Merge pull request #3317 from sairajat/pvd-bug

Added name in changes.h and Fixed a typo in changes.h

Merge pull request #3315 from drwells/boost-system-warning

Redo boost/system commit 241f69c55e.

Merge pull request #3316 from jppelteret/tut_fix_01

Fix namespace name for step-55.

Added name in changes.h

Fix namespace name for step-55.

Merge pull request #3314 from kronbichler/mf_deprecate_reinit

Deprecate unsupported/untested functionality

Merge pull request #3313 from kronbichler/test_mf_shared_tria

Test shared tria with matrix-free

Redo boost/system commit 241f69c55e.

This commit from November 2015 silences a GCC warning due to unused
variables.

Deprecate unsupported/untested functionality

Test shared tria with matrix-free

Merge pull request #3311 from bangerth/document-scripts

Document the purpose of the two indentation scripts in ./contrib/utilities.

Document the purpose of the two indentation scripts in ./contrib/utilities.

Merge pull request #3289 from gassmoeller/improve_cellid

Optimize CellId

Merge pull request #3308 from sairajat/pvd-bug

Fixed write_pvtu_record #3259

Provide binary CellId representation

Fixed write_pvtu_record

Merge pull request #3306 from davydden/matrix_free_number

rename number to Number in matrix-free operators

Merge pull request #3307 from Rombur/fix_test

Fix test parallel_vector_18 for 64bit indices.

Fix test parallel_vector_18 for 64bit indices.

rename number to Number in matrix-free operators

Merge pull request #3305 from bangerth/style-update

Just minor style updates.

Just minor style updates.

Merge pull request #3300 from bangerth/use-subdomain_id-consistently

Use subdomain_ids consistently.

Merge pull request #3304 from bangerth/add-changelog-entry

Add changelog entry for edge orientation code.

Add changelog entry for edge orientation code.

While there, also update a couple of comments.

Merge pull request #3279 from drwells/update-boost-1.62

Update boost to 1.62

Merge pull request #3283 from bangerth/edge-orientation-cleanups

Cleanups for the edge orientation code.

Merge pull request #3277 from bangerth/update-step-41

Update formatting of step-41.

Update formatting of step-41.

Specifically:
* Use the same numbering scheme for enumerations as below. The style
  [(1)] likely originated from using an `\item[(1)]` in the original
  latex version of the introduction.
* Add a sentence after the bullet point list at the end of the introduction
  to help doxygen understand that it should not indent the following
  section heading (from the commented program) the same as the bullet
  point list.

Merge pull request #3301 from bangerth/fix-3299

Add necessary .prm file. Update docs.

Merge pull request #3296 from masterleinad/mass_matrix_bf

Add MatrixFreeOperators::MassOperator

Add necessary .prm file. Update docs.

In the olden times, the .prm file was created automatically when it was
not found, but this is no longer the case following #3122.

Merge pull request #3297 from davydden/doc/templates

document coding conventions for templates

Add test for the inverse diagonal

Treat types::subdomain_id consistently throughout the testsuite.

Add MatrixFreeOperators::MassOperator

Merge pull request #3293 from davydden/la_distr_vec_add

add LinearAlgebra::distributed::Vector::add() with pointers

update text

Be consistent about using types::subdomain_id.

Use subdomain_id consistently for ghost owners.

Merge pull request #3298 from masterleinad/fix_test_name

Use correct flag for test requiring PETSc

Use correct flag for test requiring PETSc

minor

document coding conventions for templates

add a unit test for LA::distributed::Vector::add()

add LinearAlgebra::distributed::Vector::add() with pointers

Merge pull request #3288 from masterleinad/unify_copyright_2016

Unify year in headers for 2016

Unify copyrigths year for 2016

Merge pull request #3275 from davydden/feature/arpack_shift

add ArpackSolver::set_shift()

Update readme.html for #3254 (#3255)

* Use cmake to find local MathJax

use std::complex in (P)Arpack::set_shift()

make PArpackSolver::set_shift() consistent to that in ArpackSolver

add ArpackSolver::set_shift()

Merge pull request #3287 from kbzowski/master

Fixed typo in FunctionParser examples.

Fixed typo in FunctionParser examples.

Fix standalone header compilation in C++03 mode.

Older versions of boost manage to include cstdio, though newer versions
do not. This header needs cstdio so include it directly.

Mention the boost upgrade in the docs.

Silence a missing initializer warning in boost.

This shows up in GCC 4.8.

Fix some boost warnings by applying old patches.

This commit redoes two old commits:

* 0fd99736f58, which silences a (bogus) warning in GCC 4.8 and GCC 4.9,
  and
* 56b062ca039, which silences anothor bogus warning in GCC versions
  prior to 4.8.

Update the bundled boost copy from 1.56 to 1.62.

This commit updates our bundled copy of boost from 1.56 to 1.62. While
doing this I removed several boost libraries that are not used anywhere
in deal.II nor in the rest of the part of boost that we bundle:

boost/compatibility: This little library wraps the standard C headers
and we don't need it.

boost/signals: This has long since been deprecated in favor of
signals2.

boost/tr1: The boost TR1 library contains reimplementations of features
that ultimately appeared in C++11. We implement this ourselves with the
std_cxx11 namespace so we skip this folder.

boost/thread/experimental: This library is new and we don't currently
have any use for it.

Merge pull request #3276 from kronbichler/master

Add step() and Tstep() methods to Chebyshev preconditioner for relaxation smoothers

Merge pull request #3274 from drwells/split-tests/bits-06

Move vector tests from tests/bits to tests/vector.

Mention change

Test relaxation interface to PreconditionChebyshev

Re-organize adaptive MG tests with matrix-free. Avoid dependency on Trilinos if not necessary.

Add step() and Tstep() methods to Chebyshev preconditioner.

Move functions so that all specializations are in the same place.

Make an implementation namespace anonymous.

Move the exception that is thrown when grid reordering fails.

In particular, move it to the .h file so that it is visible to user programs.

Unify some functions.

Currently, the top-level functions GridReordering::reorder_cells() are duplicated
for the different (space) dimensions. Unify them all into one.

Merge pull request #3263 from bangerth/generalize-edge-adjacent-data-structures

Complete the implementation of the mesh orientation algorithm in 3d.

Merge pull request #3281 from kronbichler/mapping_remove_unnecessary_code

Remove unnecessary code

Remove unnecessary code

Merge pull request #3278 from bangerth/doc-update

Add a comment.

Add a comment.

Merge pull request #3273 from bangerth/fix-read_vtk

Fix GridIn::read_vtk().

Move vector tests from tests/bits to tests/vector.

Merge pull request #3270 from dealii/doc_fix_1

Refactor documentation for TrilinosWrappers::BlockSparsityPattern.

Add a changelog entry.

Fix GridIn::read_vtk().

The function reads a section of VTK files of the form

CELL_DATA 4
SCALARS MaterialID double 1
LOOKUP_TABLE default
1.000000
2.000000
3.000000
4.000000

but internally (despite the fact that the field is declared
as 'double' above) reads them as integers. This leads to
wrong results if they are given as floating point numbers,
as in the case above.

While there also add an assertion an clean things up
slightly.

Merge pull request #3272 from drwells/improve-step-27

Clarify some header descriptions in step-27.

Clarify some header descriptions in step-27.

The old description was written when we used
CompressedSetSparsityPattern for this tutorial instead of
DynamicSparsityPattern.

Refactor documentation for TrilinosWrappers::BlockSparsityPattern.

The documentation for this class now mirrors that provided in
`petsc_block_sparse_matrix.h` (and, for the namespace description,
`petsc_vector_base.h`).

Fixes #3267

Merge pull request #3266 from masterleinad/fix_missing_file

Copy the correct .obm file in step-42

Copy the correct .obm file in step-42

Merge pull request #3264 from tjhei/doxygen_fixes

fix doxygen errors

fix doxygen errors

Complete the implementation of the mesh orientation algorithm in 3d.

This replaces the existing implementation by one that is largely
dimension independent.

Merge pull request #3260 from davydden/minor/mf_operators_remove_warning

remove warning in MatrixFreeOperators::Base

remove warning in MatrixFreeOperators::Base

Merge pull request #3257 from masterleinad/restrict_arpack

Restrict the possible options for eigenvalues of symmetric problems in Arpack

Restrict the possible options for eigenvalues in (P)Arpack

Merge pull request #3258 from kronbichler/master

Add missing include files

Add missing include files

Merge pull request #3252 from davydden/matrix_free_base

add a base class for Matrix-free operators

add a base class for Matrix-free operators

derive MatrixFree from Subscriptor

Merge pull request #3256 from masterleinad/fix_tbbreduce

Allocate an even number of elements in TBBReduceFactor

ensure allocation of an even number of elements

Merge pull request #3248 from kronbichler/master

Add JxW method to FEEvaluation