Merge pull request #7721 from tjhei/reserve_step_no

reserve step-63

Merge pull request #7718 from tjhei/jenkins_clean

[CI]: cleanup workspaces, document, simplify tidy

Merge pull request #7728 from tamiko/update_documentation

Documentation: add some pointers to step-20

Documentation: add some pointers to step-20

add include

Merge pull request #7592 from GivAlz/FastCoupling

Optimizing NonMatching::coupling sparsity/matrix for parallel meshes

Merge pull request #7709 from tamiko/step_20_with_linearoperator

examples/step-20: Use LinearOperator in the example step

make example empty

Merge pull request #7701 from masterleinad/fix_chunk_sparsity_warnings

Use size_type for rows in ChunkSparsityPattern

reserve step-63

Merge pull request #7707 from Rombur/cuda_compress

Improve compress for cuda-aware mpi

examples/step-20: Change preconditioner to a fixed number of iterations

This improves the total runtime performance with preconditioner
significantly! (Even though the total number of iterations increases
significantly.)

Improve compress when using CUDA-aware MPI

Reduce the number of kernel launch in a way similar to what is done for
update_ghost.

Add new cuda kernel function to execute a binary operation on a subset of the
vector

Move initialization of import_indices_plain_dev into a separate function

Change API of a few functions cuda_kernel for consistency

examples/step-22: adjust sizes of pictures showing result

Address J.-P.'s comments

Address Wolfgang's comments

 - fix wording

 - remove author statement (the generic copyright is enough).

Update discussion about preconditioner performance

The numbers here were seriously outdated :-D
(For example with a modern CPU the refinement step of 5 global
refinement and lowest order elements converges nowadays in about 0.8
total runtime seconds instead of 28 seconds (0.4 seconds of thise total
runtime is by the way the dynamic linker starting up the program...)

Address Martin's comments

 - Change preconditioner reduction to a relative tolerance of 10^-3

 - Increase initial resolution to 5 global refinement steps

 - Update results section to reflect changes

remove unnecessary whitespace

doc: add a changes entry

examples/step-20: Actually use LinearOperator in the example step

examples/step-20: Update introduction

 - Introduce LinearOperator and PackagedOperation

 - Explain in detail how to solve the Schur complement using this
   functionality.

Merge pull request #7714 from masterleinad/add_make_const_array_view

Add make_const_array_view

Fix changelog entry

Merge pull request #6979 from jppelteret/ad-helpers_05

AD Helpers: Introduce base class for QP-level helper classes

Merge pull request #7719 from masterleinad/fix_warnings_step_61

Remove warnings generated by step-61

AD Helpers: Introduce base class for QP-level helper classes

AD Helpers: Add some internal functions to assist when using Extractors

ADHelpers: Remove an unnecessary function

Mark a function as constant.

Improve some documentation

Merge pull request #7720 from bangerth/cmake

Use the usual grammar for make targets.

NonMatching::coupling_matrix now also skips useless cells

Add make_const_array_view

Use the usual grammar for make targets.

Remove warnings generated by step-61

[CI]: cleanup workspaces, document, simplify tidy

- tidy job: use only one agent
- add documentation
- add cleanup of workspace (otherwise we run out of disk space, yay)

Merge pull request #7698 from kronbichler/fe_eval_large_n_q_points

Improve FEEvaluation for large number of quadrature points

Comment on <= comparison for MatrixFree::ElementType.

Add test case

Add changelog.

Do not use transformation to collocation for large n_q_points.

Avoid underflow in MF::ShapeInfo for very large number of q points.

Merge pull request #7710 from davydden/feature/sp_accessor

Add default constructor to SparsityPatternIterators::Accessor

Merge pull request #7694 from tamiko/debugrelease_targets

CMake: Do not automatically rebuild a project when switching build type

Merge pull request #6455 from sophy1029/step-61

Step 61: A tutorial program that demonstrates the weak Galerkin method

Merge pull request #7696 from kronbichler/fix_vector_reinit_multigrid

Fix initialization of LA::d::Vector in MGTransfer::copy_to_mg

Merge pull request #7708 from kronbichler/change_chebyshev_degree

Adjust degree of PreconditionChebyshev to convention in literature

Add default constructor to SparsityPatternIterators::Accessor

Merge pull request #7584 from GivAlz/AddPointBoost

Add point constructor from boost point

Add changelog.

Adjust Chebyshev degree in loop to convention in literature.

Move and fix std::enable_if to a template parameter, fix test

Merge pull request #7704 from masterleinad/unrestrict_scalapack_copy_to_from

Unrestrict ScaLAPACKMatrix::copy_to/from

Merge pull request #7645 from marcfehling/hp-dofhandler-transfer

Automatic transfer of active fe indices.

CMake: error message + guard target

 - Add a helpful message to make debug/release targets.

 - Only create the corresponding debug/release target if the build type
   is available.

Automatic transfer of active fe indices during refinement and serialization.

Unrestrict ScaLAPACKMatrix<NumberType>::copy_to/from

Merge pull request #7697 from tjhei/ci_jenkins_marker

[CI]: add Jenkins marking

add a changes entry

CMake: Do not automatically rebuild a project when switching build type

For a long time the "debug" and "release" targets of our convenience
macro DEAL_II_INVOKE_AUTOPILOT automatically rebuild the project when
switching to the debug or release flavor.

Closes #7693

Replace 'scalar' by 'integer'

Replace all unsigned int by size_type in ChunkSparsityPattern

Merge pull request #7700 from Rombur/complex

Do not use I in header files due to conflict with <complex.h>

Merge pull request #7678 from masterleinad/fix_tests_p4est

Fix p4est test

Merge pull request #7679 from masterleinad/fix_tbb_nvcc_wrapper

Fix building TBB with nvcc_wrapper

Use size_type for rows in ChunkSparsityPattern

Do not use I in header files due to conflict with <complex.h>

The C version of <complex.h> defines the macro I. So when a third-party
library such as lapacke include <complex.h> is included before the
header the variable I is expanded which trips the compiler.

Merge pull request #7699 from davydden/feature/block_indices_global_to_local

use binary search in BlockIndices::global_to_local()

Merge pull request #7680 from masterleinad/document_MPI_minimal

Document the minimal supported MPI version

use binary search in BlockIndices::global_to_local()

Merge pull request #7687 from stefanmeggendorfer/mappingqgenericfix

MappingQGeneric: use of MatrixFree only for higher order elements

Merge pull request #7688 from masterleinad/more_output_matrix_free_dof_info

More output files for  matrix_free/dof_info_01/2

Add changelog.

Fix initialization of LA::d::Vector in multigrid.

set agent

[CI]: add Jenkins.mark

Add a separate Jenkins pipeline that runs in a few seconds to set the
commit status to pending. This is needed as Jenkins only starts setting
a commit status when the normal jobs start running and not when they are
in the queue. This can lead to a) accidental merges before we test
things and b) repeated /rebuild triggers.

Merge pull request #7683 from drwells/cleanup-vector-thread-partitioner

Cleanup the Vector::thread_loop_partitioner logic.

Merge pull request #7691 from gassmoeller/fix_xdmf_entry_serialization

Fix serialization of XDMFEntry class

Merge pull request #7686 from bangerth/doc-update-99

Update documentation of some VectorTools functions.

Update documentation of some VectorTools functions.

Cleanup the Vector::thread_loop_partitioner logic.

It was previously possible to, in one function call, either set up the
partitioner multiple times or for inappropriately small vectors. This
commit cleans up the way we handle the partitioner in multiple places so
that, when possible, vectors share partitioners and do not set up
partitioners if they are too small.

Fix serialization of XDMFEntry class

Merge pull request #7689 from tamiko/fix_example_step_4

example/step-4: Return the correct return value

example/step-4: Return the correct return value

This commit reverts a stray change that should have probably never made
it into 0e12f6f87a0b84fadd8df629f55da42a8494ce8f

More output files for  matrix_free/dof_info_01/2

Merge pull request #7681 from tamiko/fix_openmp_simd_detection

CMake: Bugfix: Guard DEAL_II_HAVE_OPENMP_SIMD test

MappingQGeneric: use of MatrixFree only for higher order elements

Merge pull request #7677 from drwells/avoid-deprecated-mpi

Avoid calling a deprecated MPI function.

Fix MPI support for older versions

CMake: Bugfix: Guard DEAL_II_HAVE_OPENMP_SIMD test

We also have to guard the DEAL_II_HAVE_OPENMP_SIMD test with
DEAL_II_ALLOW_PLATFORM_INTROSPECTION. If the latter is set to false our
cmake configuration does not attempt to determine any specifics of the
unerlying CPU or architecture (and instead relies on the user specifying
everything by hand). This is necessary for scenarios where deal.II gets
compiled on a different machine than the one it will be run on
eventually.

In reference to #7663.

Merge pull request #7641 from davydden/feature/fe_eval_dofs

add internal::MatrixFreeFunctions::DoFInfo::get_dof_indices()

Remove unused variables

Fix building TBB with nvcc_wrapper

Merge pull request #7674 from bangerth/simplify

Simplify some code.

Document the minimal supported MPI version

Merge pull request #7675 from dangars/unused_variable_warning

Remove unused variable warning