Interface to PETSc::PreconditionNone and ParaSails Preconditioner from the Hypre Suite

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27209 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Interface to PETSc::PreconditionNone and ParaSails Preconditioner from the Hypre Suite

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27208 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Interface to PETSc::PreconditionNone and ParaSails Preconditioner from the Hypre Suite

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27207 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove warning

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27205 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add VectorInfo class

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27202 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Catch adding NaN into a Trilinos SparseMatrix in all cases (in debug mode).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27201 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a typo introduced with r27140

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27196 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27192 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Enable symmetry mode and pick data from the PETSc environment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27190 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix Trilinos tests for Trilinos 11.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27172 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

more fixes for Trilinos 11.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27171 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fixes for trilinos 11. EPetra now supports long and int which causes ambiguous calls when using unsigned int.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27170 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-word the supported platforms list. Update mailing list address.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27163 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-word the supported platforms list. Update mailing list address.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27162 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a paragraph.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27161 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Produce an error for an operation that doesn't make any sense in 1d.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27150 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix warning (thanks Uwe)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27142 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a misleading sentence in the documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27140 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a misleading sentence in the documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27139 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update publication 2013.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27135 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add some to the documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27130 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a couple of outdated comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27128 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Take over 26990 from branch_cmake as well.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27125 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also check for sys/resource.h.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27124 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Take over most of what's in patches r26981:26988 on branch_cmake.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27123 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Check for availability of <sys/time.h>.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27122 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove tests from configure.in that had previously been removed from aclocal.m4 and have since been giving us errors onto the console.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27121 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo accidental merge of this file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27111 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reintegrate branch_eliminate_iterator_functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27110 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27107 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove references to merged branched from mainline.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27104 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27088 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a few markup problems.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27083 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

hopefully make numbering less depending on roundoff errors

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27081 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Write glossary entries for user flags and user data. Link to it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27080 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Another test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27069 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27068 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix language.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27065 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Properly instantiate a few static variables.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27064 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make interface similar to the one for UMFPACK.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27061 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

updated bench.sh to output results from 3 tests per revision

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27060 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a warning about a potentially uninitialized variable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27059 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated get_times.cc to collect minimum times of multiple tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27057 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

speed up test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27054 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix compile issue with clang++-v3.1

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27048 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Actually instantiate SparseDirectMumps::initialize to make gcc-4.7 happy

Also fixup some unsigned int* -> int* type conversions gcc-4.7 barks about very
loudly because they are not permitted by ISO C++ (ISO C++ 11)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27044 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a typo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27043 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

treat lucky breakdown in GMRES and FGMRES

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27040 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

also test fgmres for lucky breakdown

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27039 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add test for lucky breakdown

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27038 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update test result.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27030 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

treat tke lucky breakdown, otherwise we had devision by zero

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27026 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Really go through all neighbors of a vertex.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27025 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add comment to SCALAPACK section.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27014 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a problem in GridTools::find_cells_adjacent_to_vertex with anisotropic refinement.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27010 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix typo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27005 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo r26920 since that appears to have led to numerous testsuite failures.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27002 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid warning about unused argument.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27000 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify code.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26999 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New, failing test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26995 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Edited plot.sh to use test parameter

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26938 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated bench.sh to extract names

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26937 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Define
   DEAL_II_PETSC_LIBDIR     = $(DEAL_II_PETSC_DIR)/$(DEAL_II_PETSC_ARCH)/lib
since this variable is used in source/Makefile.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26936 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Take over patches 26839 to 26844 from Matthias' branch for cmake conversion. These patches clean up compiler bug tests that are from the gcc 2.95 and 3.x era and almost certainly no longer apply to the current crop of compilers we have.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26920 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update documentation in a couple of places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26891 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove some old parts of the code dealing with PETSc versions prior to 2.3. Add some comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26874 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

simplify more dublicated code in fe_system

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26867 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

simplify dublicated code in fe_system

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26866 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

move test into bits because it works now

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26865 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update test output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26864 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update tests for FESystem

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26863 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

FESystem can now deal with n_elements==0 for a block. Remove a ton of dublicated code in the process.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26862 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change make_dependencies to ignore -D command line options rather than error out

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26857 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move a piece of code where it is necessary.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26856 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

benchmark: add test for plotting

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26855 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

extend documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26848 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

typo in documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26847 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Say which section can't be entered in an assertion.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26846 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix the way we let the normalize.pl script know about where the deal.II directory is.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26834 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Find the path to deal.II some other way.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26818 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26817 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove this file. I've put it on the google code wiki.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26812 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove now deleted files from the list of things where stuff has to be substitutes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26811 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

nicer error message when refining an empty Triangulation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26810 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix benchmark script loop

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26804 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add Assert for make_periodicity_constraints for a distributed Triangulation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26803 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix typo in comment

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26802 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

improve documentation for make_periodicity_constraints

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26801 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove from here since it has moved to the homepage/RELEASE directory.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26800 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set properties.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26798 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set properties.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26797 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix indentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26796 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Only output a list of parameters if there are any. Otherwise we
end up with an empty {itemize} list which latex does not like.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26795 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move the 'normalize' and 'status_to_report' scripts to the tests directory.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26794 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bunch of malformed indentations to make merging from mainline less painful.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26793 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a subdirectory that only contains tools we never seem to
use.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26792 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Convert several tutorial programs to the ComponentMask approach.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26791 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix one place where the syntax has to be adjusted to the new ComponentMask class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26790 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a script that generates a TODO file. doxygen does this in a more elegant way, as does Eclipse. It's also easy to do with a grep command.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26789 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove more old stuff.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26788 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d