Merge pull request #13294 from tamiko/fix_doc

Merge pull request #13293 from drwells/changelog-9.3.3

Port 9.3.3 changelog changes to master.

fix a rendering issue with doxygen 1.9.3

Port 9.3.3 changelog changes to master.

Merge pull request #13286 from bangerth/ref-cell-1

Make naming of function arguments more uniform.

Merge pull request #13288 from bangerth/traits

Minor edits to type traits classes.

Merge pull request #13289 from drwells/fix-null-ptr-warning

Fix a bogus warning about a null pointer in a lambda.

Merge pull request #13267 from bangerth/prepare_for_answer

Remove the prepare_for_answer() callback in consensus algorithms.

Fix a bogus warning about a null pointer in a lambda.

I get the following warning:

/home/drwells/Documents/Code/CPP/dealii-dev/source/base/mpi.cc: In static member function 'static constexpr void dealii::Utilities::MPI::create_mpi_data_type_n_bytes(std::size_t)::<lambda(ompi_datatype_t**)>::_FUN(ompi_datatype_t**)':
/home/drwells/Documents/Code/CPP/dealii-dev/source/base/mpi.cc:384:15: warning: 'this' pointer is null [-Wnonnull]
  384 |               }};
      |               ^
/home/drwells/Documents/Code/CPP/dealii-dev/source/base/mpi.cc:376:15: note: in a call to non-static member function 'dealii::Utilities::MPI::create_mpi_data_type_n_bytes(std::size_t)::<lambda(ompi_datatype_t**)>'
  376 |               [](MPI_Datatype *p) {
      |               ^

This isn't a problem since deleters don't store any kind of state but we can
work around it by splitting the constructor call.

Minor edits to type traits classes.

Merge pull request #13285 from peterrum/PreconditionRelaxation_vmult_step_relax

PreconditionRelaxation: vmult/step w. relaxation

Make naming of function arguments more uniform.

We don't usually use _n as a suffix to indicate a _number or _index. In fact,
the implementation of the function also doesn't use the suffix used here
in the declaration.

Merge pull request #13283 from peterrum/om

SparseMatrix: rename om to omega

PreconditionRelaxation: vmult/step w. relaxation

SparseMatrix: rename om to omega

Merge pull request #13278 from kronbichler/fix_real_to_unit

Fix bug in initial condition for transform_real_to_unit_cell

Merge pull request #13271 from bangerth/3b

Use relative tolerances in step-3.

Merge pull request #13280 from bangerth/free_comm

Use MPI::Utilities::free_communicator() where possible.

Merge pull request #13279 from peterrum/FEImmersedSurfaceValues_mapping_q

Update docu of NonMatching::FEImmersedSurfaceValues

Use MPI::Utilities::free_communicator() where possible.

Update docu of NonMatching::FEImmersedSurfaceValues

Merge pull request #13277 from bangerth/22

Fix a sign error in step-22's introduction.

New test case

Fix bug in initial condition for transform_real_to_unit_cell

Fix a sign error in step-22's introduction.

While there also do minimal maintenance in a couple of other place.

Merge pull request #13276 from marcfehling/forward

Hide forward declarations in `fe/fe.h` from doxygen.

Merge pull request #13275 from CuiCu-618/master

Small fix to the documentation in step-37

Hide forward declarations from doxygen.

Merge branch 'dealii:master' into master

Merge pull request #13270 from bangerth/3

Explain the use of iterative solvers in the introduction of step-3.

Merge pull request #13274 from peterrum/feeval_is_reinitialized_ifdef

Add ifdefs for is_reinitialized in FEEval

small fix to the documentation

Update output.

Use relative tolerances in step-3.

Explain the use of iterative solvers in the introduction of step-3.

Add ifdefs for is_reinitialized in FEEval

Merge pull request #13273 from bangerth/null

Define MPI_COMM_NULL when not using MPI.

Add a changelog entry.

Merge pull request #13268 from peterrum/la_vector_fix

Fix LA::Vector::reinit()

Merge pull request #13261 from bangerth/ca-doc

Minor doc update to the consensus algorithms.

Fix LA::Vector::reinit()

Remove the prepare_for_answer() callback in consensus algorithms.

The implementations of the two current algorithms no longer use this callback.
Remove it from the Process class.

Minor doc update to the consensus algorithms.

Merge pull request #13252 from peterrum/fe_eval_quadrature_points

Move quadrature_points into FEEvalData

Merge pull request #13259 from peterrum/fe_eval_n_vectorization_lanes_filled

FEEval: replace usages of n_vectorization_actual

Merge pull request #13144 from bangerth/flatten-3

Move quadrature_points into FEEvalData

FEEval: replace usages of n_vectorization_actual

Merge pull request #13266 from peterrum/mf_la_vector

Fix MF for LA::vector

Merge pull request #13073 from bangerth/filter

Convert a few more locally-owned loops with filters.

Merge pull request #13262 from bangerth/ca-members

Do not store some things in the CA::Interface base class.

Merge pull request #13257 from bangerth/pex

PEX: Replace MPI_Irecv with MPI_Iprobe+MPI_Recv

Merge pull request #13219 from bangerth/nbx-2

Replace MPI_Irecv with MPI_Iprobe+MPI_Recv.

Use std::count_if().

Merge pull request #13264 from marcfehling/references

Review of `references.bib`.

Merge pull request #13265 from bangerth/extrapolate-dev-2

Do not store some things in the CA::Interface base class.

The base class currently stores a number of things about the communicator that are either
unused in any of the implementations, or only used in one place in the Selector::run()
function. Remove these member variables and just query what we need in the one place
where it's used.

Only keep track on the number of outstanding answers.

No longer store the ranks of the processes that we want to get something from.

Only deal with one answer at a time.

Don't specify where a message is coming from.

Rather, take all messages and keep processing them until we know that there
are no outstanding ones.

Move processing of a message to the first place where we know the message has arrived.

Keep track of which answers we have already received.

Query the size of the reply message from MPI.

This avoids requiring the user to do so by hand.

Replace MPI_Irecv with MPI_Iprobe+MPI_Recv.

Fix MF for LA::vector

Simplify code by using serialization functionality.

Review of `references.bib`.

Merge pull request #13255 from bangerth/tut

Use consistent grammar in the list of tutorial programs.

Merge pull request #13212 from bangerth/extrapolate-dev

Improve and fix FETools::extrapolate()

Merge pull request #13250 from marcfehling/fehling

Cleanup `references.bib`.

Merge pull request #13253 from peterrum/fe_eval_jacobian_gradients

Move jacobian_gradients into FEEvalData

Merge pull request #13258 from peterrum/feeval_is_reinitialized

FEEval: do not use cell as indication if reinit() was called

FEEval: do not use cell as indication if reinit() was called

Cleanup `references.bib`.

Merge pull request #13251 from peterrum/fe_eval_use_get_cell_ids

FEEval: use get_cell_ids() at more places

Merge pull request #13256 from bangerth/hotfix

Hotfix: Avoid warning about implicit conversion to bool.

Rename a variable and update the documentation.

Replace MPI_Irecv with MPI_Probe+MPI_Recv.

In PEX, do not compute sources but just the number of sources.

We don't actually need to know where we will get messages from, just how many messages
we will get. This is a question that at least in some contexts is cheaper to answer.

Avoid warning about implicit conversion to bool.

Merge pull request #13249 from marcfehling/richter

Added bibtex entry for `refine_and_coarsen_optimize` reference.

Use consistent grammar in the list of tutorial programs.

Merge pull request #13254 from tjhei/revert-tidy-bool-check

Revert "Add clang-tidy check"

Move jacobian_gradients into FEEvalData

Revert "Add clang-tidy check"

This reverts commit 6c47ac1bd1bb48437f01abe027590d5dbaaad8ba.

Merge pull request #13232 from bangerth/assertions-2

Validate correctness of input arguments.

FEEval: use get_cell_ids() at more places

Merge pull request #13247 from peterrum/mf_data_in

Rename variable

Added bibtex entry for `refine_and_coarsen_optimize` reference.

Merge pull request #13248 from rschoof/typo_correction

Typo correction

Rename variable

Refactor a lambda function into a free function.

Validate correctness of input arguments.

Merge pull request #13244 from kronbichler/remove_unnecessary_include

Remove unnecessary include file

Remove unnecessary include file

Merge pull request #13235 from bangerth/pex-x

Some updates to the PEX code

Merge pull request #13241 from bangerth/26

Make reference to SUNDIALS solvers in step-26.

Merge pull request #13240 from peterrum/fe_eval_const_gather

FEEval: do not cast const away during read_dof_values()