Set variable to correct size before passing to DoFTools::count_dofs_per_component.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18348 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one more testcase.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18340 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix erroneous resizing of output argument in count_dofs_per_component/block.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18339 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Link to tutorial.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18338 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a problem with doxygen not finding the matching declaration of a function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18337 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix language based on feedback.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18336 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add language

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18335 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18334 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some more things to make step-32 more similar to step-31.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18323 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Optimized constructor of Trilinos matrices on one processor. This makes assembly and some other initialization operations a bit faster.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18322 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the compute_viscosity function 'const'.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18312 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the compute_viscosity function 'const'.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18311 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bring step-32 back in line with step-31 (at least for the moment, so that we can compare more easily): revert to artificial viscosity with beta=0.015, alpha=1; use gravity pointing upward; introduce the factor of 2 in the Stokes matrix that makes the difference between the symmetric gradient and the gradient.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18310 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reset to the same testcase as in step-31 so we can compare.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18308 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A patch by Victor Prosolin <flyaway1212@gmail.com> that fixes an oversight: When we write GMSH version 2 files, we also need to treat vertices properly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18305 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Notice server name change for svn.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18303 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Dummy Trilinos objects need to be generated with MPI_COMM_SELF rather than MPI_COMM_WORLD in order to avoid dead-locks when only using subcommunicators.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18302 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update comments in Trilinos AMG preconditioner.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18300 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix testcase for good this time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18298 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix two issues that for whatever reason only on mac osx wouldn't compile.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18297 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove apparent leftover from times when I was trying out things with boost.graph.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18283 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

We can do the writing into Trilinos vectors better. Create a reference to daxpy in Lapack templates (not used anywhere right now, but can be nice to have).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18282 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A few small changes that make the program a bit faster.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18281 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also rename ThreadMutex->Mutex and ThreadCondition->ConditionVariable in non-MT mode.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18278 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Apply the changes that I accidentally submitted to the old server yesterday. Now the timer class makes sense in MPI, too, and the FEValues::get_function_xxx have a shortcut when the vector contains zeros.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18277 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Address the important problem that previously, whenever the last Threads::Thread<> object went out of scope, the location where a thread would deposit its return value was in deleted memory and thus potentially very bad. We now handle this by making sure that the thread itself keeps a lock on the destruction of the object in which the return_value is located, by keeping another shared_ptr to it, and only releases the lock whenever the return value has been deposited.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18272 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Ignore report files I save for various svn revisions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18264 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Put back in the code that (de-)registers threads and catches exceptions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18262 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement sensible copy semantics for the Mutex class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18260 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make compile on systems without cstdint.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18259 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add directories that apparently need to exist on x86_64 even though we don't appear to need them on x86.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18258 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-adjust tolerances again and produce new 'real generic' output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18257 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18256 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a few more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18255 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a TODO.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18251 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-apply Martin's patch 18223, since we now produce the correct instantiations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18248 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Generate a number of instantiations automatically using the pre-processor. This should hopefully take care of the instantiations that were missing for Martin's change 18223.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18247 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add an explicit instantiation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18246 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also compile for codim-1.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18245 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo Martin's patch 18223 for a moment since it leads to linker errors about an undefined function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18244 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revise the SPARSITY_PATTERN expansion.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18243 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Generate an expansion variable for sparsity patterns.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18242 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set properties.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18235 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Properly set properties.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18234 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Properly set properties.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18233 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add required include file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18232 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replace a C assert() by our own Assert().

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18231 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement Mutex and ConditionVariable using boost or C++0x support.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18230 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add include files for mutices and condition variables.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18229 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Initialize a variable to avoid (spurious) warnings.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18228 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Check for a bug in gcc C++0x support.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18227 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Only compile boost threads when threads are actually required.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18226 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update list of publications.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18225 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use CompressedSimpleSparsityPattern to create mass matrix sparsity pattern in project function, which uses less memory.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18223 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make compile.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18222 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide the boost thread implementation only if the C++ compiler doesn't.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18221 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set properties.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18220 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set properties.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18219 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use boost threads instead of doing everything ourselves by hand calling POSIX and what not. Makes our code a lot simpler as well :-)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18218 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Check for all those new C++0x header files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18217 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18216 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix HalfHyperShellBoundary in 3d.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18215 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make sure we can use namespace std_cxx0x=std in C++0x mode.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18210 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mention TimerOutput class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18209 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix stupid mistake in non-C++0x mode.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18208 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed a few functions so that TimerOutput actually works.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18207 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Detect whether compiler supports C++0x and if so enable it through the compatibility header files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18206 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add missing header file for newer compilers (needed for std::abort).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18205 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use alternative form to get at the elements of a tuple. Only this latter form is sanctioned by C++0x.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18204 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use new namespace std_cxx0x.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18202 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove unnecessary include from boost.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18201 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use new namespace std_cxx0x.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18200 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18199 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use new namespace std_cxx0x.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18198 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use namespace std_cxx0x where appropriate. The only place where we don't is where we use boost::graph, which isn't going to be part of C++0x as far as I know.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18197 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use the new namespace std_cxx0x in lac/ as well.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18196 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove unnecessary include files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18195 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use a namespace std_cxx0x and import into it elements from BOOST. If a compiler at a later time supports C++0x we can make things easier on us because we only have to modify this one place, rather than all throughout the code.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18194 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add missing include file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18193 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

roundoff

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18192 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

cell_JxW_values, which was not really the right concept, has been removed

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18191 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

improved has_support_on_face in RaviartThomasNodal

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18189 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use data structures better adjusted to the task. Use proper doxygen comment format.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18188 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use a reasonable final time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18186 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide a function for generating nice output of computing times. Use that in step-32.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18185 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Slight update in comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18184 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove generated files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18182 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Suppress miniscule numbers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18180 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Regenerate output after Guido's transform() changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18179 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Match output precision to avoid up- or down-rounding.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18178 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Match output precision to avoid up- or down-rounding.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18177 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix output files, adjusting to Guido's recent changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18175 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use a precision that doesn't lead to .5 round-up or round-down.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18174 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

xref step-33.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18171 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Take over functionally neutral changes from branch_threading_building_blocks to make a few further changes I'd like to do on mainline simpler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18167 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

more cleaning of FE_RT

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18166 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

new support faces for FE_RTN

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18165 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

do some cleaning in the RT elements

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18164 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

r18134 did not compile

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18163 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some more changes in the AMG settings. The option Uncoupled seems fine up to very large matrices, but we should be aware of the fact that it might sometimes fail.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18162 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d