Merge pull request #5221 from masterleinad/fix_intel_tests_2

Use std::initializer_list instead of variadic constructor in tests

Use std::initializer_list instead of variadic constructor in tests

Merge pull request #5212 from kronbichler/feeval_vector_access_assert

Add assertion regarding vector access in FEEvaluation.

Merge pull request #5201 from bangerth/logstream

Replace logstream.push/pop by Logstream::Prefix.

Merge pull request #4798 from drwells/remove-boundary-usage

Remove boundary usage

Merge pull request #5203 from tjhei/simplify_test_intergrid_constraints

simplify tests/grid/intergrid_constraints

Merge pull request #5213 from masterleinad/intel18_4

Move default pure virtual destructor of Function

Merge pull request #5214 from masterleinad/intel18_3

Add missing (unused) return value in Convert::to_pattern

Merge pull request #5216 from masterleinad/intel18_1

Pass a function pointer by adress instead of by value

Add missing (unused) return value in Convert::to_pattern

Merge pull request #5215 from masterleinad/intel18_2

Rename loop variable to differ from enclosing one

Merge pull request #5211 from davydden/lapack_trace

add LAPACKFullMatrix::trace()

Merge pull request #5209 from davydden/oversubscribe_quick_tests

explicitly oversubscribe with MPI for quick tests

Pass a function pointer by adress instead of by value

Rename loop variable to differ from enclosing one

Move default pure virtual destructor of Function

Also assert in read_dof_values_plain.

Add assertion regarding vector access in FEEvaluation.

add LAPACKFullMatrix::trace()

Merge pull request #5210 from masterleinad/remove_petsc_options

Remove unused PETSc options

Fix an include guard name.

Allow for slightly different numbers in a Manifold test.

This is due to a previous commit where GridGenerator::hyper_ball was redone to
use SphericalManifold instead of HyperBallBoundary.

Specify different projected points in a test.

In these two cases multiple minima exist: the new algorithm picks points on the
edges.

Force projected points to be on the objects.

Add changelog entries.

Update a Triangulation::straight_boundary test.

This member value will soon be deprecated and Triangulation returns a
FlatManifold reference in the relevant function now.

Update some comments referring to Boundary.

Test project_to_surface without boundary objects.

Since GridTools::project_to_object now calls our implementation of
project_to_surface directly we can fix up these tests to just call the relevant
function.

Remove tests for overridden project_to_surface.

Since a previous commit removed the call inside
GridTools::fix_up_distorted_child_cells to Boundary::project_to_surface,
testing overriden implementations of this function no longer makes
sense.

Fix a wrong comment.

we can still do things if we are on the boundary.

Overhaul GridTools::internal::fix_up_object.

The primary issue with excising Boundary from the library is the lack of
an equivalent project_to_surface function in the Manifold code (since
Manifolds don't know anything about faces or lines, just points and
geodesics). Fortunately, this function is only called in one place, and
the default implementation in StraightManifold is the only
implementation in the library: hence, we get around this issue by
copying and pasting StraightManifold::project_to_surface into the new
internal project_to_object function and marking this change as
incompatible.

To the best of the author's knowledge, no users have implemented their
own custom project_to_surface nor are they using the one function that
calls this (GridTools::fix_up_distorted_child_cells) so this small
incompatibility is acceptable.

Add a clarifying assertion.

Use Manifold, not boundary, functionality.

Merge pull request #5199 from drwells/extra-assimp-hint

Add an extra hint for assimp.

Remove unused PETSc options

Merge pull request #5204 from davydden/mg_interface_size_type

add size_type to MGInterfaceOperator

Merge pull request #5206 from bangerth/simplify

Use std::unique_ptr instead of std::shared_ptr.

explicitly oversubscribe with MPI for quick tests

Use std::unique_ptr instead of std::shared_ptr.

Merge pull request #5160 from danshapero/bbox

bounding box for triangulation and cell iterators [WIP]

Added functions to compute bounding box for triangulation, accessors

add size_type to MGInterfaceOperator

This might be needed when one uses a single wrapper class
to define level block operators based on non-block versions.

Merge pull request #5189 from bangerth/aligned-vector

Allow using objects in Table and AlignedVector that are not copyable.

Simplify code.

simplify tests/grid/intergrid_constraints

reduce 500k+ bytes of output to something that doesn't cause the tester
to timeout

Merge pull request #5196 from asartori86/fix_sundials

fix sundials interface for NON-MPI installations

Merge pull request #5202 from tcclevenger/mesh_loop

Removing an unused variable in mesh_loop.h

Merge pull request #5200 from drwells/constraintmatrix-improvements

ConstraintMatrix improvements

Add an extra hint for assimp.

If assimp has its own directory, e.g., ASSIMP_DIR=/opt/assimp/, then
this hint is needed.

Add a finite-ness assertion.

Realign some arguments.

Prefer VectorType to VEC.

Update some comments for ConstraintMatrixData.

We no longer use shared pointers here.

Adjust tests.

remove unused variable

Merge pull request #5169 from tamiko/generalized_interpolation_3

Reimplement VectorTools::interpolate_based_on_material_id

Also avoid using deallog.push/pop in other places.

Replace logstream.push/pop by Logstream::Prefix.

simplify code

Merge pull request #5167 from luca-heltai/kinsol

KINSOL support.

Reimplement VectorTools::interpolate_based_on_material_id

Merge pull request #5198 from bangerth/update

Update to VectorTools::interpolate

Entirely avoid memory allocation in two places.

Use only one FEValues object.
>
> Currently, there is one FEValues object that is reinit'd in the innermost
> function, but that function may be called multiple times for the same
> cell for different base elements. That is wasteful, so avoid it.
>
The solution is to reinit it at the outermost place.

Avoid passing around ints by reference.

Minor optimization of some memory allocation.

Fixed AS comments.

Simplify code by omitting members that are now always either trueor false.

Merge pull request #5195 from masterleinad/reduce_all_reduce

Reduce number of internal::all_reduce versions

Reduce number of versions of internal::all_reduce

Add test for operator== and operator!= for ArrayView

Introduce operator== and operator!= for ArrayView

Merge pull request #5175 from masterleinad/mg_transfer_block

MGTransferBlockMatrixFree with a separate DoFHandler for each block

Merge pull request #5193 from bangerth/bb-update

Doc update for GridTools::compute_bounding_box().

Merge pull request #5192 from masterleinad/fix_slepc_test

Use MUMPS in SLEPcWrappers test

Remove extra ';'

Merge pull request #5176 from bangerth/simplify-code

Simplify logic in p::d::Triangulation.

fix sundials interface for NON-MPI installations

Add changelog entry.

Add a test.

Use the correct move semantics in the correct places.

Simplify code.

The previous patch made 'refinement_in_progress' obsolete. Remove it.

Allow using objects in Table and AlignedVector that are not copyable.

Merge pull request #5194 from masterleinad/rempve_semicolon

Remove extra ';'

Use MUMPS in PETScWrappers::Jacobi and PETScWrappers::BlockJacobi if available

Merge pull request #5174 from davydden/la_p_block_scalar_product

add LA::d::BlockVector:: multivector_inner_product()

Remove extra ';'

Add a test.

Doc update for GridTools::compute_bounding_box().

Changed constructor for bounding box to accept mildly degenerate input

minor doxygen fixes

Merge pull request #5182 from bangerth/update-test

Update a test.

Merge pull request #5151 from tamiko/generalized_interpolation_2

Improve VectorTools::interpolate: Transformation for systems

Merge pull request #5183 from bangerth/doc-update

A minor doc update to class CellID.

Merge pull request #5178 from masterleinad/fix_compile_petsc_complex

Fix compilation with complex-valued PETSc

Merge pull request #5172 from davydden/parpack_pointers

parpack: add additional solve() which takes eigenvectors as pointers

static_asserts for SUNDIALS solvers

make sure multivector_inner_product() updates Property of LAPACKFullMatrix accordingly

add LA::d::BlockVector::multivector_inner_product()

add Utilities::MPI::sum() for LAPACKFullMatrix objects