14.)

While at it also ignore the .cache directory where clangd stores its
index.

Update .clang-tidy

Co-authored-by: Wolfgang Bangerth <bangerth@colostate.edu>

Fix one more warning

Fix warning about unused variable in release mode

clang-tidy: remove nonexistent check

This probably should have read

 -modernize-use-emplace

instead of "use-emplace". Let's simply remove the directive for now.

clang-tidy: use line breaks for better readability

CMake: remove forgotten GO = statement in tpetra compatibility check

Closes: #14372

Merge pull request #14451 from drwells/sparsity-pattern-base-cleanup

Merge pull request #14452 from tamiko/avoid_a_warning

GridGenerator: avoid a warning in release mode

GridGenerators: modernize a cell loop and use range-based for

GridGenerator: avoid a warning in release mode

Merge pull request #14365 from masterleinad/kokkos_bundled

Make Kokkos a required dependency and bundle Kokkos 3.7.00

Clean up some sparsity-related header inclusions.

Remove SPARSITY_PATTERNS from template-arguments.in

We no longer need it! Taken together, removing the templates over the sparsity
pattern type lowers the number of symbols in the debug library build from 813005
to 811893.

Merge pull request #14433 from drwells/sparsity-pattern-base-multigrid

multigrid tools: Remove template on sparsity pattern type.

Merge pull request #14392 from bangerth/cxx17

Avoid boost::optional/variant in favor of std_cxx17::variant/optional.

multigrid tools: Remove template on sparsity pattern type.

Avoid "!."

Make Kokkos a required dependency and bundle Kokkos 3.7.00

Merge pull request #14435 from masterleinad/fix_trilinos_kokkos_flags

Fix flags for Trilinos+Kokkos

Merge pull request #14441 from drwells/sparsity-base-api

SparsityPatternBase: redo add_entries() to take pairs.

Merge pull request #14445 from lethe-cfd/particles_periodicity

Fix the generation of ghost particles when there are periodic boundary conditions in a triangulation

Merge pull request #14450 from masterleinad/fix_actions_v2_E3

Bump actions/checkout from 2 to 3

Merge pull request #14448 from bangerth/vtu-6

Merge pull request #14449 from bangerth/vtu-9

Move declaration of vtu_stream to where it is used.

Bump actions/checkout from 2 to 3

Avoid boost::optional/variant in favor of std_cxx17::variant/optional.

Merge pull request #14437 from quangx/fix-step76-document

Redo SparsityPatternBase::add_entries() to use pairs.

Remove two lines that were added by mistake

Update doc/news/changes/minor/20221118Blais

Co-authored-by: Martin Kronbichler <martin.kronbichler@uni-a.de>

Fix indentation

Move declaration of vtu_stream to where it is used.

While there, also use the underlying stream rather than vtu_out where possible.

fix typos

Fix reference step 59

fix typo step-79

fix typo results.dox

step-76 doc fix

add changes from indent

Update test documentation

Merge pull request #14447 from tjhei/fix-indent-script

fix indent script

Use variable-sized std::array instead of fixed number of arguments.

Merge pull request #14446 from bangerth/vtu-5

Simplify code

Apply suggestions from code review

Co-authored-by: Rene Gassmoeller <rene.gassmoeller@mailbox.org>

Update include/deal.II/grid/grid_tools_cache.h

Co-authored-by: Rene Gassmoeller <rene.gassmoeller@mailbox.org>

fix indent script

Merge pull request #14444 from bangerth/ident

Add a bit of documentation.

Merge pull request #14429 from masterleinad/cuda_build_tests

Exchange ghost uses vertices w ghost_neighbors

Add test for new periodic exchange ghost

Update source/particles/particle_handler.cc

Co-authored-by: Rene Gassmoeller <rene.gassmoeller@mailbox.org>

Update source/particles/particle_handler.cc

Co-authored-by: Rene Gassmoeller <rene.gassmoeller@mailbox.org>

Convert yet another function.

Simplify yet more code.

Simplify more code.

Add a bit of documentation.

Merge pull request #14424 from masterleinad/kokkos_print_backends_and_archs

Print backends and architectures for Kokkos

Print backends and architectures for Kokkos

Only pass Kokkos flags

Remove optimization flags from Trilinos flags

Fix flags for Trilinos+Kokkos

Build CUDA tests in CUDA CI

Update doc/news/changes/minor/20221118Blais

Co-authored-by: Timo Heister <timo.heister@gmail.com>

Simplify some code.

Added contributor file

Fix indentation

Fianlize documentation

Merge pull request #14442 from marcfehling/vectorcopy

Use copy function internally in LA::d::Vector.

Merge pull request #14438 from bangerth/petsc

First working version

Re-introduce (now deprecated) old constructor.

Merge pull request #14436 from Rombur/cuda_ice

Update CI workflow to CUDA 11.8

Merge pull request #14421 from bangerth/vtu-3

Install boost

Add a changelog.

Simplify step-40.

Avoid the use of deprecated constructors.

Deprecate the use of PETScWrapper::Solver* constructors that take an MPI communicator.

Simplify code.

Remove the need to store the MPI communicator in PETScWrappers::SolverBase.

Provide the ability to query the communicator from PETSc precondiditioners.

Merge pull request #14434 from drwells/sparsity-pattern-base-dof-tools

Merge pull request #14439 from bangerth/comment

Fix a misspelling in a comment.

Fix a misspelling in a comment.

DoFTools: use some ranged-for loops

Update CI workflow to CUDA 11.8

DoFTools: convert some functions to use add_row_entries().

SparsityPattern: add an assertion in input data.

Merge pull request #14427 from marcfehling/reinit

Make TrilinosWrappers::MPI::Vector::reinit accept Utilities::MPI::Partitioner.

Merge pull request #14432 from drwells/sparsity-pattern-base-particles

Particles: Remove template on sparsity pattern type.

Merge pull request #14431 from drwells/sparsity-pattern-base-nonmatching

Merge pull request #14425 from Rombur/belos

Guard Belos code with macros