Merge pull request #12612 from drwells/fix-mass-diagonal

Make MassOperator's diagonals true diagonals, not lumped ones.

Merge pull request #12596 from marcfehling/fix-load

Load: align dealii and p4est meshes before repartitioning.

Explicitly use mass lumping in VectorTools::project_matrix_free().

This restores the behavior present before the last commit and its generally the
right choice.

Implement explicit mass lumping in MassOperator.

Modify a test to check the diagonal values (not lumped).

Make MassOperator's diagonals true diagonals, not lumped ones.

The previous implementation used row sums (i.e., mass lumping) instead of
computing the diagonal. This should be changed for two reasons:
1. It's not really the diagonal (and its inconsistent with LaplaceOperator).
2. Lumped mass matrices are only positive for either low-order elements (where
   the basis functions are all positive) or very well-behaved elements (like
   FE_Q). In particular, the values on the diagonal are either zero or negative
   for TET10 if we use lumping, which isn't going to work.

Merge pull request #12658 from drwells/fix-issue-template

Make it an issue template.

Merge pull request #12656 from bangerth/increment

Merge pull request #12641 from peterrum/dataout_nonconti

Add assert to DataOut to force users to use block vectors for non-contiguous indexsets

Merge pull request #12587 from bangerth/explicit

Be more explicit about types and taking addresses.

Merge pull request #12622 from bangerth/doc

Add another example to the ScalarFunctionFromFunctionObject documentation.

Merge pull request #12657 from bangerth/types

Use std::size_t for index types.

Make it an issue template.

My bad, this doesn't make sense as a PR template.

Merge pull request #12655 from bangerth/doc-2

Improve error message.

Use std::size_t for index types.

Use 'auto' in one place.

Change post- to pre-increment statements in foor loops (tests/).

Change post- to pre-increment statements in foor loops (examples/).

Change post- to pre-increment statements in foor loops (include/ and source/).

Improve error message.

Merge pull request #12643 from zjiaqi2018/changelog_feiv_AD

Changelog: FEInterfaceValues for AD

Merge pull request #12652 from drwells/little-doc-fixes

Fix two small documentation issues.

Merge pull request #12654 from drwells/add-pull-request-template

Add a pull request template.

Add a pull request template.

Fix two small documentation issues.

Its not worth opening two PRs.

Merge pull request #12644 from jppelteret/fe_interface_values_04

Categorise functions in FEInterfaceValuesViews

changelog for feiv AD

Reorganise sections and order

Merge pull request #12650 from konsim83/documentation/NewClangFormat

Fix clang-format version to 11.1 in coding guidelines

fix clang-format version to 11.1

Merge pull request #12648 from peterrum/fe_wedge_pyramid_degree

Add comments to wedge and pyramid FEs regarding degree

Merge pull request #12645 from tjhei/mg_transfer_warn

add Assert to MGTransfer*

Add comments to wedge and pyramid FEs regarding degree

Merge pull request #12649 from drwells/remove-old-namespace-comment

Remove documentation of the old Simplex namespace.

add Assert to MGTransfer*

The error message when you forget to call distribute_mg_dofs() is not
helpful. Instead, add an Assert.

Remove documentation of the old Simplex namespace.

Categorise functions in FEInterfaceValuesViews

Merge pull request #12642 from peterrum/fe_eval_pre

Replace some post-increments by pre-increments in fe_evaluation.h

Merge pull request #12638 from gfcas/integrate_difference

Integrate difference

Replace some post-increments by pre-increments in fe_evaluation.h

Merge pull request #12603 from zjiaqi2018/feinterface_AD

FEInterfaceValues for AD

Merge pull request #12636 from gfcas/step_40_timer

step-40 disable timer summary output

Improve some assertions

Add assert to DataOut to force users to use block vectors for non-contiguous indexsets

Merge pull request #12639 from gfcas/vector_tools_interpolate

Replace AssertDimension

Merge pull request #12625 from bergbauer/integrate_hessians_on_cells

Integrate hessians on cells

Merge pull request #12637 from gfcas/typos

Remove unused n_q_points variable

Range based quadrature loop

Merge pull request #12635 from peterrum/gc_prolongate_and_add

Override MGTransferGlobalCoarsening::prolongate_and_add()

Update include/deal.II/numerics/vector_tools_interpolate.templates.h

Co-authored-by: David Wells <drwells@email.unc.edu>

Replace AssertDimension

Use AssertDimension macro

Mapping argument for do_integrate_difference

Another typo

Comma spacing

step-40 disable timer summary output

Integrate hessians on cells

Override MGTransferGlobalCoarsening::prolongate_and_add()

Merge pull request #12632 from peterrum/step-47

Step-47: unify code

Merge pull request #12593 from bergbauer/evaluate_and_integrate_hessians

Evaluate and integrate hessians

Step-47: unify code

add get_function_*

Evaluate and integrate hessians on faces

Merge pull request #12631 from peterrum/feeval_doc

Small modifications of FEEvaluation documentation

Small modifications of FEEvaluation documentation

Merge pull request #12630 from jppelteret/fe_values_functions_01

Add face and cell queries to FEFaceValuesBase and FEInterfaceValues

Merge pull request #12614 from marcfehling/hp-indexset

Standardized output for many `mpi/hp_unify_dof_indices_X` tests.

Merge pull request #12615 from peterrum/rpe_test

Extend test

Merge pull request #12616 from peterrum/ConstraintTypes

Switch from unsigned int to ConstraintTypes

Merge pull request #12627 from masterleinad/update_cuda_output

Update test output for CUDA

Add a changelog entry

Update a test

Add FEInterfaceValues::get_cell() and FEInterfaceValues::get_face_number()

Add FEFaceValuesBase::get_face_number()

Merge pull request #12628 from jppelteret/fe_interface_values_03

Add dof_indices() to FEInterfaceValues

Merge pull request #12629 from peterrum/signals_residual_step_fix

Fix signal residual_step

Fix signal residual_step

Add dof_indices() to FEInterfaceValues

Update test putput for CUDA

Merge pull request #12411 from jppelteret/fe_interface_values_02

FEInterfaceValues: Make class interfaces consistent with FEValues and its views

Merge pull request #12623 from marcfehling/identity-constraints

Added diagnostic functions for `AffineConstraints`.

Merge pull request #12618 from peterrum/TriangulationDescription_examples

Extend documentation of TriangulationDescription

Added tests for AffineConstraints diagnostics.

Added diagnostic functions for AffineConstraints.

Add another example to the ScalarFunctionFromFunctionObject documentation.

Add a changelog entry

Update tests

Update examples

Extend documention of TriangulationDescription

Continue

Work on GPU

Rename

Introduce enum class

Merge pull request #12610 from drwells/add-more-wv-rules

Add more Witherden-Vincent rules

Merge pull request #12619 from drwells/fix-parenthesis

Fix a parenthesis.

Fix a parenthesis.

I see a bunch of warnings of the form

/Users/runner/work/dealii/dealii/include/deal.II/matrix_free/tools.h:497:35:
error: taking the absolute value of unsigned type 'bool' has no effect [-Werror,-Wabsolute-value]
854
                                  std::abs(values_dofs[j][0] &&

on the CI tester.

Add a lot more Witherden-Vincent rules.

This includes most of the even-degree rules.

For posterity: here's the script I used to print quadpy rules rather than
copying numbers individually:

import quadpy as qp

def format_16(x):
    return '{:.16e}'.format(float(x))

def print_scheme(scheme):
    sym_data = scheme.symmetry_data
    print("// WV-{}, {}D".format(scheme.degree, scheme.dim))
    for key in sym_data.keys():
        if key == 'centroid' or key == 's4':
            print("b_point_permutations.push_back({centroid});")
            print("b_weights.push_back({});".format(format_16(sym_data[key][0][0])))
        elif key == 'd3_aa' or key == 's31':
            weights = [format_16(w) for w in sym_data[key][0]]
            points = [format_16(p) for p in sym_data[key][1]]
            assert len(weights) == len(points)
            for i in range(len(weights)):
                print("process_point_1({}, {});".format(points[i], weights[i]))
        elif key == 'd3_ab' or key == 's211':
            weights = [format_16(w) for w in sym_data[key][0]]
            points1 = [format_16(p) for p in sym_data[key][1]]
            points2 = [format_16(p) for p in sym_data[key][2]]
            assert len(weights) == len(points1)
            assert len(points2) == len(points1)
            for i in range(len(weights)):
                print(("process_point_3({},"
                       "\n                {},"
                       "\n                {});")
                      .format(points1[i], points2[i], weights[i]))
        elif key == 's22':
            assert scheme.dim == 3
            weights = [format_16(w) for w in sym_data[key][0]]
            points = [format_16(p) for p in sym_data[key][1]]
            assert len(weights) == len(points)
            for i in range(len(weights)):
                print(("process_point_2({},"
                       "\n                {});")
                      .format(points[i], weights[i]))
        else:
            assert False

Merge pull request #12613 from drwells/fix-structdim-comments

Fix two comments in TriaAccessor.

Merge pull request #12559 from tamiko/modernize_step_69

Step-69: Use SolutionTransfer instead of low-level boost archive