Merge pull request #11783 from bangerth/ref-cell-staging

Remove the internal::ReferenceCell::Base class and derived classes.

Adjust tests.

Merge pull request #11743 from tamiko/ndarray

add ndarray typedef

Merge pull request #11782 from drwells/remove-deprecated-doxygen-feature

Remove a deprecated doxygen feature option.

Remove the internal::ReferenceCell::Base class and derived classes.

Merge pull request #11780 from Rombur/cuda_cell_filter

Add a version of CUDAWrappers::MatrixFree::reinit() that takes a predicate for cell_loop

Remove a deprecated doxygen feature option.

The layout generated at

https://www.dealii.org/current/doxygen/deal.II/classes.html

will always now have a single column (with or without the now-deprecated
option), which is much more legible anyway.

Merge pull request #11781 from tamiko/fix_compilation_2

Sundials: Mark function as inline

Merge pull request #11778 from bangerth/ref-cell-30

Rename variables.

add a test

add a changelog entry

Introduce an ndarray type alias

The ndarray type alias models an multidimensional array. It has a
variable number of template arguments denoting the size of each index
that get internally converted to stacked std::arrays. For example:

    dealii::ndarray<double, 1, 2, 3, 4> my_array

is an alias for the following construct:

    std::array<std::array<std::array<std::array<double, 4>, 3>, 2>, 1>

Sundials: Mark function as inline

These two functions have a complete definition in a header file that
gets including in multiple compilation units. In this case we have to
mark these functions as "inline" so that the compiler emits a so-called
"weak symbol". Otherwise linkage will fail due to multiply defined
symbols.

Merge pull request #11776 from bangerth/ref-cell-28

Also move combine_face_and_line_orientation() into ReferenceCell.

Add a version of CUDAWrappers::MatrixFree::reinit() that takes a predicate for cell_loop

Merge pull request #11777 from bangerth/ref-cell-29

Better name for a variables.

Rename variables.

Better name variables.

Also move combine_face_and_line_orientation() into ReferenceCell.

Merge pull request #11770 from bangerth/ref-cell-27

Move the exodus conversion functions to RefereneCell.

Merge pull request #11772 from gassmoeller/move_particle_id

Move particle ids into PropertyPool

Merge pull request #11736 from sebproell/nvector-fix-comm-serial

N_Vector: get_communicator return nullptr in serial

Move particle ids into PropertyPool

Move the exodus conversion functions to RefereneCell.

Merge pull request #11767 from drwells/update-changelogs

Update changelogs

Add some missing changelog entries.

Fix a year in a changelog.

Merge pull request #11733 from marcfehling/soltrans-shared

::SolutionTransfer with p::s::Triangulation and artificial cells.

Merge pull request #11760 from peterrum/indent_all_sigle_newline

indent-all: ensure only a single newline at end of files

Merge pull request #11763 from drwells/noncontiguous-assertions

Add some assertions to the noncontiguous partitioner.

Merge pull request #11765 from peterrum/temporary_storage_size

Add NoncontiguousPartitioner::temporary_storage_size()

indent-all: ensure only a single newline at end of files

Add NoncontiguousPartitioner::temporary_storage_size

Add index checks to the noncontiguous partitioner.

Merge pull request #11751 from drwells/move-comm-pattern-base

Move LinearAlgebra::CommunicationBase -> Utilities::MPI::CommunicationBase.

Move LA::CommunicationBase -> U::M::CommunicationBase.

Things use this outside of linear algebra classes now so we should move it out
of LinearAlgebra.

While here I changed some default arguments that had gotten rather long.

Merge pull request #11762 from masterleinad/fix_face_setup_01

Fix matrix_free/face_setup_01

Fix matrix_free/face_setup_01

Merge pull request #11761 from peterrum/PreconditionBlockJacobi_AdditionalData

Remove copy-and-past error in comment

Merge pull request #11758 from kronbichler/adjust_dictionary_grain_size

Adjust minimum grain size of dictionary for consensus algorithm

Merge pull request #11745 from peterrum/simplex_pmg_local

Test p global coarsening for locally refined meshes

Remove copy-and-past error in comment

Test p global coarsening for locally refined meshes

Adjust minimum grain size of dictionary for consensus algorithm

Merge pull request #11487 from masterleinad/implement-local_size_2

Use ArrayViews directly instead of pointers.

Merge pull request #11753 from drwells/more-mpi-data-types

Add some more MPI datatypes.

Merge pull request #11756 from peterrum/reset_global_cell_indices_is

TriangulationBase::reset_global_cell_indices(): collect indices manually

Merge pull request #11755 from peterrum/compute_set_union_complexity

Improve complexity of compute_set_union

Merge pull request #11750 from drwells/document-early-deprecation

Better document early deprecation.

TriangulationBase::reset_global_cell_indices(): collect indices manually

Improve complexity of compute_set_union

Merge pull request #11754 from peterrum/fix_read_exodusii_sidesets

Fix ReferenceCell usage in read_exodusii_sidesets()

Fix ReferenceCell usage in read_exodusii_sidesets()

Merge pull request #11734 from bangerth/ref-cell-27

Move some more functions from internal::ReferenceCell::* classes to ReferenceCell

Add some more MPI datatypes.

These were all in MPI-2.

Better document early deprecation.

Use std::array instead of C-style arrays.

Added tests for ::SolutionTransfer on p::s::Triangulations with artificial cells.

Merge pull request #11459 from peterrum/step-19-fepointevaluation

Use FEPointEvaluation in step-19

Merge pull request #11737 from masterleinad/add_headers_sundials_wrapper

Add some missing header files for sundials_wrapper.h

N_Vector get_communicator return nullptr in serial

Spell out Tri and Quad in comments.

Add some missing header files for sundials_wrapper.h

Merge pull request #11735 from bangerth/simplify

Simplify two statements.

Simplify two statements.

Work around another compiler issue.

Move some more functions from internal::ReferenceCell::* classes to ReferenceCell.

Merge pull request #11732 from peterrum/transfer_matrix_free_06

Reduce size of test (multigrid/transfer_matrix_free_06)

Merge pull request #11728 from bangerth/doc-68

Minor doc adjustments in a number of places.

::SolutionTransfer with p::s::Triangulation and artificial cells.

Cleanup ::SolutionTransfer.

Minor doc adjustments in a number of places.

Merge pull request #11731 from peterrum/fix_grid_in

Fix GridIn::read_exodusii

Add changelog entry

Addreess reviewer comments

Fix indentation

Fix up examples

Fix some more

Fix up

Switch to DEAL_II_DEPRECATED_EARLY

Use locally_owned_size for vectors in MatrixFree operators

locally_owned_size() in PETScVector and PETScVectorBase

locally_owned_size in LA::D::Vector

Rename local_size -> locally_owned_size in docs

locally_owned_size() in partitioner

locally_owned_size in dictionary

local_size() -> locally_owned_size()

consistently use local_size().

This is the name given to the function by la_parallel_vector. Defining this
everywhere gives us a true check as to whether or not a vector is distributed -
i.e., if size() != local_size() then the vector is distributed and otherwise it
is not.

Reduce size of test (multigrid/transfer_matrix_free_06)

Fix GridIn::read_exodusii

Merge pull request #11730 from bangerth/av

Fix documentation in ArrayView.

Fix documentation in ArrayView.

Merge pull request #11721 from marcfehling/pdtria-load

Test for p::d::Tria::load(forest).

Use FEPointEvaluation in step-19

Merge pull request #11718 from bangerth/ref-cell-26

Move some functions from internal::ReferenceCell::Base to ReferenceCell

Test for p::d::Tria::load(forest).

Merge pull request #11724 from sebproell/sundials-extract-linear-solver-module

Extract SUNLinSolver wrapper from ARKode

Move two conversion functions from internal::ReferenceCell::Base to ReferenceCell.

Also move internal::ReferenceCell::Base::vertex/line/face_indices() to ReferenceCell.